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标题: 用ONIOM优化计算激发态问题 [打印本页]

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Author: liyuanfu7 时间: 2019-5-13 22:49
标题: 用ONIOM优化计算激发态问题
本帖最后由 liyuanfu7 于 2019-5-13 22:55 编辑

老师好，最近想用ONIOM（QM/MM）方法通过堆积方式计算发光材料分子的固态激发态性质。我先在mercury里面堆好分子，确保要研究的QM部分被MM部分完全包住。然后导出为.mol2格式，然后通过gview打开，通过atom groups 对其进行分层，将MM部分冻住，并将其电荷设为1，来优化的s0。
s1的计算是在#p opt oniom(b3lyp/6-31g(d)/Auto TD=(nstates=10):uff=qeq)=embedcharge geom=connectivity下进行计算的。问题是，同样的方法对于类似体系，得到的s1的输出结果文件不一样。

两个分子以及其各自的输出文件已在图片中上传，

为什么对于分子1就可以单独输出单重态的各个能级，但是对于分子2，为什么把三重态能级也输出了呢？这样不就没法算出绝热能级了吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-14 03:14
算第二个分子时当成了非限制性开壳层算的所致

/Auto根本就不能用于杂化泛函，去掉

注意qeq电荷并没法很好描述MM部分的原子对QM区域产生的静电作用，应当使用拟合静电势电荷。电荷设定可借助此文的工具
帮助设定Gaussian输入文件中优化flag和MM电荷的小工具
http://sobereva.com/332（http://bbs.keinsci.com/thread-3464-1-1.html）

作者
Author: tiandikuoyuan 时间: 2019-7-18 12:33

sobereva 发表于 2019-5-14 03:14
算第二个分子时当成了非限制性开壳层算的所致

/Auto根本就不能用于杂化泛函，去掉

老师，请问一下拟合静电势电荷时还需要对分子结构（晶体数据中取出）进行优化吗，还是只要计算单点能就行？
另外，请问一下VMD如何选取中心分子，或者自己指定的分子；我在尝试自己的结构时通过residue 43选取的不是最中间的分子。
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-18 21:52

tiandikuoyuan 发表于 2019-7-18 12:33
老师，请问一下拟合静电势电荷时还需要对分子结构（晶体数据中取出）进行优化吗，还是只要计算单点能就行 ...

优化氢原子，冻结重原子

看此视频
基于分子晶体cif文件抠出分子团簇结构
https://www.bilibili.com/video/av35864488/

作者
Author: tiandikuoyuan 时间: 2019-7-19 08:21

sobereva 发表于 2019-7-18 21:52
优化氢原子，冻结重原子

看此视频

好的，谢谢老师

作者
Author: 王采岑 时间: 2020-9-28 16:05
本帖最后由王采岑于 2020-9-28 17:01 编辑

您好，我有两个问题想要请教，如能回答，万分感谢。
1 #p opt oniom(b3lyp/6-31g(d)/Auto TD=(nstates=10):uff=qeq)=embedcharge geom=connectivity 这些关键词是用来优化S1并计算S1的10个激发态对吗？
2 Mercury堆分子，是使用了36位激活码激活后的功能吗？我没有online激活，似乎不能扩胞。

作者
Author: liyuanfu7 时间: 2020-10-5 10:18

王采岑发表于 2020-9-28 16:05
您好，我有两个问题想要请教，如能回答，万分感谢。
1 #p opt oniom(b3lyp/6-31g(d)/Auto TD=(nstates=10) ...

1.这些关键词是用来优化S1并计算10个单重态，并且，应该将/Auto去掉，它不能用于杂化泛函，上面社长已经提到啦。
2.mercury应该要激活才能用吧，你试着激活一下呢

作者
Author: 王采岑 时间: 2020-10-8 16:41
本帖最后由王采岑于 2020-10-8 16:45 编辑

liyuanfu7 发表于 2020-10-5 10:18
1.这些关键词是用来优化S1并计算10个单重态，并且，应该将/Auto去掉，它不能用于杂化泛函，上面社长已经 ...

好的，十分感谢。我没有激活码，只是offline激活，有些功能不能用，不过我找到扩胞的地方了。
还有一个问题想请教，就是你计算的时候，已经优化好了S0，S1的计算是在优化好的S0基础上，又优化计算激发态吗？我是在优化好了的S0的基础上，直接计算的S1，没有优化，比文献结果小了0.8eV。看了你的帖子之后，优化计算S1，结果小的更大。想问S1计算激发能时，需要优化吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-8 18:52

王采岑发表于 2020-10-8 16:41
好的，十分感谢。我没有激活码，只是offline激活，有些功能不能用，不过我找到扩胞的地方了。
还有一个 ...

