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标题: 如何用高斯做CCSD（T）单点能计算？ [打印本页]

作者
Author: lei234 时间: 2019-5-2 03:22
标题: 如何用高斯做CCSD（T）单点能计算？
最近有个体系，不算大，不到60个原子，元素有C,N,O,H，结合了几个水分子。用M06-2X/6-31++G(d,p)优化读的能量，审稿人让做一下CC计算，（ I highlyrecommend to run CC calculations (as SP on the DFT structures) to have muchmore definitive conclusions.），还提到相同的体系别人已经用CCSD(T)计算过了。我打算用CCSD（T）做一下单点计算，对比一下能量。请问关键字应该怎么写？还有：
1.基组怎么选？我看别人用的是aug-cc-pVDZ
2.CCSD和CCSD(T)的区别？T是指激发三重态吗？我的体系都是基态，没有激发态。
3.内存应该设置多大？
如果计算单点能的话，直接CCSD(T)/aug-cc-pVDZ 就可以吗？

期待大神回复~~~

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-2 05:10
接近六十个原子做CCSD(T)就甭想了，直接告诉审稿人算不动。用像样的基组，标准方式的CCSD(T)至多只能算二十个原子出头的无对称性的有机体系。这审稿人缺乏常识。

顶多也就是用ORCA做DLPNO-CCSD(T)计算，这样的体系才算得动

作者
Author: lei234 时间: 2019-5-2 05:52

sobereva 发表于 2019-5-2 05:10
接近六十个原子做CCSD(T)就甭想了，直接告诉审稿人算不动。用像样的基组，标准方式的CCSD(T)至多只能算二十 ...

请问单点也算不动吗？
还有，那个ORCA是免费的吗？我到文献里看到DLPNO-CCSD(T)了，这是个方法吗？容易上手吗？
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-2 06:21

lei234 发表于 2019-5-2 05:52
请问单点也算不动吗？
还有，那个ORCA是免费的吗？我到文献里看到DLPNO-CCSD(T)了，这是个方法吗？容易 ...

我说的就是单点

是。还算容易上手

aug-cc-pVDZ这种2-zeta档次基组跟CCSD(T)完全不搭，用CCSD(T)必须从3-zeta起步

我不知道你想具体算什么问题，直接从M06-2X/6-31++G(d,p)这样很low的级别（基组太渣）提升到CCSD(T)完全没必要，用个双杂化泛函足够说事了

基组的问题看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）
下文专门提了双杂化和DLPNO-CCSD(T)的事
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）

作者
Author: lei234 时间: 2019-5-2 06:52

sobereva 发表于 2019-5-2 06:21
我说的就是单点

是。还算容易上手

我主要对比结构的能量，涉及到一点过渡态。但不想都算，找两个结构象征性的对比一下能量想着。审稿人建议做CCSD(T),您说的双杂化泛函可以用高斯算吗？我看您博文说的大部分也得用ORCA呢。那我这种体系您建议选哪种双杂化泛函，如果不想学ORCA，只用高斯的话？非常感激！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-2 13:15

lei234 发表于 2019-5-2 06:52
我主要对比结构的能量，涉及到一点过渡态。但不想都算，找两个结构象征性的对比一下能量想着。审稿人建议 ...

非要用Gaussian就用B2PLYP-D3(BJ)，关键词写成B2PLYPD3（从g09 D.01开始支持）

作者
Author: lei234 时间: 2019-5-4 01:13
本帖最后由 lei234 于 2019-5-4 01:21 编辑

sobereva 发表于 2019-5-2 13:15
非要用Gaussian就用B2PLYP-D3(BJ)，关键词写成B2PLYPD3（从g09 D.01开始支持）

好的，还有就是基组的问题，对于您说的这种双杂化泛函，应该用什么基组合适呢？我看见您博文里说双杂化泛函的基组要求和MP2相同，至少从6-311G(2d,p)起步，我如果把适合双杂化泛函的基组从低到高排列一下，顺序是不是6-311G(2d,p)<cc-pVTZ,顺便问下，用cc-pVTZ的话，直接B2PLYPD3/cc-pVTZ 就可以吗？感谢！我体系有明显的氢键作用，我用了6-311++g(2d,p)，另外加了溶剂化。您看合适吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-4 06:23

lei234 发表于 2019-5-4 01:13
好的，还有就是基组的问题，对于您说的这种双杂化泛函，应该用什么基组合适呢？我看见您博文里说双杂化泛 ...

