计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 6953|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[波函数分析求助] 使用Multiwfn做ELF分析怎么计算原子壳层半径及其它

[复制链接 Copy URL]

65

帖子

0

威望

484

eV
积分
549

Level 4 (黑子)

各位老师及同仁,大家好!看了一篇文献(见附件),作者提到了使用了Multiwfn和AIM2000,AIMAll,TopMod,文中有三处不知是否可用Multiwfn如何去做:1. 图片1中原子壳层半径怎样计算
2. σ和π电子密度的分子图
3.表中第三列和第四列
只好在此请教大家,谢谢!



3.标准偏差.png (43.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 57)

3.标准偏差.png

2.分子图.png (95.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 50)

2.分子图.png

1.原子壳层半径.png (38.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 44)

1.原子壳层半径.png

Organometallics 2013, 32, 1060-106.zn2(C5H5)2.pdf

3.02 MB, 下载次数 Times of downloads: 8

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120160

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2018-3-18 18:34:42 | 只看该作者 Only view this author
Multiwfn是分析ELF最强的工具,根本用不着其它程序,一个Multiwfn包办,比用其它程序好得多也快得多也灵活得多。

1 参考
使用Multiwfn绘制原子轨道图形、研究原子壳层结构及相对论效应的影响
http://sobereva.com/152
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
绘制从原子核开始的ELF径向图,直接就能定位极大点,立刻就知道壳层半径

2 在Multiwfn里通过主功能6的子功能26修改占据数,如果把sigma轨道占据数清零接下来的到的就是pi的,反之亦然。之后用Multiwfn的拓扑分析功能做电子密度的拓扑分析,看
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108

3 看
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
http://sobereva.com/179
以及手册3.18.5节对定域化和离域化指数的介绍,以及与电子波动方差指标的关系。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

65

帖子

0

威望

484

eV
积分
549

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-18 19:56:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-18 18:34
Multiwfn是分析ELF最强的工具,根本用不着其它程序,一个Multiwfn包办,比用其它程序好得多也快得多也灵活 ...

谢谢卢老师!周末快乐!

65

帖子

0

威望

484

eV
积分
549

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-1 17:24:27 | 只看该作者 Only view this author
卢老师,您好!上述三个问题中第三个在您的帮助建议下,已弄清楚。但第一个关于计算原子壳层半价,没重复出文献数据。比如用ELF计算Mg原子壳层半径,是不是应该单算一个镁原子,所用方法和基组和文献中一样,取fchk文件在Multiwfn,选3-9-2,输入0,0,0,4,0,0,然后选6看极大值位置。还是要单看Mg原子的3s轨道的径向分布函数,让其他轨道占据为0?谢谢!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120160

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2018-4-1 18:52:17 | 只看该作者 Only view this author
jctyp 发表于 2018-4-1 17:24
卢老师,您好!上述三个问题中第三个在您的帮助建议下,已弄清楚。但第一个关于计算原子壳层半价,没重复出 ...

不看轨道,就是通过ELF径向曲线来判断
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 16:37 , Processed in 0.155670 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list