计算化学公社

标题: 求助高斯g-write报错 [打印本页]

作者
Author: 大慧慧 时间: 2019-3-29 09:13
标题: 求助高斯g-write报错
使用如下方法计算体系的单点，有C/N/F/H原子
%chk=calix-li-H-mp2.chk
%nprocshared=16
%mem=16GB
#p mp2/aug-cc-pVDZ

Title Card Required

0 2
出现了如下报错，想知道什么原因：
Erroneous write. Write -1 instead of 2097152000.
fd = 4
orig len = 17119899216 left = 7473835168
g_write

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-29 09:18
硬盘的临时文件夹写满了
MP2等后HF很耗硬盘
除非你有明确用MP2的理由，否则绝对不要用，又贵又烂，这里靠后部分专门说了
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）

如果确实要用MP2而且你硬盘确实腾不出足够的空间，用ORCA做，速度快得多资源消耗还少得多

作者
Author: niobium 时间: 2019-3-29 09:31
没硬盘就用fulldir，把内存设大一点，如果你只有16G的内存，那就可能很慢了，体系多少基函数？

作者
Author: 大慧慧 时间: 2019-3-29 14:23

sobereva 发表于 2019-3-29 09:18
硬盘的临时文件夹写满了
MP2等后HF很耗硬盘
除非你有明确用MP2的理由，否则绝对不要用，又贵又烂，这里靠 ...

好的谢谢老师

作者
Author: 大慧慧 时间: 2019-3-29 14:25

niobium 发表于 2019-3-29 09:31
没硬盘就用fulldir，把内存设大一点，如果你只有16G的内存，那就可能很慢了，体系多少基函数？

体系大概有45个原子，四个N 四个F其他的是C和H

作者
Author: 大慧慧 时间: 2019-4-14 16:15

niobium 发表于 2019-3-29 09:31
没硬盘就用fulldir，把内存设大一点，如果你只有16G的内存，那就可能很慢了，体系多少基函数？

想问一下您如何用fulldir将内存设大一点呀

作者
Author: niobium 时间: 2019-4-15 10:01

大慧慧发表于 2019-4-14 16:15
想问一下您如何用fulldir将内存设大一点呀

%mem设的多少就是多少，机器有多少内存就用多少内存

作者
Author: 大慧慧 时间: 2019-4-15 13:44

niobium 发表于 2019-4-15 10:01
%mem设的多少就是多少，机器有多少内存就用多少内存

机器有24GB内存，但就是g-write报错呀

作者
Author: zhiaimsn@hotmai 时间: 2021-7-27 11:00
我清理tmp文件夹依然不行，放上u盘拷了点文件，拔下来，就OK了

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-7-27 17:25

zhiaimsn@hotmai 发表于 2021-7-27 11:00
我清理tmp文件夹依然不行，放上u盘拷了点文件，拔下来，就OK了

如果你的高斯临时文件目录是tmp，那么你清理tmp文件夹才有用，否则无用。如果不知道高斯临时文件路径在哪里（不能想当然认为是tmp），可以运行
echo $GAUSS_SCRDIR
查看高斯临时文件目录。

作者
Author: snljty 时间: 2021-7-28 11:34

zhiaimsn@hotmai 发表于 2021-7-27 11:00
我清理tmp文件夹依然不行，放上u盘拷了点文件，拔下来，就OK了

另外检查写临时文件的目录所对应的挂载的分区是否是配置的计算节点用来存储临时文件的分区。

作者
Author: z'r'z 时间: 2024-10-18 11:28

zjxitcc 发表于 2021-7-27 17:25
如果你的高斯临时文件目录是tmp，那么你清理tmp文件夹才有用，否则无用。如果不知道高斯临时文件路径在哪 ...

echo $GAUSS_SCRDIR这个怎么运行

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-10-18 15:03

z'r'z 发表于 2024-10-18 11:28
echo $GAUSS_SCRDIR这个怎么运行

在Linux终端里运行，这是Linux下的gaussian临时文件路径。

作者
Author: 姓超名能战士 时间: 2025-12-13 19:26
各位老师好，我最近也约到这个问题了，可是我的g16 scratch盘有100G啊，为什么还会这样呢，麻烦老师们能解答一下

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-12-13 20:35
本帖最后由 zjxitcc 于 2025-12-13 20:37 编辑

姓超名能战士发表于 2025-12-13 19:26
各位老师好，我最近也约到这个问题了，可是我的g16 scratch盘有100G啊，为什么还会这样呢，麻烦老师们能解 ...

