计算化学公社

标题: 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-5 10:16
标题: 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴
虽然本论坛有专门的Multiwfn板块，但还是老有人问Multiwfn问题的时候跑到量化版的“简单量子化学问题答疑专帖”（http://bbs.keinsci.com/thread-33965-1-1.html），这样不好。

遂这里专门开一个“简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴”。尽管还是鼓励有Multiwfn问题的时候在本版单独发个帖子咨询，但如果是一两句话就能交代清楚的简单问题，也可以在本帖末尾跟帖咨询，Sobereva看到后就一定会回复。

与Multiwfn程序本身不直接相关的而是一般性且简单的波函数分析问题也可以在此帖提问，我有时间和能力就会回答。

涉及一堆图片、文字、输入输出文件的相对复杂的问题请单独发帖，别在此帖询问。

初学Multiwfn者必读这两篇文章（内容经常更新）：
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2018-6-5 15:23
建议改成“简单波函数分析问题答疑转帖”，可以有效地涵盖一些小众向问题

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-6 04:11

我本是个娃娃发表于 2018-6-5 15:23
建议改成“简单波函数分析问题答疑转帖”，可以有效地涵盖一些小众向问题

不改

作者
Author: oucli 时间: 2018-6-11 16:18
多谢sob老师新开帖子，关于multiwfn有一些小问题。
请问一下电子密度的最大值ρmax如何获取？能否在multiwfn中绘制这种图形，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-11 18:37

oucli 发表于 2018-6-11 16:18
多谢sob老师新开帖子，关于multiwfn有一些小问题。
请问一下电子密度的最大值ρmax如何获取？能否在multiw ...

“电子密度的最大值ρmax”文中完全没表述清楚。这图看上去就是个普通的电子密度等值面图而已，看Multiwfn手册4.5节绘制各种函数等值面图的例子。

2.png一看就是Multiwfn画的图，怎么绘制平面图，在Multiwfn手册4.4节里一大堆例子

作者
Author: jiaomy0113 时间: 2018-6-14 10:11
sob 老师，你好！我在使用multiwfn进行ADNDP分析的时候，发现，当我选择"0 Pick out some candidate orbitals and update occupations of others"时候,如果输入一个数字是代表把这以内的轨道都选择出来。而输入两个数字指的把这两个数字以内的轨道都选择出来，如果我只想选择众多轨道中的一个，应该怎么做呢？比如我只需要第249个？
感谢sob 老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-14 19:39

jiaomy0113 发表于 2018-6-14 10:11
sob 老师，你好！我在使用multiwfn进行ADNDP分析的时候，发现，当我选择"0 Pick out some candidate orbita ...

249,249

作者
Author: 终_焉 时间: 2018-6-14 20:16
Sob老师，我参考通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程 http://sobereva.com/200 内容，在分析Mayer键级的时候发现，即便是将bndordthres设为 0.00，也还是有一些键级无法得到。例如附件中的C18-H21。的请问：
1. 这是数值误差导致的吗？在不更换键级类型的情况下，有办法得到键级的数值吗？
2. 对比前后的数值，此处对应的键级应该接近于0，可以认为是0或者通过插值得到数值作为替代吗？
谢谢Sob老师。 (, 下载次数 Times of downloads: 3)

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-15 08:20

终_焉发表于 2018-6-14 20:16
Sob老师，我参考通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程 http://sobereva.com/200 内容，在 ...

这是因为此时Mayer键级出现了负值。你让程序导出bndmat.txt，直接读取这个键级矩阵里相应矩阵元就能看到。或者，你把bndordthres设为一个显著的负值，那么也可以确保大于它的负值都显示出来。
当前只是微小的负值，可以直接当做0看待。负值没有物理意义，是Mayer键级自身定义上的缺陷所致。
如果就是不想出现负值，可以改用Wiberg键级，相当于做Mayer键级之前先把基函数做对称正交化，此时从原理上可以保证所有键级值都不为负。（极个别时候Wiberg键级合理性可能不如Mayer键级）

作者
Author: elleryliiu 时间: 2018-6-15 14:49
Sob老师，您好！
我在用电子激发分析里计算delta_r这一项总是闪退，是什么原因呢？这是fch文件。
谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-15 14:52

elleryliiu 发表于 2018-6-15 14:49
Sob老师，您好！
我在用电子激发分析里计算delta_r这一项总是闪退，是什么原因呢？这是fch文件。
谢谢老 ...

大于500K的文本型文件上传前务必先压缩，你的附件已经被删了
光有fch文件没法计算delta_r，看手册的例子

作者
Author: elleryliiu 时间: 2018-6-15 15:12

sobereva 发表于 2018-6-15 14:52
大于500K的文本型文件上传前务必先压缩，你的附件已经被删了
光有fch文件没法计算delta_r，看手册的例 ...

