拉伸分子动力学问题

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-4-9 12:48:28

请问大家，用gmx做拉伸分子动力学，我想拉开我是分子，我实现了。但是移动的力应该是作用在质心上的。我想作用在分子边缘的几个原子上，可以吗？怎么实现？

就是力的作用点可以不以自己设定？

mol · 发表于 Post on 2018-4-9 13:52:34

一个猜测，lz可以试试：可以多写几个pull_group，每个pull_group一个原子。

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-4-9 15:09:58

mol 发表于 2018-4-9 13:52
一个猜测，lz可以试试：可以多写几个pull_group，每个pull_group一个原子。

“lz”是什么意思，好尴尬

我是这么理解的，可以把一个分子的几个原子写在index文件中，pull_group=index，这样好像可以。你觉得呢？

zsu007 · 发表于 Post on 2018-4-9 16:47:16

lz=楼主

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-9 18:15:07

虔诚的人发表于 2018-4-9 15:09
“lz”是什么意思，好尴尬
我是这么理解的，可以把一个分子的几个原子写在index文件中，pull_group ...

诸如pull-group1-name = left，则.ndx里定义的left组里若只包含某个局部区域的的原子，那么就只有这些原子会被拉

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-4-9 20:14:18

zsu007 发表于 2018-4-9 16:47
lz=楼主

哈哈，好尴尬

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-4-9 20:36:32

sobereva 发表于 2018-4-9 18:15
诸如pull-group1-name = left，则.ndx里定义的left组里若只包含某个局部区域的的原子，那么就只有这些 ...

谢谢sob老师

青青青 · 发表于 Post on 2019-4-13 15:37:58

本帖最后由青青青于 2019-4-13 16:04 编辑

请问下图文献里的力常数1000 KJ mol−1 nm−2，是在mdp文件的pull_k1中设置的吗，意思是指在多肽和磷脂膜之间设置了恒力吧。谢谢

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2019-4-13 15:53:07

请问你用的什么力场？

tjuptz · 发表于 Post on 2019-8-13 15:45:59

青青青发表于 2019-4-13 15:37
请问下图文献里的力常数1000 KJ mol−1 nm−2，是在mdp文件的pull_k1中设置的 ...

这个是施加限制势做限制性动力学模拟

青青青 · 发表于 Post on 2019-8-16 10:08:41

tjuptz 发表于 2019-8-13 15:45
这个是施加限制势做限制性动力学模拟

嗯嗯，谢谢

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[GROMACS] 拉伸分子动力学问题