计算化学公社

标题: 将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态求助 [打印本页]

作者
Author: chemzhh 时间: 2019-2-12 23:58
标题: 将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态求助
按照sob的博文http://sobereva.com/421，准备通过Gaussian和xtb联用搜索过渡态，xtb是最新的版本xtb-190208，Gaussian是D01，在学校超算平台上运行的，运行博文中提供的范例TS.gjf报错如下：
[zhangheng@swarm02 xtb]$ normal termination of xtb
forrtl: No such file or directory
forrtl: severe (29): file not found, unit 10, file /project/zhangheng/xtb/energy
Image             PC             Routine          Line       Source
extderi          0000000000405356  Unknown             Unknown  Unknown
extderi          000000000041186B  Unknown             Unknown  Unknown
extderi          0000000000402691  Unknown             Unknown  Unknown
extderi          00000000004024AE  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       00002AD3F7BB63D5  Unknown             Unknown  Unknown
extderi          00000000004023B9  Unknown             Unknown  Unknown
PGFIO-F-217/formatted read/unit=31/attempt to read past end of file.
File name = /home/zhangheng/project/g09/scratch/Gau-19772.EOu formatted, sequential access record = 1
In source file runexo.f, at line number 22
  --- traceback not available
srun: error: n0169: task 0: Exited with exit code 1
[1]+  Exit 1                srun -c 1 g09 TS.gjf

生成的TS.log文件最后几行如下：
External calculation of energy, first and second derivatives.
Running external command "./xtb.sh R"
      input file    "/home/zhangheng/project/g09/scratch/Gau-19772.EIn"
      output file    "/home/zhangheng/project/g09/scratch/Gau-19772.EOu"
      message file    "/home/zhangheng/project/g09/scratch/Gau-19772.EMs"
      fchk file       "/home/zhangheng/project/g09/scratch/Gau-19772.EFC"
      mat. el file    "/home/zhangheng/project/g09/scratch/Gau-19772.EUF"
Generating mol.tmp
Generating mol.xyz via genxyz
Running: xtb mol.xyz -chrg 0 -uhf 0 -hess > xtbout
xtb running finished!
Extracting data from xtb outputs via extderi

感觉出错的原因在于读取文件错误，在论坛上搜索了一下，"

将gaussian与ORCA（或xtb）时遇到的一个小问题及其解决方法(http://bbs.keinsci.com/thread-11309-1-1.html)"，按这个帖子的办法无法解决出错。

另有一个帖子，"molclus调用xtb不收敛报错(http://bbs.keinsci.com/thread-9942-1-1.html)"，感觉提到的问题和我遇到的问题很相似，但这个帖子没有说明如何解决的。

恳请大家给予指点，谢谢！

作者
Author: ggdh 时间: 2019-2-13 01:19
/project/zhangheng/xtb/energy看看这个文件有没有，如果没有看看xtbout文件的最后是啥

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-13 07:21
那个贴子里的脚本只兼容文章的last update日期以前的xtb，对最新的不兼容

作者
Author: chemzhh 时间: 2019-2-13 09:53
追问，如何下载以前版本的xtb，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-13 10:54

chemzhh 发表于 2019-2-13 09:53
追问，如何下载以前版本的xtb，谢谢

找作者要

作者
Author: chemzhh 时间: 2019-2-14 01:09
已找作者要到了，发过来一个文件，xtb.gz，解压后得到一个文件xtb，没有扩展名，这个文件用tar没法解压，请问如何处理，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-14 06:24

chemzhh 发表于 2019-2-14 01:09
已找作者要到了，发过来一个文件，xtb.gz，解压后得到一个文件xtb，没有扩展名，这个文件用tar没法解压，请 ...

gz就是gzip压缩格式的后缀

作者
Author: chemzhh 时间: 2019-2-14 10:24
我的意思是Grimme发给我的文件是xtb.gz，这个我可以解压，但解压后只有一个文件，名为xtb，这个文件不知如何处理，我已在QQ给你留言了

作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2019-2-14 12:22
最新的版本不是xtb6.1么
上次Grimme给我发来个邮件填一下信息，结果那个word我怎么都打不开，Word 文档显示 this document created in online version of Microsoft office Word
是因此没有给我更新邮件了么

作者
Author: chemzhh 时间: 2019-2-14 14:22
目前xtb最新的版本应该是2019年2月8号发布的6.1beta

作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2019-2-14 16:14

chemzhh 发表于 2019-2-14 14:22
目前xtb最新的版本应该是2019年2月8号发布的6.1beta

麻烦能把Grimme那份word贴一下么，我去更新下我的消息
谢谢啦

作者
Author: chemzhh 时间: 2019-2-14 16:34
我没有收到什么word文件，下面是邮件的正文。有什么问题可以直接给他发邮件，Grimme回邮件很快。

Dear xtb users,
an updated version of the xtb code version 6.1beta can be downloaded.
See the release notes for details.

The version mainly contains bug-fixes, AMD proc support (hopefully working), and as a very cool new feature Cartesian RMSD based metadynamics (MTD(RMSD)) for doing nanoreactor simulations or finding reaction paths.
I was also able using this technique to significantly improve our conformer search algorithm. See the chemarxiv preprint for details (https://doi.org/10.26434/chemrxiv.7660532.v1).
The GFN2-xTB can also be cited (10.1021/acs.jctc.8b01176).
The new conformer search procedure is implemented fully OMP parallel in a code dubbed CREST (Conformer-Rotamer Ensemble Sampling
Tool)
which can be downloaded as well. The old MF-MD-GC version is still available.
Again: this makes the widely used -siman option totally obsolete as crest is much better, very well tested, and save regarding the ability of finding really good ensembles including the right lowest-energy conformer. For more info just type crest -h or simply crest in a directory with valid "coord" file.
The new scheme will be our default also in the fully automatic NMR spectra calculation procedure. The NMR related codes enso.py/anmr will be updated very soon.
Best
Stefan Grimme (and the development team)

作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2019-2-14 17:02

chemzhh 发表于 2019-2-14 16:34
我没有收到什么word文件，下面是邮件的正文。有什么问题可以直接给他发邮件，Grimme回邮件很快。

好的，谢谢啦

作者
Author: chemzhh 时间: 2019-2-15 19:41
在sob的帮助下，终于成功实现了将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态。根据我的结果，Gaussian09 D01不能用，Gaussian09 E01正常运行。另外我在上面提到的不能解压的问题，其实是我的误解，Grimme发给我的只是一个文件，不需要解压，替换就行了。按博文中说明的，二者联用速度快，建议有需要的用户可以向Grimme申请当前版本的xtb并收藏现在的脚本，这是可以正常运行的。
Grimme回邮件很快，sob修改脚本也很快，在此一并致谢。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)