谢谢Sob老师！
我重新看了手册的例子，已经完美解决啦~
以后一定认真看手册大宝典T^T
再次谢谢Sob老师！

作者
Author: Chenglong_li 时间: 2018-6-21 18:06
读了Dr. Lu的《谈谈分子体积的计算》的博文，疑问是Multiwfn可否计算 溶剂可及表面（SASA）? 多谢！另外，有机分子的范德华体积和范德华表面积，已在绘制分子表面静电势分布的过程中求得。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-21 18:33

Chenglong_li 发表于 2018-6-21 18:06
读了Dr. Lu的《谈谈分子体积的计算》的博文，疑问是Multiwfn可否计算溶剂可及表面（SASA）? 多谢！另外， ...

Multiwfn算不了SASA，可以用免费的VMD轻易地计算

作者
Author: Chenglong_li 时间: 2018-6-22 15:53

sobereva 发表于 2018-6-21 18:33
Multiwfn算不了SASA，可以用免费的VMD轻易地计算

（1）使用Multiwfn将有机化合物保存为*.pdb文件；（2）使用VMD打开该pdb文件；（3）输入set all [atomselect top "all"]；（4）输入measure sasa 1.4 $all。不知这样对否？请指教，多谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-22 22:18

Chenglong_li 发表于 2018-6-22 15:53
（1）使用Multiwfn将有机化合物保存为*.pdb文件；（2）使用VMD打开该pdb文件；（3）输入set all [atomsel ...

对

作者
Author: Chenglong_li 时间: 2018-6-24 00:02
本帖最后由 Chenglong_li 于 2018-6-24 00:04 编辑

请问使用Multiwfn算出每个原子附近表面静电势时，原子编号是否是和GaussView打开fch文件时label在原子上的编号一致？多谢

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-24 11:47

Chenglong_li 发表于 2018-6-24 00:02
请问使用Multiwfn算出每个原子附近表面静电势时，原子编号是否是和GaussView打开fch文件时label在原子上的 ...

一致
PS：进入Multiwfn主功能0，直接就能看到原子编号

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2018-6-30 12:12
老师好，我想做一个配合物的CDA 分析，计算的时候中心那个金属原子用的是赝势基组。然后Multiwfn提示我
Error: The sum of the number of basis functions in all fragments is inconsistent with complex! Please carefully check the basis set you used in each calculation.
这种情况是不是只能所有的原子包括中心配体金属都用一个基组才能算？例如用def2svp

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-30 16:45

ABetaCarw 发表于 2018-6-30 12:12
老师好，我想做一个配合物的CDA 分析，计算的时候中心那个金属原子用的是赝势基组。然后Multiwfn提示我
E ...

不是。如果你基组写的格式方面没问题，通常是因为有的计算用的是笛卡尔型基函数，有的用的是球谐型基函数。计算时候所有计算都加上5d 7f就可解决问题。

作者
Author: Chenglong_li 时间: 2018-7-5 16:00
有机化合物opt几何优化完成后，使用polar关键词计算静态（超）极化率，后在Multiwfn分析的结果中Dipole moment的X, Y, Z数据与Gaussian的LOG文件中Dipole moment (field-independent basis, Debye)的X, Y, Z数据不同，请问这个是什么原因？多谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-6 01:28

Chenglong_li 发表于 2018-7-5 16:00
有机化合物opt几何优化完成后，使用polar关键词计算静态（超）极化率，后在Multiwfn分析的结果中Dipole mom ...

Gaussian输出的偶极矩一种是标准朝向下的，一种是输入朝向下的（末尾的archive段落），Multiwfn给出的对应后者
不懂什么叫标准朝向看
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297

作者
Author: mly12345 时间: 2018-7-7 23:52
老师好，在计算激发态的轨道时发现各激发态由多个轨道共同贡献，所以选择MULTIWFN里的HOLE-ELECTRON的方式来表示电子跃迁情况。想请问一下为什么会出现以上的情况呢？是由于分子结构吗？比如分子偶极距或者共轭程度的原因？没有看到相关的文献所以希望老师指教，谢谢了！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-8 04:23

mly12345 发表于 2018-7-7 23:52
老师好，在计算激发态的轨道时发现各激发态由多个轨道共同贡献，所以选择MULTIWFN里的HOLE-ELECTRON的方式 ...

不要想多
本来这就是电子态之间的跃迁，一个电子态对应一个多电子波函数，而分子轨道只是单电子近似下的产物，哪可能总是只用一对轨道跃迁就能完美描述

作者
Author: mly12345 时间: 2018-7-9 09:30

sobereva 发表于 2018-7-8 04:23
不要想多
本来这就是电子态之间的跃迁，一个电子态对应一个多电子波函数，而分子轨道只是单电子近似下 ...

谢谢老师，那同样的分子不同的构型会导致激发态和分子轨道特征不同吗？分子结构和激发态的轨道特征又是如何联系的呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-9 09:38

mly12345 发表于 2018-7-9 09:30
谢谢老师，那同样的分子不同的构型会导致激发态和分子轨道特征不同吗？分子结构和激发态的轨道特征又是如 ...

