计算化学公社

标题: 用CASSCF算得CI后，怎么得到这样的图？ [打印本页]

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-10 18:48
标题: 用CASSCF算得CI后，怎么得到这样的图？
看了Exploring-chemistry-with-electric-structure-methods 第二版第九章的Advanced Exercise 9.6，例子只算了交点，请问
1）下图的横坐标是代表不同的结构么？
2）在算完CI之后应该再做哪些步骤，才能得到这样的图？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-10 19:46
那个例子具体我忘了，横坐标可能就是个抽象的几何变量，不对应哪个一个实际内坐标
如果能根据反应物和产物结构恰当定义这个坐标的话（可能表示为多个内坐标的线性组合），做个扫描就可以得到这样的图

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-10 20:16

sobereva 发表于 2019-7-10 19:46
那个例子具体我忘了，横坐标可能就是个抽象的几何变量，不对应哪个一个实际内坐标
如果能根据反应物和产物 ...

请问sob老师，我是算一个有机小分子与溶剂的氢键作用，可以用有机小分子作为反应物，与溶剂氢键结合作为生成物，来作为这个扫描的横坐标么？具体的扫描步骤有例子可以学习么？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-10 20:40

Abandon-fmt 发表于 2019-7-10 20:16
请问sob老师，我是算一个有机小分子与溶剂的氢键作用，可以用有机小分子作为反应物，与溶剂氢键结合作为 ...

扫描问题在这里已经说得很全面透彻了，根据实际情况随机应变即可
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html）

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-10 21:23

sobereva 发表于 2019-7-10 20:40
扫描问题在这里已经说得很全面透彻了，根据实际情况随机应变即可
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http:/ ...

谢谢sob老师，我先学习一下！

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-12 17:05

sobereva 发表于 2019-7-10 20:40
扫描问题在这里已经说得很全面透彻了，根据实际情况随机应变即可
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http:/ ...

请问sob老师，想考察溶剂分子与目标分子之间的氢键对势能的影响，想用内坐标扫描，目标分子和水分子都用内坐标表示出来了，请问写什么关键词才能在内坐标下让水分子接近目标分子呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-13 05:18

Abandon-fmt 发表于 2019-7-12 17:05
请问sob老师，想考察溶剂分子与目标分子之间的氢键对势能的影响，想用内坐标扫描，目标分子和水分子都用 ...

如果已经恰好有一个合适的成键项内坐标了，扫描这个内坐标
如果没有，或者懒得找，用下文里dimerscan的做法
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html）

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-13 08:53

sobereva 发表于 2019-7-13 05:18
如果已经恰好有一个合适的成键项内坐标了，扫描这个内坐标
如果没有，或者懒得找，用下文里dimerscan的 ...

好的，谢谢老师，我学习一下

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-15 09:58

sobereva 发表于 2019-7-13 05:18
如果已经恰好有一个合适的成键项内坐标了，扫描这个内坐标
如果没有，或者懒得找，用下文里dimerscan的 ...

sob老师，根据dimerscan的做法得到了Gaussian.gjf，gjf中出现的em=GD3BJ这个关键词是普遍适用的么？是否需要根据不同体系做修改？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-15 20:21

Abandon-fmt 发表于 2019-7-15 09:58
sob老师，根据dimerscan的做法得到了Gaussian.gjf，gjf中出现的em=GD3BJ这个关键词是普遍适用的么？是否 ...

这是加DFT-D3(BJ)色散校正，有益无害，但是对于M06-2X没法用
详见
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413（http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html）
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-16 08:10

sobereva 发表于 2019-7-15 20:21
这是加DFT-D3(BJ)色散校正，有益无害，但是对于M06-2X没法用
详见
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校 ...

