ONIOM算法

郝玉蕾 · 发表于 Post on 2015-4-13 19:58:56

oniom方法是做什么的？不懂~推荐些帖子和文献看看呐大家

管理员注：相关资料看4L

ysh · 发表于 Post on 2015-4-13 22:48:20

Bull. Korean Chem. Soc. 2003, Vol. 24, No. 6 797

J. AM. CHEM. SOC. 2005, 127, 14534-14535

J. Chem. Phys., Vol. 115, No. 1, 62

郝玉蕾 · 发表于 Post on 2015-4-14 09:40:06

O(∩_∩)O谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2015-4-18 05:44:21

简单来说就是把不同级别（从头算、半经验、分子力学）杂化在一起，将关键区域用高级别算，不重要区域用低级别算，从而能够处理很大体系，也可以加快小体系的计算。
Gaussian、Q-Chem都支持。

这篇综述推荐看看

The ONIOM method-its foundation and applications to metalloenzymes and photobiology.pdf (1.15 MB, 下载次数 Times of downloads: 2194)

Chem Rev上深入的ONIOM综述The ONIOM Method and Its Applications：
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 208&highlight=ONIOM

这里有ONIOM教程：http://chem.wayne.edu/~hbs/chm6440/ONIOM%20tutorial.pdf

Gaussian官网上白皮书页面也有ONIOM的介绍和实例：http://gaussian.com/oniom_technote/

这是个蛋白+配体的高级教程

ONIOM计算(Marek Freindorf).pdf (2.09 MB, 下载次数 Times of downloads: 7298)

TAO是个ONIOM辅助程序，官方页面上有模拟蛋白的教程http://faculty.smu.edu/ptao/software/taopackage/TAOpackage.html

这是一批通过ONIOM(DFT:MM)方式计算存在氢键作用的蛋白质-配体复合物的例子http://bbs.keinsci.com/thread-14366-1-1.html

另：在北京科音基础量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KBQC_content.html）专门有一节专门具体系统详细讲ONIOM的原理以及在Gaussian中ONIOM的使用，非常推荐参加

郝玉蕾 · 发表于 Post on 2015-5-5 09:42:23

sobereva 发表于 2015-4-18 05:44
简单来说就是把不同级别（从头算、半经验、分子力学）杂化在一起，将关键区域用高级别算，不重要区域用低级 ...

谢谢sob老师，我好好看看。最近忙着写文章，没及时来回复您

郝玉蕾 · 发表于 Post on 2015-5-5 12:36:20

郝玉蕾发表于 2015-5-5 09:42
谢谢sob老师，我好好看看。最近忙着写文章，没及时来回复您

sob老师，还有一个问题，就是我用gaussian里的oniom模型优化钙钛矿的团簇（团簇结构是在vasp里优化过的），因为Pb总是会跑掉，我就把它固定了，可是总是出现内坐标错误

，不知道怎么办了

xpyp · 发表于 Post on 2016-6-6 12:37:57

请问，4L上后两个教程里的Gaussian输入文件中，均没有Amber力场的扭转项，是不需要吗？Gaussian把他们忽略了？

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-6 13:03:27

xpyp 发表于 2016-6-6 12:37
请问，4L上后两个教程里的Gaussian输入文件中，均没有Amber力场的扭转项，是不需要吗？Gaussian把他们忽略 ...

让高斯打印出用的参数一看就知道了
有些二面角是有通配符形式的，只定义中间两个原子

xpyp · 发表于 Post on 2016-6-6 14:14:24

本帖最后由 xpyp 于 2016-6-6 14:16 编辑

我查看了下，高斯输出结果中有扭转项，还是考虑了。
顺带问一下，我用antechamber处理有机小分子得到了其二面角参数如：
c3-cx-cx-h1 9 1.400       0.000          3.000
ss-cx-cx-ss 9 1.400       0.000          3.000
在gaussian中该如何输入呢？
附： gaussian中自动匹配输出的参数如下：
AmbTrs 14-15-22-20 0 180 0 0  0.0000 14.5000  0.0000  0.0000  4.0
AmbTrs 14-15-22-23 0 180 0 0  0.0000 14.5000  0.0000  0.0000  4.0
AmbTrs 16-15-22-20 0 180 0 0  0.0000 14.5000  0.0000  0.0000  4.0
AmbTrs 16-15-22-23 0 180 0 0  0.0000 14.5000  0.0000  0.0000  4.0
AmbTrs 13-18-20-21 0 180 0 0  0.0000 14.5000  0.0000  0.0000  4.0
AmbTrs 13-18-20-22 0 180 0 0  0.0000 14.5000  0.0000  0.0000  4.0

（此数据是随意截取的，和上面的gaff参数无关）

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2016-6-6 15:30:45

xpyp 发表于 2016-6-6 14:14
我查看了下，高斯输出结果中有扭转项，还是考虑了。
顺带问一下，我用antechamber处理有机小分子得到了其 ...