会
没有简单联系

作者
Author: mly12345 时间: 2018-7-9 09:54

sobereva 发表于 2018-7-9 09:38
会
没有简单联系

谢谢老师，那我具体应该看一些关于哪方面的资料呢？

作者
Author: xjtu_wcl 时间: 2018-7-9 10:29
Sob老师 Multiwfn 能用matlab调用吗？我想用multiwfn做分子静电势的批处理，记得您说过批处理的问题，但找不到了，想问下您matlab可以吗？multiwfn的静电势的统计结果输出除了复制粘贴能否输出txt或者其他格式

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-9 13:02

xjtu_wcl 发表于 2018-7-9 10:29
Sob老师 Multiwfn 能用matlab调用吗？我想用multiwfn做分子静电势的批处理，记得您说过批处理的问题，但找 ...

没试过matlab调用
通过重定向的方式就能把输出信息导出到文本文件里，看手册5.2和5.3节

作者
Author: Adair 时间: 2018-7-10 17:18
本帖最后由 Adair 于 2018-7-10 17:21 编辑

各位坛友，老师:我在用Multiwfn绘制跃迁密度矩阵平面图（TDM）的时候，按照操作步骤，中间有一步提示“If symmetrizing the transition density matrix?<y/n>”我不太明白这一步选“y”或是选“n”,在结果上有会造成什么样的区别，烦请各位有明白这一块的能给我点拨一下，谢谢。下面的图是我选择“y”和“n”分别得到的跃迁密度矩阵平面图。
E:\pic\choose-y.png
E:\pic\choose-n.png

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-11 05:03

Adair 发表于 2018-7-10 17:18
各位坛友，老师:我在用Multiwfn绘制跃迁密度矩阵平面图（TDM）的时候，按照操作步骤，中间有一步提示“If s ...

看最新版手册3.21.2节的说明

作者
Author: Adair 时间: 2018-7-11 10:12

sobereva 发表于 2018-7-11 05:03
看最新版手册3.21.2节的说明

谢谢老师

作者
Author: mly12345 时间: 2018-7-14 16:15
老师好，我在计算电子激发过程中片段简单电荷转移百分比的时候发现整个分子的各个原子一起计算总电荷量就是0，但是我分成各个片段后，能构成整个分子的所有的片段的电荷量加在一起总和并不是0，这是因为什么呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-15 05:52

mly12345 发表于 2018-7-14 16:15
老师好，我在计算电子激发过程中片段简单电荷转移百分比的时候发现整个分子的各个原子一起计算总电荷量就是 ...

我不清楚你具体怎么做的，最好能给个简单例子

作者
Author: mly12345 时间: 2018-7-15 12:33

sobereva 发表于 2018-7-15 05:52
我不清楚你具体怎么做的，最好能给个简单例子

具体情况是这样的，我计算的是一个分子“D-π-A-π-A-π-D”的电荷转移，计算整个分子的基态时候的总电荷量为0.00000286.当我分别计算了D，π，A部分的结构（比如D是一个甲氧基）之后，我将各个计算的电荷量加在一起并不是0.00000286了，这是我计算错误吗？

作者
Author: mly12345 时间: 2018-7-15 12:35
还有一个问题，就是我在计算分子中的某一部分比如苯环，激发态的电荷量减去基态的，结果是是正的，那是不是就可以说明我这个苯环是在激发后是获得电荷的呢？谢谢老师

作者
Author: 平辉正 时间: 2018-7-16 09:46
Sob老师，我在使用multiwfn 加载VASP的CHGCAR转换成的cube文件后，发现有的文件能打开（2.cube），有的会闪退(1.cube)。我看过您关于cube文件格式的帖子，感觉格式没问题，不明白为什么会加载不了，特来向您求助。

闪退信息：
forrt1: severe(24):end-of-file during read, unit 10

附件：cube文件地址 https://pan.baidu.com/s/1hfH_QgttGXGe8-PeD5aHIw

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-16 10:27

平辉正发表于 2018-7-16 09:46
Sob老师，我在使用multiwfn 加载VASP的CHGCAR转换成的cube文件后，发现有的文件能打开（2.cube），有的会闪 ...

上传cube文件前应当压缩一下，体积能小N倍

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-16 10:27

mly12345 发表于 2018-7-15 12:35
还有一个问题，就是我在计算分子中的某一部分比如苯环，激发态的电荷量减去基态的，结果是是正的，那是不是 ...

是的（即丢失了电子）

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-16 10:28

mly12345 发表于 2018-7-15 12:33
具体情况是这样的，我计算的是一个分子“D-π-A-π-A-π-D”的电荷转移，计算整个分子的基态时候的总电荷 ...

