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[Multiwfn使用咨询] VMD如何显示氢键作用 原子颜色不对

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Level 4 (黑子)

如图 在vmd中如何把相互作用的氢键作用凸显出来?
在途中 黑色圈出部分明显是氢键较强的部分 按照色表里显示 蓝色应该是氢键作用的颜色 但我的图中明显不是 而且我的途中上半部分蓝色区域明显没有氢键作用 为什么显示了篮色?
另外 图中箭头标示的原子是一个金属Ir原子 为什么显示的跟碳原子是一个颜色?
在vmd中如何选择单独一个原子进行更改颜色?

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2#
发表于 Post on 2018-3-30 10:07:05 | 只看该作者 Only view this author
图中只有一个角度,弄不清楚你的第一个问题
有兴趣可以做做AIM分析,如果有相应的BCP,考察一下对应的密度看看

VMD默认按照原子名着色,要按照元素名着色看

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