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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2022-11-28 01:57:22 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
经常看到有些人在其它帖子后面跟帖提问和主贴无关的比较简单的量化问题,本论坛很不鼓励这样的做法,楼就歪了,会造成讨论秩序的严重混乱。但有些问题非常简单,单独发个帖子问也不值得(要不然论坛平均讨论质量会显著下降),所以特设此帖。凡是极为简单的,不需要后续反复讨论的、几句话就能写清楚的问题,请在此跟帖提问。此帖绝不仅限于LZ sob进行解答,也非常欢迎其他人参与解答。
涉及一堆图片、文字、输入输出文件的问题属于复杂问题,请单独发帖,别在此帖询问。

如果有人在量子化学版发帖问的内容属于特别初级,或者老生常谈的问题,我看到后也会合并到本帖里,避免没营养、重复的信息太多,拉低论坛讨论的含金量。
提问之前,一定要先用论坛首页的Google搜索框搜索论坛全文,确认找不到答案再问

与波函数分析、Multiwfn相关的问题不要在此帖咨询,请在"波函数分析与Multiwfn"板块发帖。论坛也有专门的Multiwfn简单问题答疑专贴http://bbs.keinsci.com/thread-10181-1-1.html

另:几乎没什么量化基础的人做量化计算前应好好看看此贴
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html

注:旧版“简单量子化学问题答疑专帖”(http://bbs.keinsci.com/thread-806-1-1.html)是2015-2-22发布的,已于2022-11-28关帖。过往讨论请看旧版帖子。  

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发表于 Post on 2022-11-28 08:33:54 | 显示全部楼层 Show all

关于垂直电势能和还原电位

怎么计算垂直电势能哇?还有就是怎么查看它的还原电位?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-28 08:40:55 | 显示全部楼层 Show all
zxy123 发表于 2022-11-28 08:33
怎么计算垂直电势能哇?还有就是怎么查看它的还原电位?

别一有问题就发帖问。有问题先用公社论坛首页google框搜
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发表于 Post on 2022-11-28 10:18:18 | 显示全部楼层 Show all

IRC只算了三步就停了,没有报错

本帖最后由 SuXXXX 于 2022-11-28 10:18 编辑

各位老师同学们,我有一个结构算IRC,往后中间体方向能正常跑,但是前中间体方向只跑了三步就停了。 1669598671920.jpg
根据sob老师的帖子:“在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题”(http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =7736&highlight=irc),我首先确认IRC和过渡态都在一个方法基组下进行的,并在计算过渡态和IRC时都加了int=ultrafine,也还是只跑了三步就停止了。加tight的方法之前报错,后来重新设置输入文件就能运行,目前还在计算中。
另外我也将maxstep设置为20、30、50,依旧是只跑了三步就停了。请问还有没有别的方法能够在尽量不重新算过渡态的情况下得到这个过渡态完整的IRC。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-28 10:30:25 | 显示全部楼层 Show all
SuXXXX 发表于 2022-11-28 10:18
各位老师同学们,我有一个结构算IRC,往后中间体方向能正常跑,但是前中间体方向只跑了三步就停了。
根据s ...

我博文明明说的是stepsize,哪来的maxstep
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发表于 Post on 2022-11-28 10:45:00 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 Mr.zhen 于 2022-11-28 10:48 编辑

请问各位老师,IRC的结果正常情况下应当是两端能量变化都趋于平稳吗?我所做的IRC任务,设置的Maxpoints为100,但每边只走了33步就结束了,且没有报错,结果如下,请问这种情况正常吗?而另一个任务,两端能量都趋于平稳
202211281045119512..png
202211281048119748..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-28 10:50:13 | 显示全部楼层 Show all
Mr.zhen 发表于 2022-11-28 10:45
请问各位老师,IRC的结果正常情况下应当是两端能量变化都趋于平稳吗?我所做的IRC任务,设置的Maxpoints为1 ...

