计算化学公社
标题: 使用acpype将GAFF力场文件转化为gromacs文件后怎么include？ [打印本页]
作者Author: 万年流星 时间: 2019-6-17 10:48
标题: 使用acpype将GAFF力场文件转化为gromacs文件后怎么include？
使用AmberTools+ACPYPE将GAFF力场文件转化为gromacs文件，得到gro和top后，include该怎么写？谢谢
作者Author: 让你变成回忆 时间: 2019-6-17 11:02
你如果把top文件改为itp文件的格式，才有必要include。
利用AmberTools和ACPYPE产生的是完整的top文件，直接使用即可。
作者Author: 万年流星 时间: 2019-6-17 11:15
主要是需要include哪个力场呢？
作者Author: 让你变成回忆 时间: 2019-6-17 13:42
AmberTools+ACPYPE产生的就是完整形式的top文件（包括成键项与非键项参数）。我不知道“include哪个力场”是什么意思。
作者Author: 万年流星 时间: 2019-6-17 14:19
如图中include了amber99力场，我这个不需要include力场就直接运行吗？是不是理解为只要参数齐全就可以不需要include力场了？
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作者Author: 让你变成回忆 时间: 2019-6-17 15:43
当然，参数都已经齐全了还要include干啥。
作者Author: 万年流星 时间: 2019-6-17 15:51
明白了，非常感谢
作者Author: sobereva 时间: 2019-6-17 21:01
倘若模拟体系不只包括当前acpype处理的小分子，而是还包含水，以及蛋白质、核酸等其它AMBER力场定义的部分，才需要include AMBER的forecfield.itp
作者Author: 万年流星 时间: 2019-6-17 23:06
懂了，谢谢sob老师
作者Author: a617788816 时间: 2020-2-9 17:36
本帖最后由 a617788816 于 2020-2-9 20:32 编辑
sob老师，正如你所说的，我的模拟体系不只包括当前acpype处理的离子，还包含其他离子，这个top文件怎么使用include GAFF立场，听您前面说的是用include AMBER, GAFF是AMBER的普适版，那应当include哪个版本的的AMBER，毕竟是与GAFF会有些许区别吧？
作者Author: sobereva 时间: 2020-2-10 07:04
完全看不明白你的表述
AMBER显然尽量用最新版，GAFF和较新的所有AMBER版本都兼容。
作者Author: a617788816 时间: 2020-2-26 20:14
您好，sob老师，我的体系包含三个离子，想要计算静电力，范德华力，氢键力等弱相互作用，以下是我的模拟步骤，麻烦老师帮我看看是否有问题，以及一些模拟过程中的问题
1.分别以三个离子以acpype生成top后Gromacs高温模拟，取1000帧molclus多步优化得到最低构象。
2.分别以三个离子最低构象重新以acpype生成top，使用multiwfn计算RESP电荷代入其中，（因为我是分别单独生成的top，用的GAFF,那我重新写一个总的拓扑文件，是不是要include amber力场），然后模拟.(如何从Gromcas的输出文件中得到以上静电力和范德华力呢)。您提到通过氢键的键临界点处的电子密度可以估计氢键强度，这个算出来的氢键力，和模拟出来的静电力和范德华力，是否具备可比性呢，或者说氢键力/静电力的比值是否能代表氢键占静电的占比呢？
3.Multiwfn中也有基于分子力场的能量分解，和Gromacs中模拟的计算有何不同呢？
作者Author: sobereva 时间: 2020-2-26 20:22
不是非得include amber力场
给你看个例子，多个离子的水溶液，离子都是acpype搞的，电荷都是Multiwfn算的RESP电荷
- #include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
- [ atomtypes ]
- ;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon Amb
- hn hn 0.00000 0.00000 A 1.06908e-01 6.56888e-02 ; 0.60 0.0157
- n4 n4 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700
- no no 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700
- o o 0.00000 0.00000 A 2.95992e-01 8.78640e-01 ; 1.66 0.2100
- s6 s6 0.00000 0.00000 A 3.56359e-01 1.04600e+00 ; 2.00 0.2500
- #include "SO42-.itp"
