将gaussian与ORCA（或xtb）时遇到的一个小问题及其解决方法

beautywu

最近学习了sob老师的博文《将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析》http://bbs.keinsci.com/thread-10141-1-1.html和《将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析 》http://sobereva.com/421后，自己用手头的服务器装上了ORCA（服务器系统是Ubuntu16.04LTS，好一颗暗雷233），和gaussian联用找了个体系试了试，ORCA的版本是4.0.1.2，gaussian版本是16的，但是当我用老师给的例子运行时，我出现了下述错误：

在刚刚敲入『g16   ***.gjf』后，屏幕上出现两行提醒：


本以为报错了，但是发现终端里面的任务并没有停止，遂在文件目录中打开ORCA输出的mol.out查看，发现任务正常运行。然而，当ORCA中的任务跑完（正常结束）之后，终端返回了错误，具体为：



并且，查看gaussian此时的输出文件时候，发现也很诡异，是这个样子的：

（输出文件就这样结束了，后面连报错信息都没有）

一开始面对这个情况非常尴尬，结尾的报错之诡异令我无从下手去解决问题。可以看出，ORCA程序是没有问题的，错误是在运行extorca，也就是gaussian读取ORCA输出的信息的时候才出现的，于是将目光转向extorca.f90文件，然而在sob老师的博文中发现，这个并不是ORCA程序版本的问题（博文中和我用的版本都一样，是4.0.1.2），并且把gaussian16换成gaussian09依然不能解决问题。

此时我开始注意到了刚运行任务的时候出现的两个提醒，『unexpected operator』分别出现在『orca.sh』jio本的第16和18行，打开脚本文件发现，只是个人畜无害的条件语句：

然而问题确实就出在这里。在Ubuntu系统中，默认的编译环境是dash，dash和bash是不兼容的，同样作为一种Unix shell，它执行 shell scripts 的速度比bash快，需要的软件库也较少。然而貌似用户对它的诟病很多。在dash环境下的判断相等时的符号是『=』而不是『==』。


解决方法有两种，一是修改编译默认连接到bash，可以在终端中运行sudo dpkg-reconfigure dash后选择no来实现；二是把sh脚本中的『==』替换为『=』。


改了之后发现运行『g16   ***.gjf』时果然没再出现提醒，程序也未报错。


在gaussian与xtb联用的sh文件中，也会发现这个情况：





因此，对于Ubuntu系统也需要进行相应的操作才能正常将gaussian与xtb联用。综上，对于Ubuntu用户来说，默认的编译环境是dash而不是bash，这一点不容忽略。

（参考来自linux公社和CSDN）

sobereva

所以说，做计算的人用CentOS最省心，除非对Ubuntu情有独钟者，否则都应当用CentOS

granvia

Could it possible just to specify the shell language in the first line of the *.sh files, as #!/bin/bash ?

beautywu

sobereva 发表于 2018-11-3 22:38
所以说，做计算的人用CentOS最省心，除非对Ubuntu情有独钟者，否则都应当用CentOS

是呀，有时候图省事的心态反而也容易给自己带来麻烦呢

beautywu

granvia 发表于 2018-11-3 22:41
Could it possible just to specify the shell language in the first line of the *.sh files, as #!/bin/ ...

在开头声明环境，感觉也可以呢，谢谢补充~~

Daniel_Arndt

我一般写Shell脚本都会在开头写“#!/bin/bash”。省心省力。