没必要非得走到接近水平。而且以Gaussian程序对IRC的判据,即便关键词再得当、maxpoints再大,也往往会在明显没到水平的区域就停止
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发表于 Post on 2022-11-28 10:55:04 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2022-11-28 10:50
没必要非得走到接近水平。而且以Gaussian程序对IRC的判据,即便关键词再得当、maxpoints再大,也往往会在 ...

请问这种情况算是高斯软件待优化的bug吗?如果希望IRC图很理想,以用于文章中,现在有可用的方法吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-28 10:56:16 | 显示全部楼层 Show all
Mr.zhen 发表于 2022-11-28 10:55
请问这种情况算是高斯软件待优化的bug吗?如果希望IRC图很理想,以用于文章中,现在有可用的方法吗?

bug算不上。只不过Gaussian对IRC结束的判据不总是很科学,而且还不给用户自定义的余地
结合calcall或recalc提高IRC质量有可能能跑得更充分点,但也没法保证能跑到较平坦的地方
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发表于 Post on 2022-11-28 15:20:48 | 显示全部楼层 Show all
老师好,请问Gaussian用串行命令输入计算后的计算结果能分多个out文件导出吗?只看到了chk文件是可以的

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发表于 Post on 2022-11-28 15:54:02 | 显示全部楼层 Show all
老师您好,请问我在做分子的能量优化和振动分析,算出分子的振动吸收谱,我选择的基组是6-311G*, 我想问我要说明这个基组选择的合理性和不选择6-31+G* (在卢老师的博文里面提及到,优化和振动分析不太需要弥散函数),我该引用什么文章来说明这一点?

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发表于 Post on 2022-11-28 17:21:57 | 显示全部楼层 Show all
RES 发表于 2022-11-28 08:54
老师您好,请问我在做分子的能量优化和振动分析,算出分子的振动吸收谱,我选择的基组是6-311G*, 我想问我 ...

看一下6-311G*计算的原子电荷(最好用Hirshfeld电荷等对基组不太敏感的电荷),看最负的是多少,以电荷并不是很负来证明不需要弥散函数。
没有任何文献能证明所有体系的优化和振动分析都不需要弥散函数,因为带负电足够多、足够集中的体系肯定是需要弥散函数的,所以必须结合你的特定体系,证明你的体系带负电不够多、不集中才行,光引文献不够。
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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发表于 Post on 2022-11-28 20:13:49 | 显示全部楼层 Show all
多谢老师,我还有两个问题,这个Hirshfeld电荷如何看,如何判断是不是很负。还有一个问题是,我要如何说明算振动分析不需要用大的基组,引用用卢老师的http://sobereva.com/552 博文里面最后提到的那篇论文可以吗? 再次感谢老师

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发表于 Post on 2022-11-28 21:15:27 | 显示全部楼层 Show all

内存不够该怎末调整

各位老师好,我在Linux系统用高斯做频率分析优化的时候,总报错 Insufficient memory for a single shell combination in PrmRal called from PrmRaf 根据论坛之前有人求助,这是内存不够导致。
自己将虚拟机运行内存调至最大55GB default文件也设置为55GB,同样报错 Insufficient memory for a single shell combination in PrmRal called from PrmRaf 这该怎末处理才好
这是我的输入文件
%chk=14c.chk
# opt freq b3lyp/6-31g geom=connectivity

