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标题: 二面角势能项拟合的问题 [打印本页]

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Author: yaochuang 时间: 2019-9-12 17:12
标题: 二面角势能项拟合的问题
请教一下关于二面角势能项拟合的问题，看sob老师的帖子http://sobereva.com/5给出了详细的过程，但是对于其中的第二步和第三步还是不理解，不知道应该如何操作。
例如，第二步“设一个模型，去掉二面角项，保留其它作用能，比如非键作用能”，这个模型应该如何建立呢？
第三步“计算这个模型的二面角扭转的MM能量，一般得到的就是1-4EEL/VDW在这个扭转过程中的贡献”，这一步如何由计算获得呢？

请各位老师帮忙，可否举一个简单的例子，比如下面的这个分子的4-3-12-14这个二面角，谢谢。
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作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-13 06:53
具体拟合是这样
1 用量子化学程序扫描二面角扭转势能曲线。参考《详谈使用Gaussian做势能面扫描》（http://sobereva.com/474）
2 对当前体系照常产生拓扑文件，但是把那个二面角项去除，然后算(1)的扫描曲线上每个点的MM能量
3 将(1)的能量减去(2)的能量，剩下的部分就是纯粹应当由二面角扭转项描述的势能曲线。将这个作为被拟合对象，用Origin程序或自己写的程序拟合扭转项参数即可。

作者
Author: yaochuang 时间: 2019-9-14 11:51

sobereva 发表于 2019-9-13 06:53
具体拟合是这样
1 用量子化学程序扫描二面角扭转势能曲线。参考《详谈使用Gaussian做势能面扫描》（http:/ ...

原来是这样，谢谢sob老师的耐心解答。

作者
Author: yaochuang 时间: 2019-9-27 11:09
本帖最后由 yaochuang 于 2019-9-27 11:37 编辑

sobereva 发表于 2019-9-13 06:53

具体拟合是这样
1 用量子化学程序扫描二面角扭转势能曲线。参考《详谈使用Gaussian做势能面扫描》（http:/ ...

sob老师，我第二步是这样的做的，请帮我看一下是否正确，谢谢。
a. 照常产生拓扑文件，然后将其中包含扫描二面角项的去除；
b. 利用Gromacs，对（1）中的每一个扫描结构计算一次能量。
每次计算的步骤是：将一个分子放入10 nm的立方盒子中；然后计算能量，使用的mdp文件如下；最后读取输出文件中的Potential Energy作为第二步的能量（总感觉这个能量不对，但是又没有其他的能量输出了）。

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作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-28 03:26

yaochuang 发表于 2019-9-27 11:09
sobereva 发表于 2019-9-13 06:53

sob老师，我第二步是这样的做的，请帮我看一下是否正确，谢谢。

不要用pbc和PME。就作为一个孤立分子，用简单截断方式来算非键作用，而且截断阈值设无穷远
下面是个这种情况的模板mdp
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你把扫描的每一帧的结构一起保存成一个多帧的pdb文件，把mdp搞成tpr文件，然后mdrun加上-rerun [多帧pdb名字]，这样每一帧的能量都会被算一次，然后从edr文件中提取能量曲线即可

作者
Author: wbn 时间: 2019-9-28 05:20

sobereva 发表于 2019-9-28 03:26
不要用pbc和PME。就作为一个孤立分子，用简单截断方式来算非键作用，而且截断阈值设无穷远
下面是个这种 ...

我想问一下为什么这个mdp中，分子没有freeze住啊？这样会不会转到其他的构型上去？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-28 08:20

wbn 发表于 2019-9-28 05:20
我想问一下为什么这个mdp中，分子没有freeze住啊？这样会不会转到其他的构型上去？

对于LZ当前的情况，这个mdp不是用来跑MD的，并不会新生成轨迹，只是rerun一下事先提供的轨迹而已

作者
Author: wbn 时间: 2019-9-28 10:47

sobereva 发表于 2019-9-28 08:20
对于LZ当前的情况，这个mdp不是用来跑MD的，并不会新生成轨迹，只是rerun一下事先提供的轨迹而已

哦，我明白了，谢谢。这样确实比freeze分子再跑MD方便多了。

作者
Author: yaochuang 时间: 2019-9-28 15:27

sobereva 发表于 2019-9-28 03:26
不要用pbc和PME。就作为一个孤立分子，用简单截断方式来算非键作用，而且截断阈值设无穷远
下面是个这种 ...

太好了，谢谢sob老师。

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Author: 现在就好 时间: 2021-2-28 16:10

sobereva 发表于 2019-9-28 08:20
对于LZ当前的情况，这个mdp不是用来跑MD的，并不会新生成轨迹，只是rerun一下事先提供的轨迹而已

请问sob老师，对于MM的能量，用amber和gromacs计算得到都可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-28 20:11

现在就好发表于 2021-2-28 16:10
请问sob老师，对于MM的能量，用amber和gromacs计算得到都可以吗？

可以，任何基于分子力场的程序都能算

作者
Author: 现在就好 时间: 2021-2-28 20:58

sobereva 发表于 2021-2-28 20:11
可以，任何基于分子力场的程序都能算

谢谢老师的回复

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2023-1-1 15:31

sobereva 发表于 2019-9-13 06:53
具体拟合是这样
1 用量子化学程序扫描二面角扭转势能曲线。参考《详谈使用Gaussian做势能面扫描》（http:/ ...

