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[GROMACS] 拉伸分子动力学问题

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发表于 2018-4-9 12:48:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
请问大家,用gmx做拉伸分子动力学,我想拉开我是分子,我实现了。但是移动的力应该是作用在质心上的。我想作用在分子边缘的几个原子上,可以吗?怎么实现?

就是力的作用点可以不以自己设定?

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发表于 2018-4-9 13:52:34 | 显示全部楼层
一个猜测,lz可以试试:可以多写几个pull_group,每个pull_group一个原子。

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 楼主| 发表于 2018-4-9 15:09:58 | 显示全部楼层
mol 发表于 2018-4-9 13:52
一个猜测,lz可以试试:可以多写几个pull_group,每个pull_group一个原子。

“lz”是什么意思,好尴尬
我是这么理解的,可以把一个分子的几个原子写在index文件中,pull_group=index,这样好像可以。你觉得呢?

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发表于 2018-4-9 16:47:16 | 显示全部楼层
lz=楼主

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发表于 2018-4-9 18:15:07 | 显示全部楼层
虔诚的人 发表于 2018-4-9 15:09
“lz”是什么意思,好尴尬
我是这么理解的,可以把一个分子的几个原子写在index文件中,pull_group ...


诸如pull-group1-name = left,则.ndx里定义的left组里若只包含某个局部区域的的原子,那么就只有这些原子会被拉
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
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 楼主| 发表于 2018-4-9 20:14:18 | 显示全部楼层

哈哈,好尴尬

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 楼主| 发表于 2018-4-9 20:36:32 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-4-9 18:15
诸如pull-group1-name = left,则.ndx里定义的left组里若只包含某个局部区域的的原子,那么就只有这些 ...

谢谢sob老师

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发表于 2019-4-13 15:37:58 | 显示全部楼层
本帖最后由 青青青 于 2019-4-13 16:04 编辑

请问下图文献里的力常数1000 KJ mol−1 nm−2,是在mdp文件的pull_k1中设置的吗,意思是指在多肽和磷脂膜之间设置了恒力吧。谢谢 0fb5c538757e7c11155070affa3fe7a.png
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尊贵的地三鲜骑士

发表于 2019-4-13 15:53:07 | 显示全部楼层
请问你 用的什么力场?
不爱吃地三鲜的话我们很难做朋友哦

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发表于 2019-8-13 15:45:59 | 显示全部楼层
青青青 发表于 2019-4-13 15:37
请问下图文献里的力常数1000 KJ mol−1 nm−2,是在mdp文件的pull_k1中设置的 ...

这个是施加限制势做限制性动力学模拟

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发表于 5 天前 | 显示全部楼层
tjuptz 发表于 2019-8-13 15:45
这个是施加限制势做限制性动力学模拟

嗯嗯,谢谢
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