取决于你的计算目的，如果是算吸收，不优化；如果是算发射，需要优化。
“比文献结果小0.8eV”的文献结果是实验，还是和你同样理论级别的计算，或者是和你理论级别不同的计算？

作者
Author: 王采岑 时间: 2020-10-8 20:00
本帖最后由王采岑于 2020-10-8 20:27 编辑

wzkchem5 发表于 2020-10-8 18:52
取决于你的计算目的，如果是算吸收，不优化；如果是算发射，需要优化。
“比文献结果小0.8eV”的文献结 ...

同理论级别的计算
C:\Users\DELL\Desktop\屏幕截图 2020-10-08 195640
S0优化我用的# opt oniom(b3lyp/6-311g(d):uff=qeq)=embedcharge geom=connectivity。算S1和S3用的# oniom(td=(50-50,nstates=7)/b3lyp/6-311g(d):uff=qeq)=embedcharge geom=connectivity
计算结果和文献结果差距还挺大的，不知道哪里出了问题。增大MM层的分子数后，结果差的反而更大了。
然后现在正在尝试换成拟合静电势电荷，但是我觉得就算qeq描述的没那么好，也不至于差这么大吧

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-8 22:37

王采岑发表于 2020-10-8 20:00
同理论级别的计算

S0优化我用的# opt oniom(b3lyp/6-311g(d):uff=qeq)=embedcharge geom=connectivity ...

你的前线轨道能级和形状和文献吻合得好吗？
很有意思的是你算的T1跟文献对得还可以，但S1差特别多，很少有什么因素能对S1影响那么大，却不太影响T1

作者
Author: 王采岑 时间: 2020-10-9 15:49

wzkchem5 发表于 2020-10-8 22:37
你的前线轨道能级和形状和文献吻合得好吗？
很有意思的是你算的T1跟文献对得还可以，但S1差特别多，很少 ...

文章算的NTO，我还没算这个地方呢。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-9 16:12

王采岑发表于 2020-10-9 15:49
文章算的NTO，我还没算这个地方呢。

这个文献的全文有吗

作者
Author: 王采岑 时间: 2020-10-10 14:49

wzkchem5 发表于 2020-10-9 16:12
这个文献的全文有吗

有的

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-11 11:50

王采岑发表于 2020-10-10 14:49
有的

你优化的分子结构和文献一致吗？
如果你初始结构里卤素和碳摆得太近，有一定概率卤素会和碳成共价键，而不是像文献这样成盐

作者
Author: 王采岑 时间: 2020-10-12 11:11

wzkchem5 发表于 2020-10-11 11:50
你优化的分子结构和文献一致吗？
如果你初始结构里卤素和碳摆得太近，有一定概率卤素会和碳成共价键，而 ...

这个应该不是问题，我是直接从CCDC下载的晶体结构

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-12 13:03

王采岑发表于 2020-10-12 11:11
这个应该不是问题，我是直接从CCDC下载的晶体结构

还是仔细和文献比对一下吧。既然文献也有分子三维结构图，这也就是看一眼的事。
每个阳离子上下各有一个卤离子，如果文献取的上面的，你取的下面的，优化结果也许就会有差别

作者
Author: 王采岑 时间: 2020-10-12 16:02

wzkchem5 发表于 2020-10-12 13:03
还是仔细和文献比对一下吧。既然文献也有分子三维结构图，这也就是看一眼的事。
每个阳离子上下各有一个 ...

嗯嗯，好的，十分感谢

作者
Author: phosphorescence 时间: 2021-3-3 11:04

王采岑发表于 2020-10-8 20:00
同理论级别的计算

S0优化我用的# opt oniom(b3lyp/6-311g(d):uff=qeq)=embedcharge geom=connectivity ...

你好，请问你的问题解决了吗？我也遇到了同样的问题，我的S1态和T1态的能量均比文献上的小。

作者
Author: 王采岑 时间: 2021-3-11 10:34

phosphorescence 发表于 2021-3-3 11:04
你好，请问你的问题解决了吗？我也遇到了同样的问题，我的S1态和T1态的能量均比文献上的小。

解决了，问了原作者，计算的时候他没有用eqe电荷

作者
Author: Zzz1126 时间: 2024-7-13 18:29
您好，我有个问题想要请教一下，我目前是想要用oniom（QM:MM）去优化一个比较大的分子，但问题是基态优化后的结构和原始晶体中抠出的分子结构有比较大的变化和扭转，有什么办法可以限制这个扭转吗，下面是我的计算步骤：
1、设置超胞，然后取中心分子限制性优化，然后得到chelpg电荷
2、设置双层oniom，冻结外层分子，设置背景电荷后优化基态结构 #p opt oniom(b3lyp/6-311g(d):uff=qeq)=embedcharge geom=connectivity

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