如果只是零点零零零几后面有差异，这属于数值积分误差，不用管

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2018-7-16 11:29
(, 下载次数 Times of downloads: 335) (, 下载次数 Times of downloads: 352)
老师好，我用#p b3lyp/genecp（6-31G* Lanl2dz） scrf=smd TD opt  计算含Fe配合物激发态，主要是研究荧光猝灭。研究发现S1 振子强度为0，NTO变换后发现该跃迁主要是Fe的d-d跃迁。应该是传说的宇称禁阻。
但是因为b3lyp可能存在ghost态问题，所以想用Multiwfn验证一下，但是出现上述问题，请问该怎么办。
我看老师给的例子里面那个没显示的数字是 1st/2nd terms: 后面的数字之差。我的计算“ 1st/2nd terms:”后面的数字是不是大到不正常了？
还有一个量化的问题不知道能否在这个波函数专贴中提问。
S1激发涉及的几个轨道里面没有HOMO225-LUMO226 是否正常？是不是方法太差基组太烂定性错误了
Excited State 1:    Singlet-A    1.5878 eV  780.85 nm  f=0.0000  <S**2>=0.000
   221 -> 236       0.16662
   221 -> 238       0.13921
   223 -> 234       0.11646
   223 -> 236       0.49486
   223 -> 238       0.41335
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(TD-HF/TD-DFT) =  -2722.64080136
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.

作者
Author: 平辉正 时间: 2018-7-16 12:51

sobereva 发表于 2018-7-16 10:27
上传cube文件前应当压缩一下，体积能小N倍

已重新上传压缩包，https://pan.baidu.com/s/1hfH_QgttGXGe8-PeD5aHIw

作者
Author: qingqing1223 时间: 2018-7-16 18:18
请问社长，我在用Multiwfn计算HF与NH4阳离子的dimer体系进行原子盆积分的时候，在选择2 The same as 1, but with exact refinement of basin boundary然后进行电子密度的盆积分计算时，屏幕上出现好多Warning: Exceeded the step limit of steepest ascent process!，请问在这种情况下输出的盆积分结果还可靠吗？如果不可靠的话应该怎样调整参数设置呢？

作者
Author: mly12345 时间: 2018-7-17 08:33

sobereva 发表于 2018-7-16 10:28
如果只是零点零零零几后面有差异，这属于数值积分误差，不用管

老师，是这样的。我的D1/2-π1-A-π3-A-π2-D3/4结构，总的电荷量算完为=0.00000286
但是各的部分
D1=0.1744%
D2=0.0880%
D3=0.1744%
D4=0.0880%
π1=0.3292%
π2=0.3292%
π3=-0.8164%
A1=-1.1057%
A2=-1.1063%
这几个加在一起的电荷量=-1.8451%，为什么不是0呢？是不是我有什么没注意到的地方？
求老师指点一下~

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-17 08:40

mly12345 发表于 2018-7-17 08:33
老师，是这样的。我的D1/2-π1-A-π3-A-π2-D3/4结构，总的电荷量算完为=0.00000286
但是各的部分
D1=0 ...

你最好把你的完整操作步骤贴一下

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-17 08:42

ABetaCarw 发表于 2018-7-16 11:29
老师好，我用#p b3lyp/genecp（6-31G* Lanl2dz） scrf=smd TD opt 计算含Fe配合物激发态，主要是研究荧 ...

那个数值是****没关系，是由于CT特征太小，导致hole和electron质心位置过近所致

正常

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-17 08:42

qingqing1223 发表于 2018-7-16 18:18
请问社长，我在用Multiwfn计算HF与NH4阳离子的dimer体系进行原子盆积分的时候，在选择2 The same as 1, but ...

最好能上传输入文件，我在我这里算算看看

作者
Author: qingqing1223 时间: 2018-7-17 09:13

sobereva 发表于 2018-7-17 08:42
最好能上传输入文件，我在我这里算算看看

输入文件已上传，谢谢社长！

作者
Author: mly12345 时间: 2018-7-17 09:26
本帖最后由 mly12345 于 2018-7-17 15:32 编辑

sobereva 发表于 2018-7-17 08:40
你最好把你的完整操作步骤贴一下

1. S0输入：
%chk=L-charge-S0.chk
#p CAM-B3LYP/genecp int=fine

B3LYP/6-31G*

0 1
【基态几何优化坐标】

C O N H 0
6-31G*
****

2. S1输入：
%mem=2GB
%chk=L-charge-S1.chk
#p CAM-B3LYP/genecp int=fine td(root=1) density out=wfn

B3LYP/6-31G

0 1
【激发态几何优化坐标】

C O N H 0
6-31G*
****

L-charge-S1.wfn

作者
Author: mly12345 时间: 2018-7-17 11:15

sobereva 发表于 2018-7-17 08:40
你最好把你的完整操作步骤贴一下

我知道了，老师，我算片段电荷的时候，输入的是：5 6 7
实际只算了5
应该输入5，6，7才对。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-17 13:39

平辉正发表于 2018-7-16 12:51
已重新上传压缩包，https://pan.baidu.com/s/1hfH_QgttGXGe8-PeD5aHIw

标准的cube文件应当是第三个维度每次循环一遍之后空一行，但是你的cube文件不标准，没有空行，所有数据全都是连着的，所以载入不了。

另外，Multiwfn目前只能支持矩形格子，但1.cube文件的格子不是矩形的，虽然我改过代码后可以载入，也没法用来正确分析

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-17 14:19

qingqing1223 发表于 2018-7-16 18:18
请问社长，我在用Multiwfn计算HF与NH4阳离子的dimer体系进行原子盆积分的时候，在选择2 The same as 1, but ...

