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标题: gaussian运行20个小时后报错galloc: could not zllocate memory [打印本页]

作者
Author: 笑笑1993 时间: 2019-5-16 16:42
标题: gaussian运行20个小时后报错galloc: could not zllocate memory
linux系统的gaussian09优化结构，计算了将近20小时后突然报错中止，麻烦大神帮忙看一下我这个应该如何修改错误，计算了这么长时间真的不舍得啊，望各位大神指教。下面是输出文件中的部分信息：

这是输入信息：
%nprocshared=6
Will use up to 6 processors via shared memory.
%mem=6GB
%chk=DIL4.chk
------------------------------------------
# opt b3lyp/6-31++g(d,p) geom=connectivity
------------------------------------------
1/14=-1,18=20,19=15,26=3,38=1,57=2/1,3;
2/9=110,12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=1,6=6,7=1111,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15,26=3/3(2);
2/9=110/2;
99//99;
2/9=110/2;
3/5=1,6=6,7=1111,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4/5=5,16=3,69=1/1;
5/5=2,38=5/2;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15,26=3/3(-5);
2/9=110/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99

这是最后一部分的报错信息

Rotational constants (GHZ):    0.1278431    0.0715947    0.0627211
Standard basis: 6-31++G(d,p) (6D, 7F)
There are 893 symmetry adapted cartesian basis functions of A symmetry.
There are 893 symmetry adapted basis functions of A symmetry.
893 basis functions,  1424 primitive gaussians, 893 cartesian basis functions
131 alpha electrons    131 beta electrons
   nuclear repulsion energy    3894.7180458546 Hartrees.
NAtoms= 73 NActive= 73 NUniq= 73 SFac= 1.00D+00 NAtFMM= 60 NAOKFM=T Big=T
Integral buffers will be 131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis= 893 RedAO= T EigKep=  2.43D-06  NBF= 893
NBsUse= 893 1.00D-06 EigRej= -1.00D+00 NBFU= 893
Initial guess from the checkpoint file:  "DIL4.chk"
B after Tr=    0.000000 0.000000 0.000000
      Rot= 0.999974 0.003691 -0.004299 -0.004353 Ang= 0.82 deg.
ExpMin= 3.60D-02 ExpMax= 5.48D+03 ExpMxC= 8.25D+02 IAcc=3 IRadAn=       5 AccDes= 0.00D+00
Harris functional with IExCor=  402 and IRadAn=    5 diagonalized for initial guess.
HarFok:  IExCor=  402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=       5 IDoV= 1 UseB2=F ITyADJ=14
ICtDFT=  3500011 ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag=          0 FMFlag=    100000 FMFlg1=       2001
      NFxFlg=          0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
      wScrn=  0.000000 ICntrl=    500 IOpCl=  0 I1Cent= 200000004 NGrid=          0
      NMat0= 1 NMatS0=    1 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= 0 NMtDT0= 0
Petite list used in FoFCou.
galloc:  could not allocate memory.

作者
Author: Shaoqz 时间: 2019-5-16 16:59
这个报错是说你的内存不足（不够你设置的6gb），是在家用机上运行的吗，可以在下次优化的时候限制后台应用的活动。可以取这次优化中比较好的点作为下次优化的初结构来挽回这次20h的贡献

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-16 17:23
几何优化没事别乱加弥散函数，严重浪费计算资源，还没什么益处，尤其是氢的弥散完全多余，仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

作者
Author: granvia 时间: 2019-5-16 19:51
6个核的用6G内存显的有些寒碜了

作者
Author: 笑笑1993 时间: 2019-5-17 09:32

sobereva 发表于 2019-5-16 17:23
几何优化没事别乱加弥散函数，严重浪费计算资源，还没什么益处，尤其是氢的弥散完全多余，仔细看
谈谈弥散 ...

sob老师，因为我下一步还要进行频率计算，想用和频率计算相同的基组，所以一致采用了B3LYP 6-31G**的基组，但是我的体系太过庞大70~90个原子，用B3LYP 6-31G**的基组进行几何优化并且计算频率的话，电脑需要什么配置才比较合适呢？昨天的报错，我通过重新设置memory limit(修改为了4GB）和关键词opt=restart续算了任务，但是该任务（73个原子）后续又计算了十多个小时仍然没有出结果，那以后更大的体系以及更加耗时的频率计算真的有心无力啊

作者
Author: 笑笑1993 时间: 2019-5-17 09:34

Shaoqz 发表于 2019-5-16 16:59
这个报错是说你的内存不足（不够你设置的6gb），是在家用机上运行的吗，可以在下次优化的时候限制后台应用 ...