谢谢sob老师，我看了帖子并且照例子算了一下“使用dimerscan结合Gaussian”，之前的步骤都没有问题，在算Gaussian的多步任务文件时出现了以下的报错：
Electronic spatial extent (au):  <R**2>=          7205.6769
Charge=          -0.0000 electrons
Dipole moment (field-independent basis, Debye):
X=          -7.2138 Y=             0.4801 Z=             0.6009  Tot=             7.2547
Quadrupole moment (field-independent basis, Debye-Ang):
XX=          -120.5129 YY=          -118.4036 ZZ=          -127.5389
XY=             4.0561 XZ=             0.9233 YZ=          -1.6994
Traceless Quadrupole moment (field-independent basis, Debye-Ang):
XX=             1.6389 YY=             3.7482 ZZ=          -5.3871
XY=             4.0561 XZ=             0.9233 YZ=          -1.6994
Octapole moment (field-independent basis, Debye-Ang**2):
  XXX=          -70.4877  YYY=          19.9534  ZZZ=          -4.3832  XYY=          -16.9983
  XXY=          -17.1417  XXZ=             6.7649  XZZ=             6.6258  YZZ=          -7.8113
  YYZ=          -2.0801  XYZ=             3.3408
Hexadecapole moment (field-independent basis, Debye-Ang**3):
XXXX=       -6408.6617 YYYY=       -1895.8864 ZZZZ=          -607.7632 XXXY=          -207.3547
XXXZ=          -90.3373 YYYX=          45.0331 YYYZ=          -30.7411 ZZZX=          -21.2190
ZZZY=             6.1400 XXYY=       -1493.2031 XXZZ=       -1309.4636 YYZZ=          -450.8397
XXYZ=          24.1917 YYXZ=          -13.6384 ZZXY=          -3.8564
N-N= 1.580624299968D+03 E-N=-5.692053442176D+03  KE= 1.075821994561D+03

THE LENGTH OF A MEETING IS PROPORTIONAL TO THE
SQUARE OF THE PARTICIPANTS.
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /gpfs/home/xycui/softwares/g16/l9999.exe at Tue Jul 16 03:20:47 2019.
Job cpu time:    14 days 11 hours  5 minutes 21.2 seconds.
Elapsed time:    0 days 12 hours 25 minutes 55.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 332 Int=    0 D2E=    0 Chk=    40 Scr=    1

输入文件是：
%mem=60GB
%NProcShared=32
%Chk=2.chk
# B3LYP/def2TZVP em=GD3BJ opt=cartesian

Template file

0 1
【坐标】

--link1--
# B3LYP/def2TZVP em=GD3BJ opt=cartesian

Template file

0 1
【坐标】
……
……

请问老师，这个报错应该如何处理？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-16 17:38

Abandon-fmt 发表于 2019-7-16 08:10
谢谢sob老师，我看了帖子并且照例子算了一下“使用dimerscan结合Gaussian”，之前的步骤都没有问题，在算 ...

几何优化不收敛
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278（http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html）

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-19 15:25

sobereva 发表于 2019-7-16 17:38
几何优化不收敛
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/27 ...

老师，我根据帖子改了输入文件：
%mem=60GB
%NProcShared=32
%Chk=2.chk
#p B3LYP/def2TZVP em=GD3BJ opt=recalc=5

Template file

【坐标】

--link1--
#p B3LYP/def2TZVP em=GD3BJ opt=recalc=5

Template file

出现的报错
-------------------------------------------------------------------
Cartesian Forces:  Max    0.080633548 RMS    0.013165452
FormGI is forming the generalized inverse of G from B-inverse, IUseBI=4.
GSVD:  received Info=                1 from GESDD.
Eigenvalue 120 is 2.40D-07 should be greater than    0.000001 Eigenvector:
                        A74    D84    A76    A75    A42
1                -0.86946  -0.37695  -0.19537 0.19414 0.06820
                        A41    D81    A50    R25    A46
1                -0.05123  -0.04951  -0.03845 0.03648 0.03438
NTrRot= -1 NTRed= 222 NAtoms= 42 NSkip= 102 IsLin=F
Error in internal coordinate system.
Error termination via Lnk1e in /gpfs/home/xycui/softwares/g16/l716.exe at Thu Jul 18 18:48:18 2019.
Job cpu time:    31 days 17 hours 55 minutes 12.2 seconds.
Elapsed time:    1 days  3 hours 15 minutes 34.9 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 1856 Int=    0 D2E=    0 Chk=    44 Scr=    1

