计算化学公社

标题: 审稿意见求助 [打印本页]

作者
Author: haimingzhang 时间: 2019-2-27 10:44
标题: 审稿意见求助
How did the authors quantify the type and the strength of the inter- and intra- molecular interactions and bonding as a result of DFT simulations without analyzing the output files through atom in a molecule analysis? A bond critical point calculation must have been studied by calculating electron densities of the critical interactions in order to quantify such important molecular interaction parameters; but it is missing. Also, electrostatic potential analysis could have been considered as SO2 might form reactive interaction surfaces between the DES forming HBA and HBD!

请问审稿人提的意见需要补哪些计算啊，计算小白一枚，谢谢大家了！

作者
Author: 小范范1989 时间: 2019-2-27 11:22
自己不是做这个方向的哈．但是我看审稿意见，是不是需要补充计算？从其他的角度分析一下，就是审稿人说的：
must have been studied by calculating electron densities of the critical interactions in order to quantify such important molecular interaction parameters; but it is missing.
这个是必须要补充的．

electrostatic potential analysis could have been considered as SO2 might form reactive interaction surfaces between the DES forming HBA and HBD!
这个我觉着也要做吧．
个人理解哈．

作者
Author: haimingzhang 时间: 2019-2-27 12:29

小范范1989 发表于 2019-2-27 11:22
自己不是做这个方向的哈．但是我看审稿意见，是不是需要补充计算？从其他的角度分析一下，就是审稿人说的： ...

非常感谢

麻烦再问一下，第一条的意思是让做一个结合SO2过后的电荷分布计算，然后根据电荷情况来判断相互作用吗？还有就是这两条意见是不是都要通过绘制静电势图来解决啊？

自己是做工程方向的，计算方面真的是一窍不通，还麻烦多多指导

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-27 14:40
这都是波函数分析方面的事，让你通过波函数分析进一步讨论相互作用强度和本质，都可以用Multiwfn完美解决

他提到用AIM分析相互作用，相关知识看
AIM学习资料和重要文献合集 http://bbs.keinsci.com/thread-362-1-1.html
Multiwfn是目前最好的实现AIM分析的程序，基本使用看手册4.2节，以及
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图（含视频演示）
http://sobereva.com/445（http://bbs.keinsci.com/thread-11079-1-1.html）
根据AIM里的bond critical point的属性，诸如电子密度、势能密度、能量密度、电子密度拉普拉斯等信息可以讨论成键特征，看前面的AIM合集里的基本资料

静电势分析可以用来讨论吸附或反应位点，看以下内容了解基本常识，之后自然就知道怎么讨论了
静电势与平均局部离子化能综述合集 http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html

作者
Author: 小范范1989 时间: 2019-2-27 16:39

haimingzhang 发表于 2019-2-27 12:29
非常感谢麻烦再问一下，第一条的意思是让做一个结合SO2过后的电荷分布计算，然后根据电荷情况来判断 ...

你好，具体的看sob老师给回复的吧，我也是个外行人，我就是针对英语而言的。抱歉

作者
Author: haimingzhang 时间: 2019-2-27 21:04

sobereva 发表于 2019-2-27 14:40
这都是波函数分析方面的事，让你通过波函数分析进一步讨论相互作用强度和本质，都可以用Multiwfn完美解决
...

明白了，太感谢老师的解答了

作者
Author: haimingzhang 时间: 2019-3-9 20:17

sobereva 发表于 2019-2-27 14:40
这都是波函数分析方面的事，让你通过波函数分析进一步讨论相互作用强度和本质，都可以用Multiwfn完美解决
...

老师，抱歉打扰了！第一个问题已经搞完了，但这个还是有点不懂审稿人的意思Also, electrostatic potential analysis could have been considered as SO2 might form reactive interaction surfaces between the DES forming HBA and HBD! 这是让我用静电势分析可能的吸收位点吗?

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-10 03:02

haimingzhang 发表于 2019-3-9 20:17
老师，抱歉打扰了！第一个问题已经搞完了，但这个还是有点不懂审稿人的意思Also, electrostatic potentia ...

没有上下文，没看过你的文章，我不确定
如果文中没做过静电势分析，可以加上这样的分析

作者
Author: haimingzhang 时间: 2019-3-16 12:44

sobereva 发表于 2019-2-27 14:40
这都是波函数分析方面的事，让你通过波函数分析进一步讨论相互作用强度和本质，都可以用Multiwfn完美解决
...

老师，打扰了！计算BCP的时候有点小问题，麻烦老师帮帮忙
Cl-…S（SO2） ρBCP=3.7874293780E-02 ▽2BCP=7.9591748960E-02 HBCP= -9.2702969490E-04
氯离子与SO2上的S原子之间应该是电荷作用，这一点有太多文献已经证明了，但看有文献上说HBCP （Energy density E(r) or H(r)））为负说明是共价作用，所以不知道该判断是电荷作用还是共价作用。
麻烦老师了！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-16 23:09

haimingzhang 发表于 2019-3-16 12:44
老师，打扰了！计算BCP的时候有点小问题，麻烦老师帮帮忙
Cl-…S（SO2） ρBCP=3.7874293780E-02 ▽2BC ...

看
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471

作者
Author: haimingzhang 时间: 2019-3-17 17:36
本帖最后由 haimingzhang 于 2019-3-17 17:47 编辑

sobereva 发表于 2019-3-16 23:09
看
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471

谢谢老师！

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