我看了下，结果可以用
出现那个提示是因为当前体系的计算的盒子中有电子密度极为稀薄的区域，导致那些区域的格点难以归属。这影响甚微

作者
Author: qingqing1223 时间: 2018-7-17 16:18

sobereva 发表于 2018-7-17 14:19
我看了下，结果可以用
出现那个提示是因为当前体系的计算的盒子中有电子密度极为稀薄的区域，导致那些区 ...

好的，谢谢社长

作者
Author: 旺旺雪饼 时间: 2018-7-18 21:30
sob老师，Multiwfn可以输出氢键的键能吗？不用AB-A-B这样的方法。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-18 21:45

旺旺雪饼发表于 2018-7-18 21:30
sob老师，Multiwfn可以输出氢键的键能吗？不用AB-A-B这样的方法。

用BCP处势能密度除以2估算。手册4.2.1节有例子。另外也可以通过静电势估算，手册4.1.2节有例子

作者
Author: 旺旺雪饼 时间: 2018-7-18 21:48

sobereva 发表于 2018-7-18 21:45
用BCP处势能密度除以2估算。手册4.2.1节有例子。另外也可以通过静电势估算，手册4.1.2节有例子

好的，感谢老师指点

作者
Author: 平辉正 时间: 2018-7-18 22:47

sobereva 发表于 2018-7-17 13:39
标准的cube文件应当是第三个维度每次循环一遍之后空一行，但是你的cube文件不标准，没有空行，所有数据 ...

明白了，非常细致的讲解，拜谢Sob大神，我自己试试

作者
Author: 啃骨魔 时间: 2018-7-19 22:14
各位老师好！我是做有机小分子晶体方向的，现在想用AIM和RDG分析晶体内的分子间相互作用，在学习sob老师的博文“使用Multiwfn图形化研究弱相互作用”，那么在优化结构生成wfn或fch时必须要加pbc的关键词吧，使用PC机基本跑不下来。
我现在可以使用castep通过平面波方法优化晶体结构，请问老师有没有比较简便的从优化后结构产生wfn的方法？我选取分子簇后即使算单点能也要花很长时间，有时还不能正确结束。还有请问一下如何对整个晶体进行promolecular处理，可以利用RDG研究弱相互作用在整个晶体中的分布？如果能提供一个例子就更好了。我使用一个优化后的有机晶体结构在multiwfn中进行promolecular处理后存成func1.cub和func2.cub，在vmd中仍然只显示不对称单元。
非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-20 09:53

啃骨魔发表于 2018-7-19 22:14
各位老师好！我是做有机小分子晶体方向的，现在想用AIM和RDG分析晶体内的分子间相互作用，在学习sob老师的 ...

分子晶体里取出分子簇算个单点一般不会花多少时间。诸如Multiwfn的JCC原文里通过RDG分析尿素晶体里的弱相互作用例子就是这么干的。只要你的簇小于200个原子，用B3LYP/6-31G*这种档次算个单点不会有多昂贵。还算不动还可以用ORCA在RI-BLYP/def2-SVP下算，速度还能快得多。如果RI-BLYP/def2-SVP都算不动，就只能用promolecular近似了。

想直接用promolecular近似的RDG或IGM考察晶体而不截取团簇的话，先把晶胞延展成复晶胞，然后在MS里选择unbuild crystal，去掉周期性，然后导出pdb，直接给Multiwfn分析就完了。

作者
Author: 啃骨魔 时间: 2018-7-20 11:16
谢谢sob老师指导！

作者
Author: Adair 时间: 2018-7-22 15:38
各位老师，同学；我已经使用Multiwfn计算了分子的跃迁偶极矩，接下来想计算永久偶极矩，但是不太会算，在手册上也没太找到相应的内容，哪位老师同学知道如何计算永久偶极矩，希望能够指导一下，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-23 14:53

Adair 发表于 2018-7-22 15:38
各位老师，同学；我已经使用Multiwfn计算了分子的跃迁偶极矩，接下来想计算永久偶极矩，但是不太会算，在 ...

轻易一搜论坛就有答案
http://bbs.keinsci.com/thread-10443-1-1.html

作者
Author: mly12345 时间: 2018-7-24 17:50
老师好，我像问一下在计算分子的电荷量转移百分比的时候，应该是基态的用基态几何优化的结果，激发态用激发态的几何优化结果吗？
输入文件：
基态：
%mem=2GB
%chk=B-charge-S0.chk
#p CAM-B3LYP/genecp int=fine

B3LYP

0 1
坐标
=================
S1激发态：
%mem=2GB
%chk=B-charge-S1-1.chk
#p CAM-B3LYP/genecp int=fine td(root=1) density out=wfn

title

0 1
================

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-24 18:20

mly12345 发表于 2018-7-24 17:50
老师好，我像问一下在计算分子的电荷量转移百分比的时候，应该是基态的用基态几何优化的结果，激发态用激发 ...