格式是
AmbTrs 【二面角类型】【n=1-4的相位(int)】【n=1-4的力常数(float)】【路径数(float)】
你这个例子写下来就是
AmbTrs c3 cx cx h1 0 0 0 0 0.0 0.0 1.4 0.0 9.0
AmbTrs ss cx cx ss 0 0 0 0 0.0 0.0 1.4 0.0 9.0

xpyp · 发表于 Post on 2016-6-7 14:03:36

本帖最后由 xpyp 于 2016-6-7 15:46 编辑

请问，上例中  c3-cx-cx-h1 9 1.400       0.000          3.000 在高斯中为AmbTrs c3 cx cx h1 0 0 0 0 0.0 0.0 1.4 0.0 9.0

为什么：1-4的相相位均为0呢？1-4的力常数如何确定为： 0.0  0.0  1.4  0.0
                                             而不是  0.0 1.4  0.0 0.0  呢？

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2016-6-7 18:26:02

本帖最后由 KiritsuguPapa 于 2016-6-7 18:37 编辑

xpyp 发表于 2016-6-7 14:03
请问，上例中 c3-cx-cx-h1 9 1.400 0.000 3.000 在高斯中为AmbTrs c3 cx cx h1 ...

转换一下格式就可以了，amber的格式：
c3-cx-cx-h1 9 1.400       0.000          3.000
是
【二面角类型】【路径数(int)】【力常数(float)】  【相位(float)】【周期性(n) (float)】

amber格式要定义多个Fourier Terms的话，是多写几个上面的那种样子，而Gaussian格式是只写一个，但包含了n=1-4。
例如如果上例二面角需要n=1,2,3的三个Fourier Term来定义，amber格式如下：
c3-cx-cx-h1 9 1.400       0.000          1.000
c3-cx-cx-h1 9 2.800       0.000          2.000
c3-cx-cx-h1 9 3.600       0.000          3.000
而Gaussian格式如下：
AmbTrs  c3 cx cx h1  0 0 0 0  1.400 2.800 3.600 0.000  9.0

gaussian里没有定义n=x的项的话，力常数设为0.0，相位随意设。上例里没有n=4的项，所以最后一个是0.000，相位也随意设了0。

顺带一提，以及吐个槽。二面角是Fourier series表示的，相位都是0或180；路径数明明应该用int，gaussian却奇怪地来了个float(抠鼻）

xpyp · 发表于 Post on 2016-6-7 18:53:24

本帖最后由 xpyp 于 2016-6-7 19:39 编辑

谢谢!  我查了下amber的gaff.dat，有如下情况，该如何转换成AmbTrs呢？顺带问下，各参数要保留几位小数？

X -no-no-X 4 1.600    180.000       -4.000
X -os-pf-X 1 3.000    180.000       -2.000
X -nf-sy-X 3 1.500    180.000       -3.000

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2016-6-7 20:42:41

本帖最后由 KiritsuguPapa 于 2016-6-8 11:38 编辑

xpyp 发表于 2016-6-7 18:53
谢谢! 我查了下amber的gaff.dat，有如下情况，该如何转换成AmbTrs呢？顺带问下，各参数要保留几位小数？
...

你点回复不然我收不到提示。。。

X -no-no-X 4 1.600    180.000       -4.000
X -os-pf-X 1 3.000    180.000       -2.000
X -nf-sy-X 3 1.500    180.000       -3.000

这里头n是负数，记得二面角定义为 K[1-cos(n*\phi-\gamma)]，cos是偶函数，所以正负其实是等价的。负号只是给程序说明表示这个二面角还没完，还有要下面的值要读。见http://sobereva.com/1  （sob的第一篇博文 08年（望天……
第一例转换成gaussian格式为 AmbTrs  * no no *  0 0 0 180  0.0 0.0 0.0 1.600  4.0
即，通配符X写成星号*

几位小数应该无所谓，我写过十好几位也能读取。

therotyonth · 发表于 Post on 2017-1-9 19:49:56

sobereva 发表于 2015-4-18 05:44
简单来说就是把不同级别（从头算、半经验、分子力学）杂化在一起，将关键区域用高级别算，不重要区域用低级 ...

这个资料好～！

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