计算化学公社

标题: 求垂直孔洞轴心截面的长边和短边长度 [打印本页]

作者
Author: CharlesGe 时间: 2018-8-16 21:01
标题: 求垂直孔洞轴心截面的长边和短边长度
阅读了sob老师的文章：使用Multiwfn可视化分子孔洞并计算孔洞体积http://sobereva.com/408。希望能够求出垂直孔洞轴心的切出来的截面的长轴和短轴各有多长，不知道能不能实现？谢谢各位老师
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作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-17 10:46
我刚刚更新了Multiwfn，去主页上重新下载3.6(dev)版，此版本对域进行积分，会有以下输出
Volume:  317.232000 Bohr^3  ( 47.008943 Angstrom^3 )
Average: 0.1000000000E+01
Maximum: 0.1000000000E+01 Minimum: 0.1000000000E+01

Position statistics for coordinates of domain points (Angstrom):
X minimum: -2.7823  X maximum: 3.1445  Span: 5.9268
Y minimum: -2.6823  Y maximum: 2.6095  Span: 5.2918
Z minimum: -3.1770  Z maximum: 3.9140  Span: 7.0910  <-此即Z方向孔洞的长度

如果这不是你需要的数据，最好能在图上标注一下具体需要哪个距离

作者
Author: sobereva 时间: 2018-8-17 13:47
我刚才又对程序作了更新，目前可以把边缘格点导出成pdb文件，在VMD里随意测量，例如
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相应地，之前的帖子http://bbs.keinsci.com/thread-9331-1-1.html也已经更新了

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