研究垂直激发的过程就用基态优化的结构，研究垂直发射的过程就用激发态优化的结构

作者
Author: 329678001 时间: 2018-7-26 17:25

sob老师，我想用Multiwfn算Wiberg或者Mayer键级。我得到了4个输出的键级。1.Bond order matrix for alpha electrons ，2.Bond order matrix for beta electrons 3.Bond order matrix for all electrons ，4.Bond order matrix from mixed density 。
一：我想判断成键强弱，我应该用那种输出的键级呢？
二：我高斯自带的是NBO3.1版本的。Multiwfn得到的Wiberg键级是属于哪个版本下的呢？
三：我这里保存了一个之前的fchk文件，我用GV查看，好像也没破损啊，不知为何我用Multiwfn查看键序时候闪退了。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-26 18:13

329678001 发表于 2018-7-26 17:25
sob老师，我想用Multiwfn算Wiberg或者Mayer键级。我得到了4个输出的键级。1.Bond order matrix for alpha ...

1 用Bond order matrix for all electrons
2 Multiwfn是Multiwfn，NBO是NBO，怎么会有“Multiwfn得到的Wiberg键级是属于哪个版本下的呢”这样的问题？
Multiwfn计算Wiberg键级的原理在手册3.11.3节写明了
3 fch文件有问题，说不清楚就连同输入文件压缩后上传。gv能打开就不代表fch文件就没问题

作者
Author: 329678001 时间: 2018-7-26 18:35

sobereva 发表于 2018-7-26 18:13
1 用Bond order matrix for all electrons
2 Multiwfn是Multiwfn，NBO是NBO，怎么会有“Multiwfn得到 ...

是这样的，我高斯自带的是NBO3.1版本的，我在想Wiberg键序是不是和NBO的版本有关，所以才有此一问。
我查看其中N=O键键级，距离是1.19935埃。高斯算的wiberg是1.7346，Multiwfn上得到的是2.42010262。Multiwfn上得到的Mayer键级是1.76085609。
（本来我课题组一直沿用的都是高斯上自带的NBO算键序。我师妹之前算不同体系的N=O键级时候，发现得到的结果不准确，有的N=O更长，但是Wiberg键级却更大。）

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-26 18:45

329678001 发表于 2018-7-26 18:35
是这样的，我高斯自带的是NBO3.1版本的，我在想Wiberg键序是不是和NBO的版本有关，所以才有此一问。
我 ...

NBO程序一直都是基于NAO算Wiberg键级，公式就是Multiwfn手册上的。不同NBO版本原理上没差异，但可能由于不同NBO版产生的NAO不同，导致结果有异
Multiwfn算Wiberg键级用的是Lowdin正交化后的基函数算的
若无特殊情况，也没用弥散函数，用Multiwfn里的Mayer键级就完了，甭用Wiberg键级也甭用NBO

作者
Author: lianghuashou 时间: 2018-7-27 10:22
sobereva老师，我想分析 In-Br 成键的类型是离子键和共价键，做了电荷密度差的图，如果只考虑黄色区域的话，实线表示离子键，如果考虑红色区域的话，实线虚线都有，就不知道是什么键了
希望老师指点一下，
另外我也做了Mayer bond order， IN-Br的键级是0.384

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-27 20:44

lianghuashou 发表于 2018-7-27 10:22
sobereva老师，我想分析 In-Br 成键的类型是离子键和共价键，做了电荷密度差的图，如果只考虑黄色区域的话 ...

只要原子成键区域中央有电子密度增加的区域（如你黄色方框所示），就代表有一定程度的共价作用。所以当前可以认为有一定共价作用，但鉴于Mayer键级不大，所以只是较弱的共价作用

作者
Author: TreeHoleTeller 时间: 2018-7-30 08:49
sobereva老师您好，我需要考察对多环芳烃不同位置加氢后对特定C-C键能的影响，之前考虑利用NBO中的Lewis轨道占据来解释这个影响，但教程后面提到NBO不适用于高度电子离域的体系，所以选择NBO是否不妥呢？是的话，请问利用Multiwfn中的哪项分析功能更合适呢？
感谢sobereva老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-7-30 10:53

TreeHoleTeller 发表于 2018-7-30 08:49
sobereva老师您好，我需要考察对多环芳烃不同位置加氢后对特定C-C键能的影响，之前考虑利用NBO中的Lewis轨 ...

用Multiwfn计算拉普拉斯键级，或者用Multiwfn做AIM分析考察BCP属性来分析多好，参考比如
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414
成键分析问题用Multiwfn比NBO强得多得多

作者
Author: 刘小英雄steven 时间: 2018-7-31 09:13
sob老师，文章提到Fe-N/C (分别属于NO和CO) 之间有电子富集区的重叠，所以N/C和Fe的键能很大，这是为什么呢？如果两个原子间是电子损失区的重叠，是不是也说明键能很大？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-1 05:25

刘小英雄steven 发表于 2018-7-31 09:13
sob老师，文章提到Fe-N/C (分别属于NO和CO) 之间有电子富集区的重叠，所以N/C和Fe的键能很大，这是为什么呢 ...

