反应自由能计算问题

茄子123 · 发表于 Post on 2018-4-23 15:21:48

老师，如果用高斯09计算一个反应:A生成A- 的反应自由能，且该反应在DMSO中进行.我想请教老师以下这样操作是否正确。（备注：A为分子式为的有机分子C12O2H20）
第一步 #P  Opt freq scrf=(pcm, solvent=dimethyl sulfoxide) B3LYP/6-311+G*
得到分子A-的thermal correction to gibbs freeenergy

第二步 #p sp scrf=(pcm, solvent=dimethyl sulfoxide)  B3LYP/def2-qzvpp
得到分子的A-单点能

将二者相加即为A-在溶剂DMSO中的吉布斯自由能G1。

第三步#P  Opt freq scrf=(pcm, solvent=dimethyl sulfoxide) B3LYP/6-311G*
得到分子A的thermal correction to gibbs freeenergy

第四步 #p sp scrf=(pcm, solvent=dimethyl sulfoxide)  B3LYP/def2-qzvpp
得到分子的A单点能

将第三步与第四步所得结果相加得到分子A的吉布斯自由能G2

最后该反应的吉布斯自由能即为G1-G2

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-23 16:38:03

溶剂名里不可能有空格

写PCM、sp是完全多余的

怎么算溶剂下的自由能这里已经写得非常详细了，对照你的过程
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327

Gaussian里用def2后头不能写-

对于Gaussian，B3LYP用QZ级别的基组纯粹瞎浪费时间。要QZ起码用双杂化泛函

茄子123 · 发表于 Post on 2018-4-23 18:01:47

老师，那以上改为
第一步 #P Opt freq scrf=(smd,solvent=dimethylsulfoxide) B3LYP/6-31+G*
得到分子的thermal correction to gibbs free energy
第二步 # B3LYP/def2tzvp scrf=(smd,solvent=dimethylsulfoxide)
得到分子的单点能
将二者相加得到该分子在DMSO溶剂中的吉布斯自由能
这样合适么

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-23 18:10:37

按照博文的方法做

茄子123 · 发表于 Post on 2018-4-23 18:13:15

sobereva 发表于 2018-4-23 18:10
按照博文的方法做

谢谢老师！

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