十进制轨迹文件

mol · 发表于 Post on 2014-10-24 09:32:00

各位大侠，我的程序里想输出一条轨迹，用vmd看，但是我只会写成十进制的，请问有木有什么动力学程序的轨迹是十进制的，可以参照他的写法？

sobereva · 发表于 Post on 2014-10-24 09:50:38

轨迹类型只分两类，一种是二进制文件，一种是文本格式文件，没有十进制。
自己程序输出轨迹我建议你用xyz格式，格式非常简单，直接读入vmd就能成为轨迹。
把一个轨迹读入VMD后选择保存成xyz格式，就知道xyz轨迹是什么规范了，会看到每一帧结构都是连着的。xyz文件本身也是自由格式，小数点位数随意。
pdb文件也可以储存多帧结构，因此可以用于储存轨迹（RCSB数据库里下载到的NMR测定的结构经常就是这样），只不过pdb里冗余的信息较多，会比xyz轨迹更大，而且坐标精度只有三位。

mol · 发表于 Post on 2014-10-24 13:43:28

sobereva 发表于 2014-10-24 09:50
轨迹类型只分两类，一种是二进制文件，一种是文本格式文件，没有十进制。
自己程序输出轨迹我建议你用xyz ...

对，就是想要文本文件格式的，多谢sob~

allen · 发表于 Post on 2014-10-27 16:28:11

sober说的很全面了，作为补充，说明一下Tinker里面的arc是十进制的，格式类似于xyz，只是多了键连关系和原子的类型。

mol · 发表于 Post on 2014-10-29 12:49:45

allen 发表于 2014-10-27 16:28
sober说的很全面了，作为补充，说明一下Tinker里面的arc是十进制的，格式类似于xyz，只是多了键连关系和原 ...

:)

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[综合交流] 十进制轨迹文件