Title Card Required

0 1
C        1.42356        -1.239248        0.000016
C        1.437794        -3.71339        0.000016
C        2.832872        -3.691444        0.000218
C        3.560728        -2.479398        0.000234
C        2.847458        -1.238328        0.00006
H        3.379216        -4.631079        0.000316
C        0.712112        -2.470665        -0.000013
C        3.562787        0.00005        0.000055
C        2.847398        1.23838        -0.000077
C        0.707276        -0.000006        -0.000118
C        0.681656        -4.944093        -0.000209
C        -0.681572        -4.94403        -0.000441
H        1.230636        -5.881274        -0.001131
H        -1.230534        -5.881233        -0.001285
C        -2.847358        -1.238381        0.000055
C        -3.560545        -2.479496        0.000098
C        -2.83255        -3.691452        -0.000234
H        -3.378766        -4.631142        0.000009
C        -0.712103        -2.470674        -0.00009
C        -0.712155        2.470664        -0.000018
C        -1.423599        1.239231        -0.000017
C        -0.707289        -0.000008        0.000022
C        1.437689        3.71343        -0.000135
C        0.712083        2.470674        -0.000155
C        1.42353        1.239236        -0.000048
C        3.560634        2.479477        -0.000095
C        2.832757        3.691526        -0.000136
H        3.379013        4.631202        -0.000034
C        -0.681687        4.944101        -0.000086
C        0.681508        4.944121        -0.000121
H        -1.230706        5.881261        -0.000096
H        1.230491        5.881311        -0.000186
C        -2.832887        3.691444        0.000067
C        -1.43781        3.71337        -0.000042
H        -3.379188        4.631085        0.000054
C        -4.991019        2.443608        0.000094
C        -5.674704        1.25129        0.000137
C        -2.847472        1.238298        0.000107
C        -3.560746        2.479368        0.000101
H        -5.532992        3.384753        0.000051
H        -6.760873        1.245524        0.000085
C        -4.986646        -0.000079        0.000109
C        -5.674607        -1.251493        0.000152
C        -4.990831        -2.443765        0.000193
C        -3.562816        -0.000048        0.000092
H        -6.760777        -1.245768        0.000136
H        -5.532803        -3.384919        0.000287
C        -1.437719        -3.713362        -0.000261
C        -1.423523        -1.239261        0.000036
C        4.986604        0.000065        0.000103
C        5.674608        1.251478        -0.00007
C        4.990905        2.443779        -0.000155
H        6.760779        1.24573        -0.000193
H        5.532862        3.384926        -0.000263
C        4.990974        -2.443639        0.000394
C        5.674678        -1.251331        0.000342
H        5.532964        -3.384794        0.000505
H        6.760833        -1.245575        0.000663

1 5 1.5 7 1.5 10 1.5
2 3 1.5 7 1.5 11 1.5
3 4 1.5 6 1.0
4 5 1.5 55 1.5
5 8 1.5
6
7 19 1.5
8 9 1.5 50 1.5
9 26 1.5 25 1.5
10 22 1.5 25 1.5
11 12 1.5 13 1.0
12 14 1.0 48 1.5
13
14
15 16 1.5 45 1.5 49 1.5
16 17 1.5 44 1.5
17 18 1.0 48 1.5
18
19 49 1.5 48 1.5
20 21 1.5 24 1.5 34 1.5
21 22 1.5 38 1.5
22 49 1.5
23 24 1.5 27 1.5 30 1.5
24 25 1.5
25
26 27 1.5 52 1.5
27 28 1.0
28
29 30 1.5 31 1.0 34 1.5
30 32 1.0
31
32
33 34 1.5 35 1.0 39 1.5
34
35
36 37 1.5 39 1.5 40 1.0
37 41 1.0 42 1.5
38 39 1.5 45 1.5
39
40
41
42 43 1.5 45 1.5
43 44 1.5 46 1.0
44 47 1.0
45
46
47
48
49
50 51 1.5 56 1.5
51 52 1.5 53 1.0
52 54 1.0
53
54
55 56 1.5 57 1.0
56 58 1.0
57
58

这是我最后报错那个部分
Insufficient memory for a single shell combination in PrmRal called from PrmRaf:
LenV=      721534 MaxCom=         -78
Error termination via Lnk1e in /home/manying/g09/l1002.exe at Mon Nov 28 07:52:07 2022.
Job cpu time:       0 days  0 hours 36 minutes  9.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    485 Int=      0 D2E=      0 Chk=     15 Scr=      1
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-28 21:22:44 | 显示全部楼层 Show all
manying 发表于 2022-11-28 21:15
各位老师好,我在Linux系统用高斯做频率分析优化的时候,总报错 Insufficient memory for a si ...

明确写上%mem=55GB再试。如果解决了,说明默认配置文件没设对
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