请教关于晶层盒子建模问题

caijingtao1993 · 发表于 Post on 2018-4-11 08:41:36

各位社友，你们好，我想做溶剂对晶面的生长影响，我想通过gromacs跑动力学，而在material studio软件，进行切晶面---超晶胞---建立真空层，但是导出的图用Uedit如图1所示,他的每个分子的原子排序不是按照一个分子、分子来的，而是两个或者以上，分别排序，如C1、C1,

这样排序，这样我跑gromacs动力学，和力场top文件对应不上！请教一下，在MS建模过程中能改变成如图2吗

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-11 19:53:22

这其实对于跑gmx没有关系。只要gmx拓扑文件里[moleculetype]中定义的原子顺序和pdb里的顺序一样即可，原子名不同只不过会在grompp的时候给个警告，但完全不影响跑。

shgpei · 发表于 Post on 2019-6-30 17:04:58

请问您最后怎么解决的呐？我遇到问题跟您一样，问题是不知道MS导出来的跟top里的原子顺序是不是一一对应哇？而且我的显示有个残基不存在这是怎么回事呐？希望您不吝赐教

tjuptz · 发表于 Post on 2019-7-29 12:02:49

sobereva 发表于 2018-4-11 19:53
这其实对于跑gmx没有关系。只要gmx拓扑文件里[moleculetype]中定义的原子顺序和pdb里的顺序一样即可，原子 ...

这种MS产生的结构文件不仅仅是原子名不同的问题，是原子顺序强制按照原子类型归类后排序的，应该没法和top文件中的原子顺序保持一致

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-29 22:42:41

tjuptz 发表于 2019-7-29 12:02
这种MS产生的结构文件不仅仅是原子名不同的问题，是原子顺序强制按照原子类型归类后排序的，应该没法和to ...

可以自己写个程序去理顺原子顺序
要么就x2top，不用管顺序问题

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