100GB不是什么大数字，如果有几年的Gaussian异常终止任务的积累，不难被占满。即使已清空scratch，真有100GB给你用，那也要看做什么计算，一个中等体系的CCSD计算就占满了。Gaussian的临时文件目录里，临时文件都是以Gau-数字开头的，一看便知。

作者
Author: 姓超名能战士 时间: 2025-12-14 16:21

zjxitcc 发表于 2025-12-13 20:35
100GB不是什么大数字，如果有几年的Gaussian异常终止任务的积累，不难被占满。即使已清空scratch，真有10 ...

%chk=het-e-3_freq.chk
%nprocshared=64
%mem=120GB
#p freq wb97xd/6-311++g(2d,p) pop(NBO,full) out=wfn

het-e

0 1
C                -5.91896500 1.15649600 -1.26969300
C                -5.05988700 2.31164800 -1.81002900
O                -4.78378000 2.38892000 -2.99878000
N                -4.61285300 3.18598200 -0.88416800
C                -3.55623600 4.14662000 -1.16338000
C                -2.19873900 3.41815600 -1.11766700
O                -1.42505800 3.53831500 -0.17972300
N                -1.96307400 2.63675400 -2.18774300
C                -0.84587800 1.73759100 -2.25082500
C                -1.19608900 0.33525100 -1.75418700
O                -2.34804900 0.06053400 -1.44805200
N                -0.18705400 -0.57040200 -1.70088800
C                1.08944900 -0.41235000 -2.42040800
C                1.19064600 -1.66171600 -3.32505400
C                -0.13396300 -2.40935500 -3.11180100
C                -0.52248800 -1.99321400 -1.68616600
C                0.29430700 -2.84328900 -0.70693300
N                1.05005900 -2.21356100 0.21506900
C                2.18584100 -2.88718500 0.80887500
C                2.05425100 -3.21916000 2.30552400
C                0.95115400 -4.26240700 2.49072300
C                1.77124300 -2.02298400 3.21617200
C                3.44301600 -2.14140000 0.33233000
O                3.62243400 -1.98457500 -0.87050000
N                4.31724400 -1.70726600 1.26072800
C                5.52351200 -0.93120500 0.99064600
C                6.52858500 -1.68475400 0.10302500
C                5.20142400 0.48760100 0.48898200
O                5.40672800 1.45666900 1.21041000
N                4.71733600 0.57935900 -0.75957600
C                4.44702500 1.84544600 -1.42061200
C                4.57211600 1.67406900 -2.92269600
C                3.06080700 2.39304200 -1.03117100
O                2.17292600 2.55390000 -1.85111400
N                2.93845700 2.68935800 0.27783200
C                1.67743300 3.00228600 0.88250600
C                1.03046100 1.77567000 1.53020700
O                1.42767000 0.64561800 1.28750600
N                0.01874000 2.03427500 2.38965400
C                -0.40785900 3.38340700 2.77947600
C                -1.57724200 3.13671900 3.72373500
C                -1.23652600 1.78723700 4.36277100
C                -0.55822800 0.98829400 3.24117200
C                -1.48268900 0.03735200 2.46608200
N                -2.75513700 0.42285800 2.26044000
C                -3.57602500 -0.33221400 1.34506700
C                -4.20943700 -1.60470500 1.96521000
C                -4.61679000 0.62455900 0.79268900
O                -4.97032600 1.61142600 1.43742900
N                -5.09507800 0.29713300 -0.41780000
C                -7.24314400 1.63550300 -0.66925600
C                -8.23473500 0.54307300 -0.22635900
C                -7.95089500 0.00387900 1.17575700
C                -8.35451200 -0.59615400 -1.23804100
C                -4.28215700 -2.71817000 0.95190800
O                -1.07579800 -1.04113300 2.06556300
C                -5.47130200 -3.11412200 0.35148700
C                -5.49052900 -4.09072400 -0.63421600
C                -4.30302900 -4.68782600 -1.03375100
C                -3.10259200 -4.31183200 -0.43982600
C                -3.10246600 -3.33655500 0.54118600
O                -4.36542100 -5.63447100 -2.01042800
C                7.77367800 -0.87365100 -0.14639600
C                7.97139000 -0.21750500 -1.35813400
C                9.08900400 0.56669600 -1.58364600
C                10.04058500 0.70961200 -0.58276400
C                9.86614900 0.05928200 0.63268200
C                8.74063900 -0.72197900 0.84030600
O                11.12137600 1.49216700 -0.84813800
O                0.28569500 -4.05794300 -0.84483600
C                -3.61072100 5.28942100 -0.16872700
H                -6.13881800 0.55786500 -2.15224600
H                -4.78379100 2.95027200 0.08913100