共价作用导致成键原子间的成键区域中电子密度增加。如果电子密度减小，那就说明没有共价作用，而且还可能存在严重交换互斥，导致它们倾向于分离

作者
Author: 刘小英雄steven 时间: 2018-8-1 09:53

sobereva 发表于 2018-8-1 05:25
共价作用导致成键原子间的成键区域中电子密度增加。如果电子密度减小，那就说明没有共价作用，而且还可能 ...

谢谢sob老师，您真的是太赞了！

作者
Author: 329678001 时间: 2018-8-5 17:33
sob老师您好，我使用Multiwfn算Mayer键序，可以同样的N-O键序键长一样，为什么Mayer键序差那么多呢？我查验了好几遍，结果是没问题的，是我哪里出错了么？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-6 05:56

329678001 发表于 2018-8-5 17:33
sob老师您好，我使用Multiwfn算Mayer键序，可以同样的N-O键序键长一样，为什么Mayer键序差那么多呢？我查验 ...

键长并不能反应电子结构特征，这也正是键级的独到价值
你也可以结合AIM键临界点性质分析，拉普拉斯键级分析等等，看看是否规律基本相同。我也遇见极个别情况下Mayer键级明显不合理的情况。

作者
Author: 不懂计算 时间: 2018-8-10 21:01
sob老师，关于CDA分析，做到附图中的分析了，在制表时表标题应该如何写呀？我写的是“片段轨道对XXX配合物HOMO-n分子轨道的d、b、r项的贡献 “，不知道合不合理

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-11 06:54

不懂计算发表于 2018-8-10 21:01
sob老师，关于CDA分析，做到附图中的分析了，在制表时表标题应该如何写呀？我写的是“片段轨道对XXX配合物 ...

XXX配合物HOMO-n分子轨道对d、b、r项的贡献的片段轨道相互作用分解

作者
Author: 不懂计算 时间: 2018-8-11 10:17

sobereva 发表于 2018-8-11 06:54
XXX配合物HOMO-n分子轨道对d、b、r项的贡献的片段轨道相互作用分解

感谢sob老师

作者
Author: 不懂计算 时间: 2018-8-20 22:02
sob老师，在B3LYP/6-31G**(RECP)水平下计算铀酰离子体系的Mayer键级时，为什么没有U=O双键的键级数据呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-20 22:57

不懂计算发表于 2018-8-20 22:02
sob老师，在B3LYP/6-31G**(RECP)水平下计算铀酰离子体系的Mayer键级时，为什么没有U=O双键的键级数据呀？

没你的结构和文件我不好说
没有输出，应当是数值小于默认的输出阈值。可以导出键级矩阵（bndmat.txt文件）从中自行读取对应的矩阵元

作者
Author: 不懂计算 时间: 2018-8-21 09:27
本帖最后由不懂计算于 2018-8-21 09:56 编辑

sobereva 发表于 2018-8-20 22:57
没你的结构和文件我不好说
没有输出，应当是数值小于默认的输出阈值。可以导出键级矩阵（bndmat.txt文件 ...

谢谢sob老师，但是bndmat.txt文件里显示U=O键级为负值，可以取它的绝对值作为键级数据吗？附件是我做键级的fch文件

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-21 23:22

不懂计算发表于 2018-8-21 09:27
谢谢sob老师，但是bndmat.txt文件里显示U=O键级为负值，可以取它的绝对值作为键级数据吗？附件是我做键级 ...

对U具体用的是什么基组？最好把高斯输入文件也贴出来

作者
Author: 不懂计算 时间: 2018-8-22 11:20

sobereva 发表于 2018-8-21 23:22
对U具体用的是什么基组？最好把高斯输入文件也贴出来

谢谢sob老师，输入文件已经上传

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-22 22:32

不懂计算发表于 2018-8-22 11:20
谢谢sob老师，输入文件已经上传

你的关键词有严重问题，必须写genecp，否则赝势不会被读入，得到的能量和波函数都严重错误

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-8-23 08:59
Sob老师，我目前想用delta_r index来表征分子的CT特征，在您的Multiwfn手册中看到了相关的内容，是用基态的计算结果来计算delta_r。我现在想表征激发态构型下分子的CT特征（仍用delta_r index），该如何操作呢？与表征基态分子的操作区别是什么？

作者
Author: 不懂计算 时间: 2018-8-23 09:32

sobereva 发表于 2018-8-22 22:32
你的关键词有严重问题，必须写genecp，否则赝势不会被读入，得到的能量和波函数都严重错误

明白了谢谢sob老师指点

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-24 17:12

Theor_Comp 发表于 2018-8-23 08:59
Sob老师，我目前想用delta_r index来表征分子的CT特征，在您的Multiwfn手册中看到了相关的内容，是用基态的 ...

"用基态的计算结果"这种表述不确切，应当说在基态的及小点结构下计算delta_r

先优化激发态，用所得的结构做一次电子激发计算，再用Multiwfn得到delta_r就完了

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-8-24 17:20

sobereva 发表于 2018-8-24 17:12
"用基态的计算结果"这种表述不确切，应当说在基态的及小点结构下计算delta_r

先优化激发态，用所得的 ...