- #include "NO3-.itp"
- #include "NH4+.itp"
- #include "amber99sb-ildn.ff/spce.itp"
- [ system ]
- electrolyte
- [ molecules ]
- NH4+ 20
- NO3- 10
- SO42- 5
- SOL 791
显然只要把需要的原子类型都合并写到top的atomtypes字段里就行了。
如果离子不是很大，也没必要非得先做构象搜索。如果是柔性比较大才有必要。
氢键和静电不是并列的关系，前者是表象，后者是本质之一，仔细看下文里的相关信息了解这点
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413（http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html）
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）
Multiwfn里的基于力场的能量分解是对于单帧计算的。对于每一帧，只要Multiwfn用的力场参数和原子电荷与gmx模拟时相同，结果和gmx也是一致的。另外Multiwfn的好处是可以把色散和交换互斥分别给你，而gmx给出能量组之间相互作用的时候是把二者合并为LJ作用一起给出的。另外Multiwfn划分片段方便，可以给出各个原子和原子对的贡献，便于拆分考察，而且还可以结合VMD作图直观考察。
作者Author: a617788816 时间: 2020-2-27 12:01
本帖最后由 a617788816 于 2020-2-27 19:39 编辑
好的，谢谢sob老师，氢键和静电，既不是包含关系，也不是并列关系，所以应当单独拿出来讨论，而不是可对比的讨论是吗？那如果静电主导体系（非氢键）和静电主导体系（氢键），这种可对比吗？怎么对比？
另外使用Multiwfn做基于分子力场的能量分析时，计算MK电荷，能否设置等价约束？我看RESP的教程是可以的，MK电荷可以这样设置吗?因为我计算出来的MK电荷氢原子不等价，相同mol2文件我从acpype输出出来的氢原子是hx类型，在out文件Gaussian的面板则显示hp类型，我翻查力场的原子.atp文件，也没找到对hx的定义，只有对hp的定义。hx和hp是一样的类型吗.？
作者Author: sobereva 时间: 2020-2-28 02:57
文中说了，静电作用是普通氢键的主要构成。还不懂就再反复仔细看文章
MK电荷不能。做EDA-FF毫无必要用等价性约束。等价性约束的目的是确保动力学行为正确。
文中说了，原子类型问题自行查看gaff.dat里的定义便知
作者Author: 哪有这么脆弱 时间: 2021-6-9 23:36
社长请问用acpype生成的GAFF力场的文件中，错误的还是include了amber力场下的forcefield.itp，那进行模拟的时候，会给分子使用amber力场下的参数，覆盖GAFF力场下的参数嘛，谢谢社长
作者Author: sobereva 时间: 2021-6-15 18:41
不会冲突
AMBER的原子类型是大写，GAFF的是小写，而且有多个[atomtypes]、[bondtypes]等字段的时候会取并集
作者Author: 哪有这么脆弱 时间: 2021-6-16 16:25
谢谢社长
作者Author: yuman 时间: 2023-2-13 18:50
如果我要在GAFF力场中include spce.itp，其中是需要指明其所属力场的？但是在top文件夹中找不到以gaff命名的力场文件怎么办
作者Author: 七尺贱 时间: 2023-11-20 15:39
本帖最后由 七尺贱 于 2023-11-21 08:16 编辑
我想请问一下有一篇文章计算的乙二醛这种有机小分子在气液界面的运动，乙二醛用的力场是CHARMM，我在gromacs可以换成AMBER或者GAFF吗
作者Author: sobereva 时间: 2023-11-21 01:46
除了GAFF都拼错了
既不应当用CHARMM也不应当用AMBER，那都是主要给生物分子用的，就应当用GAFF之类给小分子专门设计的力场
作者Author: 七尺贱 时间: 2023-11-21 08:17
谢谢社长回复，已经改正过来了
作者Author: xishaofan 时间: 2024-11-20 14:36
sob老师，我已经用sobtop生成基于gaff力场的小分子top文件。我的体系还需要NA+和水的itp文件，我可以直接使用amber99sb下的水和离子参数吗？请问是与gaff通用的吗。
#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
#include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"
#include "amber99sb-ildn.ff/spce.itp"
[ system ]
MOL
[ molecules ]
NA+ 20
SOL 791
作者Author: sobereva 时间: 2024-11-20 18:00
可以
通用
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