H                -3.71552500 4.51638300 -2.17804200
H                -2.74134900 2.48605000 -2.81952400
H                -0.52322400 1.66545500 -3.29205600
H                -0.00299300 2.14978000 -1.69774900
H                1.11802200 0.52145400 -2.97155600
H                1.90526700 -0.38662400 -1.69910900
H                2.03081400 -2.27701000 -3.00058300
H                1.34956800 -1.39386200 -4.36975400
H                -0.90528300 -2.04963800 -3.79688800
H                -0.04304000 -3.48792100 -3.21373900
H                -1.58020700 -2.12081400 -1.46769700
H                0.92851500 -1.22010100 0.38108000
H                2.24811700 -3.84550600 0.28519800
H                3.00396800 -3.68787100 2.59524000
H                0.87396000 -4.55267700 3.54106200
H                1.13763900 -5.15703400 1.89405800
H                -0.01085900 -3.84762300 2.18173700
H                1.82112200 -2.33459400 4.26258500
H                2.44709300 -1.17553100 3.07784000
H                0.76876700 -1.65274100 3.00517000
H                4.02895600 -1.76822100 2.22136700
H                5.98882700 -0.75627400 1.96049700
H                6.77427800 -2.61992400 0.61374300
H                6.05508600 -1.95319600 -0.84048100
H                4.39603400 -0.28429000 -1.18985900
H                5.19486100 2.55517000 -1.05661900
H                3.85945200 0.93154500 -3.28789800
H                4.35804000 2.61267400 -3.43172600
H                5.58351400 1.35234300 -3.17561100
H                3.72158100 2.44291100 0.87511800
H                1.82143300 3.78745000 1.62681800
H                0.98770700 3.38997700 0.12887400
H                0.40276000 3.89718500 3.30912500
H                -0.69331600 3.96064700 1.90196900
H                -2.51159700 3.09610100 3.15859900
H                -1.68231100 3.93349500 4.45946200
H                -0.51829500 1.93563300 5.17196000
H                -2.10085800 1.26981200 4.77773200
H                0.24381800 0.35382200 3.61665500
H                -3.09745000 1.33429700 2.52102900
H                -2.93224200 -0.64838300 0.52501900
H                -3.56412700 -1.90605100 2.79151300
H                -5.19290900 -1.38110400 2.38608700
H                -4.53143100 -0.37464500 -0.92035900
H                -7.05639000 2.31078300 0.16666100
H                -7.71334500 2.23047100 -1.45947000
H                -9.20865600 1.04326400 -0.18014400
H                -7.85633400 0.81309500 1.90254400
H                -8.75979200 -0.65566500 1.50092600
H                -7.02509600 -0.57124900 1.19820400
H                -8.54757800 -0.22196300 -2.24727700
H                -9.17606000 -1.26339300 -0.96730200
H                -7.44183000 -1.19878900 -1.26821200
H                -6.40586100 -2.65262200 0.65198800
H                -6.41899100 -4.39626900 -1.10088800
H                -2.16105800 -4.75989000 -0.74618100
H                -2.16232900 -3.02930300 0.98889000
H                -3.48151700 -5.96450700 -2.18713000
H                7.23059700 -0.32183700 -2.14330400
H                9.23860600 1.07280400 -2.52922200
H                10.60890600 0.16285400 1.41756000
H                8.61842000 -1.22411500 1.79489600
H                11.69664100 1.51980700 -0.08089900
H                -3.46094800 4.92210200 0.84834000
H                -2.82340600 6.01351000 -0.37814100
H                -4.57874400 5.78865500 -0.22920400

het-e-3_freq.wfn

老师您好，服务器是新装的，scratch也清空了，我确定他确实有100GB，这是我的输入文件，我的这个化合物应该不算大吧，我连着尝试了两次，他都是同样的错误，希望老师能指导一下

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-12-14 18:35
本帖最后由 zjxitcc 于 2025-12-14 18:37 编辑

姓超名能战士发表于 2025-12-14 16:21
%chk=het-e-3_freq.chk
%nprocshared=64
%mem=120GB

建议改为wb97xd/6-311G(d,p)做结构优化、频率计算。若你死活要使用弥散函数，建议使用wb97xd/6-31+G(d,p)做结构优化、频率计算。这一步不要写pop(NBO,full) out=wfn，保持任务类型尽可能简单。

你要想好是否有必要写pop(NBO,full) out=wfn。比如你想用Multiwfn进行波函数分析，它支持直接载入fch文件，无需产生wfn文件，因此无需写out=wfn。如果你死活要写pop(NBO,full) out=wfn，那么建议分成两步计算，第一步就是上一段话所说的opt freq任务；第二个任务为读取优化好的结构及其波函数，输出wfn文件，关键词举例
#p wb97xd chkbasis guess=read geom=allcheck pop(NBO,full) out=wfn

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