至少用def2-TZVP，要更好就用def2-TZVPP或cc-pVTZ，再好就用cc-pVQZ或def2-QZVPP

没事甭给氢加弥散，我这里强调了
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

作者
Author: lei234 时间: 2019-5-7 05:29

sobereva 发表于 2019-5-4 06:23
至少用def2-TZVP，要更好就用def2-TZVPP或cc-pVTZ，再好就用cc-pVQZ或def2-QZVPP

没事甭给氢加弥散， ...

我用#p B2PLYPD3/Def2TZVP scrf=(smd,solvent=toluene)算单点，提示以下错误，不知道是怎么回事？还请赐教。
(, 下载次数 Times of downloads: 55)

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-7 08:13

lei234 发表于 2019-5-7 05:29
我用#p B2PLYPD3/Def2TZVP scrf=(smd,solvent=toluene)算单点，提示以下错误，不知道是怎么回事？还请赐 ...

硬盘不够
用maxdisk关键词事先告诉Gaussian硬盘剩余空间还多少，省得把硬盘写满了
要么就用ORCA（强烈推荐），比Gaussian算双杂化甚至能快两、三个数量级，而且占硬盘很少，此文靠后部分说了
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）

作者
Author: lei234 时间: 2019-5-7 09:52

sobereva 发表于 2019-5-7 08:13
硬盘不够
用maxdisk关键词事先告诉Gaussian硬盘剩余空间还多少，省得把硬盘写满了
要么就用ORCA（强烈 ...

老师，非常感谢您的回复！
说明书里只讲了不同计算中maxdisk的作用，没有说怎么用....请问具体是怎么用的呀？是写在关键字那里就可以了吗？还是maxdisk=多少这样？它的意思是磁盘空间剩多少用多少吗？还是？
很多感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-8 09:55

lei234 发表于 2019-5-7 09:52
老师，非常感谢您的回复！
说明书里只讲了不同计算中maxdisk的作用，没有说怎么用....请问具体是怎么用 ...

硬盘剩多少就maxdisk写多少，这样Gaussian如果事先知道硬盘空间不够大，要么提前报错，要么自动切换为占硬盘少的算法让计算得以进行

作者
Author: bd1225an 时间: 2020-3-23 18:48

sobereva 发表于 2019-5-2 05:10
接近六十个原子做CCSD(T)就甭想了，直接告诉审稿人算不动。用像样的基组，标准方式的CCSD(T)至多只能算二十 ...

您好，在上面提到的“标准方式的CCSD(T)至多只能算二十个原子出头的无对称性的有机体系”有相关的文献中说明吗？谢谢您打扰了。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-25 15:43

bd1225an 发表于 2020-3-23 18:48
您好，在上面提到的“标准方式的CCSD(T)至多只能算二十个原子出头的无对称性的有机体系”有相关的文献中 ...

这是实际计算经验，没有什么文献

作者
Author: bd1225an 时间: 2020-3-25 17:06

sobereva 发表于 2020-3-25 15:43
这是实际计算经验，没有什么文献

好的
谢谢老师

作者
Author: MiaoZuo 时间: 2022-11-30 19:57
我最近审稿看到一个课题组G16用SSCD(T)/ccpVTZ级别下以及SMD溶解模型计算单点能，IM和TS加起来二十几个结构，每个结构都在25原子左右，我觉得很扯。结果后来还是发表在其他期刊了，还两篇类似的。社长感觉这数据是否有问题

作者
Author: wjc404 时间: 2022-11-30 20:07
本帖最后由 wjc404 于 2022-11-30 20:10 编辑

MiaoZuo 发表于 2022-11-30 19:57
我最近审稿看到一个课题组G16用SSCD(T)/ccpVTZ级别下以及SMD溶解模型计算单点能，IM和TS加起来二十几个结构 ...