嗯嗯，是在pc上运行的，但是我的体系太过庞大70~90个原子，用B3LYP 6-31G**的基组进行几何优化并且计算频率的话，电脑需要什么配置才比较合适呢？计算大体系的结构对内存的要求是不是更高呢？昨天的报错，我通过重新设置memory limit(修改为了4GB）和关键词opt=restart续算了任务，但是该任务（73个原子）后续又计算了十多个小时仍然没有出结果，那以后更大的体系以及更加耗时的频率计算真的有心无力啊

作者
Author: 笑笑1993 时间: 2019-5-17 10:00

granvia 发表于 2019-5-16 19:51
6个核的用6G内存显的有些寒碜了

您好，请问我的计算体系是70~90个原子，需要在B3LYP 6-31G++基组进行优化结构和频率计算，现在用的pc，CPU物理核心数4，内存大概多少才能跑得动，比较有效率呢？

作者
Author: Shaoqz 时间: 2019-5-17 10:57

笑笑1993 发表于 2019-5-17 09:34
嗯嗯，是在pc上运行的，但是我的体系太过庞大70~90个原子，用B3LYP 6-31G**的基组进行几何优化并且计算频 ...

这种体系本世代cpu的话8proc，16gb大概能在一晚上完成足够步数的优化（足矣进一步判断如何进行接下来的优化）。
如果是笔记本的话，做这种计算还是不太合适，不是为满载如此长时间设计的。组个台式也不贵，参考http://sobereva.com/444

作者
Author: abin 时间: 2019-5-17 16:15
至少保证一个CPU核心配备2GB可用内存。

频率计算，搞那么大的基组做什么？

作者
Author: 笑笑1993 时间: 2019-5-17 18:01

abin 发表于 2019-5-17 16:15
至少保证一个CPU核心配备2GB可用内存。

频率计算，搞那么大的基组做什么？

恩，谢谢~ 基组我是根据文献选择的，我做的物质大多采用6-31G++（d,p）或者是6-311G++（d,p）基组

作者
Author: 笑笑1993 时间: 2019-5-17 18:05

Shaoqz 发表于 2019-5-17 10:57
这种体系本世代cpu的话8proc，16gb大概能在一晚上完成足够步数的优化（足矣进一步判断如何进行接下来的优 ...

嗯嗯嗯，谢谢您。请问cpu的核数更重要还是内存更重要呢？我想再增加一个8g内存条，然后主机配置变成4核、16GB这种配置与8proc,16GB相比运算速度会提升么？在link0的设置里面，memory limit和shared processors设置成多少比较合适呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-17 18:18

笑笑1993 发表于 2019-5-17 18:05
嗯嗯嗯，谢谢您。请问cpu的核数更重要还是内存更重要呢？我想再增加一个8g内存条，然后主机配置变成4核、 ...

当然是核数
仔细看
硬盘速度与内存容量对量子化学计算速度影响的测试
http://sobereva.com/397（http://bbs.keinsci.com/thread-7478-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-17 18:18

笑笑1993 发表于 2019-5-17 18:01
恩，谢谢~ 基组我是根据文献选择的，我做的物质大多采用6-31G++（d,p）或者是6-311G++（d,p）基组

这是垃圾基组。仔细看此文
http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html

作者
Author: 笑笑1993 时间: 2019-5-17 19:43

sobereva 发表于 2019-5-17 18:18
这是垃圾基组。仔细看此文
http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html

好的，谢谢社长，我去仔细看看您的帖子

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)