请问老师，是我设置的opt关键词不对么？应该怎么设置呢？怎么解决这个报错呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-19 23:43

Abandon-fmt 发表于 2019-7-19 15:25
老师，我根据帖子改了输入文件：
%mem=60GB
%NProcShared=32

opt加上cartesian

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-20 10:33

sobereva 发表于 2019-7-19 23:43
opt加上cartesian

谢谢老师，我尝试一下！

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-26 07:48

sobereva 发表于 2019-7-19 23:43
opt加上cartesian

请问sob老师，这个报错也是几何优化不收敛么？
输入关键词：
%mem=60GB
%NProcShared=32
%Chk=2.chk
#p B3LYP/def2TZVP em=GD3BJ opt=(cartesian,recalc=4)

报错信息：
   28       1       -0.000007269 0.000152617 -0.000223178
   29       1       -0.000070192 -0.000082303 0.000031754
   30       1          0.000323155 -0.000367282 -0.000057383
   31       1          0.000036372 0.000237061 0.000276131
   32       1          0.000211031 -0.000121508 -0.000096341
   33       1          0.000012744 0.000072374 -0.000036752
   34       1          0.000179986 0.000185068 -0.000344635
   35       1          0.000009833 -0.000952091 -0.000298019
   36       1       -0.000071034 0.000028985 0.000025331
   37       1       -0.000093091 0.000217479 0.000202711
   38       1          0.000688638 0.000521251 -0.000088947
   39       1          0.000038865 0.000237340 0.000002898
   40       8       -0.000863867 -0.001689847 -0.000062621
   41       1       -0.000046921 0.001276661 0.000041355
   42       1          0.000901849 0.000304697 -0.000021333
-------------------------------------------------------------------
Cartesian Forces:  Max    0.019657649 RMS    0.003797397
Leave Link  716 at Thu Jul 25 23:02:26 2019, MaxMem=  8053063680 cpu:             2.8 elap:             0.1
(Enter /gpfs/home/xycui/softwares/g16/l9999.exe)

ART, GLORY, FREEDOM FAIL, BUT NATURE STILL IS FAIR.

                                       -- BYRON
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /gpfs/home/xycui/softwares/g16/l9999.exe at Thu Jul 25 23:02:28 2019.
Job cpu time:    44 days 18 hours 24 minutes 39.2 seconds.
Elapsed time:    1 days 14 hours 25 minutes  1.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 1855 Int=    0 D2E=    0 Chk=    44 Scr=    1

作者
Author: biogon 时间: 2019-7-26 10:37

Abandon-fmt 发表于 2019-7-26 07:48
请问sob老师，这个报错也是几何优化不收敛么？
输入关键词：
%mem=60GB

没收敛，读取输出文件看震荡了没有

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-26 12:29

biogon 发表于 2019-7-26 10:37
没收敛，读取输出文件看震荡了没有

老师，不好意思，我是个初学者，请问怎么看输出文件震荡了没有，有没有什么关键词可以搜索？
输出文件太大了，贴不上来。

作者
Author: biogon 时间: 2019-7-26 15:12

Abandon-fmt 发表于 2019-7-26 12:29
老师，不好意思，我是个初学者，请问怎么看输出文件震荡了没有，有没有什么关键词可以搜索？
输出文件太 ...

gv读取输出文件看优化的能量变化

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-26 16:02

biogon 发表于 2019-7-26 15:12
gv读取输出文件看优化的能量变化

老师您好，看这个图，能量是有震荡的。再次请教一下，能量震荡该怎么解决呢？

作者
Author: biogon 时间: 2019-7-26 18:45

Abandon-fmt 发表于 2019-7-26 16:02
老师您好，看这个图，能量是有震荡的。再次请教一下，能量震荡该怎么解决呢？

参见下文
http://sobereva.com/164

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-7-26 18:51

biogon 发表于 2019-7-26 18:45
参见下文
http://sobereva.com/164

谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)