可以看一下平均每个任务的基函数数量和价层电子总数，以及对称性的情况。光从原子数看有时候不一定能判断计算开销。

作者
Author: MiaoZuo 时间: 2022-11-30 20:15

wjc404 发表于 2022-11-30 20:07
可以看一下平均每个任务的基函数数量和价层电子总数，以及对称性的情况。光从原子数看有时候不一定能判断 ...

好的，谢谢指导~

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2023-2-13 19:10

MiaoZuo 发表于 2022-11-30 19:57
我最近审稿看到一个课题组G16用SSCD(T)/ccpVTZ级别下以及SMD溶解模型计算单点能，IM和TS加起来二十几个结构 ...

SSCD(T)是什么方法？CCSD(T)的话我算过三十多个原子的，还含氯，也能正常算，大概要算一周左右

作者
Author: ogrebit 时间: 2023-2-13 19:58

mfdsrax2 发表于 2023-2-13 19:10
SSCD(T)是什么方法？CCSD(T)的话我算过三十多个原子的，还含氯，也能正常算，大概要算一周左右

请问你算三十个原子，用了多少核，硬件是多大内存，硬盘是多大？需要pcie3.0以上的nvme的ssd吗？

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2023-2-13 20:23
本帖最后由 mfdsrax2 于 2023-2-13 20:25 编辑

ogrebit 发表于 2023-2-13 19:58
请问你算三十个原子，用了多少核，硬件是多大内存，硬盘是多大？需要pcie3.0以上的nvme的ssd吗？

48核2TB内存，RWF文件最大2.8TB，放在SSD里，算了34天

作者
Author: ogrebit 时间: 2023-2-13 21:20

mfdsrax2 发表于 2023-2-13 20:23
48核2TB内存，RWF文件最大2.8TB，放在SSD里，算了34天

谢谢，内存单条128G好贵，看来玩不起ccsd

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2023-2-13 21:49

ogrebit 发表于 2023-2-13 21:20
谢谢，内存单条128G好贵，看来玩不起ccsd

1TB内存应该也能算，单条64的还可以接受

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-2-13 21:49

ogrebit 发表于 2023-2-13 14:20
谢谢，内存单条128G好贵，看来玩不起ccsd

可以用ORCA做DLPNO-CCSD(T)计算，普通16核机子算100个原子cc-pVTZ都可以，和普通CCSD(T)比误差1kcal/mol左右

作者
Author: MiaoZuo 时间: 2023-2-27 11:21

mfdsrax2 发表于 2023-2-13 20:23
48核2TB内存，RWF文件最大2.8TB，放在SSD里，算了34天

原文提及接近三十个结构都用这个级别的精度计算，而且是为了验证实验化学机理的，我感觉数据可能不太靠谱

作者
Author: Lluo 时间: 2023-9-21 17:36
所以楼主知道CCSD和CCSD(T)的区别了吗？最近我看文献也疑惑这个，在gaussian的计算方法选择里有CCSD，但是没明白这个（T）的含义，和如何设置？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-9-21 17:42
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-9-21 17:43 编辑

Lluo 发表于 2023-9-21 17:36
所以楼主知道CCSD和CCSD(T)的区别了吗？最近我看文献也疑惑这个，在gaussian的计算方法选择里有CCSD，但是 ...

CCSD(T)是先算完CCSD，在CCSD波函数基础上，以微扰的方式考虑三激发。t1和t2振幅在CCSD中是迭代求解的（给一组初猜，迭代至收敛），t3振幅在(T)中是一次求解、无迭代的。
如何设置：就是不要把事情想复杂，直接写比如CCSD(T)/cc-pVTZ。

作者
Author: Lluo 时间: 2023-10-25 11:21

zjxitcc 发表于 2023-9-21 17:42
CCSD(T)是先算完CCSD，在CCSD波函数基础上，以微扰的方式考虑三激发。t1和t2振幅在CCSD中是迭代求解的（ ...

好的明白了，谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)