Sob老师，能否用优化激发态过程中的最后一步的电子激发信息来直接算？也就是说，优化激发态最后一步得出的电子跃迁信息，与得到激发态最优结构后再单独做一次电子激发给出的电子跃迁信息是否一致呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-24 19:04

Theor_Comp 发表于 2018-8-24 17:20
Sob老师，能否用优化激发态过程中的最后一步的电子激发信息来直接算？也就是说，优化激发态最后一步得出 ...

原理上一样。但是Multiwfn不支持优化任务的输出文件做delta_r计算

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-8-24 19:20

sobereva 发表于 2018-8-24 19:04
原理上一样。但是Multiwfn不支持优化任务的输出文件做delta_r计算

Sob老师，我是这么想的：
1. 将激发态优化得到的输出文件中只保留最后一步的结果，其他部分删掉，那这样能用Multiwfn来做激发态结构下的delta_r了吗？

2. 如果用所得的结构做一次电子激发计算，那使用激发态的结构进行TD时，关键词是# TD b3lyp/6-31G* scrf=(iefpcm,solvent=water)还是# TD=eqsolv b3lyp/6-31G* scrf=(iefpcm,solvent=water),也就是说这种情况下要不要加eqsolv?

谢谢您！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-24 19:37

Theor_Comp 发表于 2018-8-24 19:20
Sob老师，我是这么想的：
1. 将激发态优化得到的输出文件中只保留最后一步的结果，其他部分删掉，那这样 ...

1 如果删不好，Multiwfn照样识别不了。而且带着IOp(9/40=x)做优化，每一步都会输出一大坨信息，输出文件也会颇大。

2 写eqsolv对当前情况从原理上有益

作者
Author: 刘小英雄steven 时间: 2018-8-31 08:51
本帖最后由刘小英雄steven 于 2018-8-31 08:52 编辑

老师，这是手册里的EDD图的分析，我想知道O和H 之间形成了为啥有两块区域，一块是电子密度的富集代表作用力增强可以理解，另一块电子密度减少反应了O-H之间怎样的作用？是不是原子间只要有大块的富集区就代表作用力增强呢？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-31 16:41

刘小英雄steven 发表于 2018-8-31 08:51
老师，这是手册里的EDD图的分析，我想知道O和H 之间形成了为啥有两块区域，一块是电子密度的富集代表作用力 ...

电子有増的地方必定伴随着电子减少的地方。减少的那块可以认为是氧上的电子云分布发生了极化、轨道的杂化，导致相应区域电子数减少所致

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-9-1 20:16
Sob老师，在使用Multiwfn绘制荧光光谱时，您的教程中“因此和绘制吸收光谱的关键不同点是要把S0至S1以上激发态的振子强度都设为0。做法就是先优化出S1的结构，然后在这个结构下做一次电子激发计算（默认的nstates=3实际上已经够了），然后将输出文件载入Multiwfn...“，
为什么优化S1后还需要再在该结构下做一次电子激发计算，优化S1过程中不是已经给出了吗？直接用优化S1的输出文件不可以吗？

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-9-1 20:21

Theor_Comp 发表于 2018-9-1 20:16
Sob老师，在使用Multiwfn绘制荧光光谱时，您的教程中“因此和绘制吸收光谱的关键不同点是要把S0至S1以上激 ...

上面的回答不是已经说了吗。
Multiwfn不支持优化任务。我猜Multiwfn在读取输出文件中的组态系数的时候，是通过“->”和"<-"这两个符号来识别的，因此如果是激发态优化的任务，优化的每一步都会有这些组态系数需要读取，肯定就会出错了。
以上是个人的猜测，如有误，还请sob老师指出。

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2018-9-1 21:41

让你变成回忆发表于 2018-9-1 20:21
上面的回答不是已经说了吗。
Multiwfn不支持优化任务。我猜Multiwfn在读取输出文件中的组态系数的时候， ...

但Multiwfn好像可以使用S1优化的输出文件来画荧光光谱，这个结果可不可以用？

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-9-1 22:13

Theor_Comp 发表于 2018-9-1 21:41
但Multiwfn好像可以使用S1优化的输出文件来画荧光光谱，这个结果可不可以用？

我试了下好像是可以支持激发态优化的输出文件绘制光谱。而且激发能、阵子强度等信息的确也和优化最后一步的结果一致。我看了下sob老师上面的回答，应该是说一些分析激发态跃迁特征的功能，是不能支持优化的任务。

具体还是等着sob老师来回答。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-2 02:25

Theor_Comp 发表于 2018-9-1 21:41
但Multiwfn好像可以使用S1优化的输出文件来画荧光光谱，这个结果可不可以用？

手册里有明示
(, 下载次数 Times of downloads: 126)

不能用激发态优化任务的是主功能18（电子激发分析）中的那些需要组态系数的功能，比如空穴-电子分析，这和绘制光谱不是一码事

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