社长好，如果涉及到一个分子内部有多个二面角需要拟合，怎么办呢？QC是对每个二面角单独进行扫描，MM在去除二面角项时，其他待拟合二面角怎么处理呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-2 06:23

社会主义小战士发表于 2023-1-1 15:31
社长好，如果涉及到一个分子内部有多个二面角需要拟合，怎么办呢？QC是对每个二面角单独进行扫描，MM在去 ...

量化计算不是只能做一维扫描，多少维都能做，仔细看下文
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html）

如果两个二面角彼此之间不需要明确地考虑耦合，就构建两个模型体系（也可能一个就够），分别拟合两个二面角参数。
有的二面角之间的耦合可能特别重要、不容忽视，可能需要专门给予耦合项，比如AMBER19SB为了更好地描述蛋白质骨架的phi和psi二面角的耦合，特意对二者做二维扫描并拟合cmap，具体看力场原文。

作者
Author: tytzqtian123 时间: 2024-3-4 17:08

sobereva 发表于 2023-1-2 06:23
量化计算不是只能做一维扫描，多少维都能做，仔细看下文
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://soberev ...

请问一下，对同一个物质中的两个二面角分别进行势能面扫描，在第一个体系完成后的.fch文件生成的resp电荷可以用在第二个势能面扫描结果的力场中拟合吗？如果第二个势能面也需要求resp电荷的话，那写入力场文件中的电荷项怎么处理？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-5 02:14

tytzqtian123 发表于 2024-3-4 17:08
请问一下，对同一个物质中的两个二面角分别进行势能面扫描，在第一个体系完成后的.fch文件生成的resp电荷 ...

势能面扫描和算RESP电荷没有直接关系
Gaussian里的势能面扫描不牵扯原子电荷的事；如果是分子力学程序里做扫描，实际做模拟时候用什么原子电荷，扫描所有二面角的时候原子电荷就用什么

作者
Author: tytzqtian123 时间: 2024-3-5 15:44

sobereva 发表于 2024-3-5 02:14
势能面扫描和算RESP电荷没有直接关系
Gaussian里的势能面扫描不牵扯原子电荷的事；如果是分子力学程序里 ...

感谢sob老师

作者
Author: lts！ 时间: 2025-9-5 17:13

sobereva 发表于 2019-9-28 03:26
不要用pbc和PME。就作为一个孤立分子，用简单截断方式来算非键作用，而且截断阈值设无穷远
下面是个这种 ...

老师，如何将gaussian扫描得到的后每一帧结构一起保存为一个多帧的pdb文件呀，我用gview保存的时候报错了
(, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: lts！ 时间: 2025-9-5 17:20

lts！发表于 2025-9-5 17:13
老师，如何将gaussian扫描得到的后每一帧结构一起保存为一个多帧的pdb文件呀，我用gview保存的时候报错了 ...

这个在老师您另一个回复的贴子里找到答案啦！http://bbs.keinsci.com/thread-32905-1-1.html

作者
Author: lts！ 时间: 2025-9-5 17:30

sobereva 发表于 2019-9-28 03:26
不要用pbc和PME。就作为一个孤立分子，用简单截断方式来算非键作用，而且截断阈值设无穷远
下面是个这种 ...

老师，我不是很明白这个原理，这个mdp文件会给每个帧都跑200ps，跑出来的能量不是个固定的值呀，如何理解呢

作者
Author: snljty2 时间: 2025-9-5 22:22

lts！发表于 2025-9-5 17:30
老师，我不是很明白这个原理，这个mdp文件会给每个帧都跑200ps，跑出来的能量不是个固定的值呀，如何理解 ...

用了-rerun xxx.trr后不会去用.mdp里面的步数信息，只会按照提供的轨迹，重新计算轨迹每一帧的能量。

作者
Author: lts！ 时间: 2025-9-6 10:35

snljty2 发表于 2025-9-5 22:22
用了-rerun xxx.trr后不会去用.mdp里面的步数信息，只会按照提供的轨迹，重新计算轨迹每一帧的能量。

嗷嗷好的谢谢！，那rerun会读取mdp哪些信息呢？

作者
Author: lts！ 时间: 2025-9-6 13:43

sobereva 发表于 2019-9-13 06:53
具体拟合是这样
1 用量子化学程序扫描二面角扭转势能曲线。参考《详谈使用Gaussian做势能面扫描》（http:/ ...

老师，有个问题啊，这在二面角扫描时，对于4-3-12-14的这二面角转动的同时，4-3-12-13也在跟着一起转呀，这得到的曲线包含了两个二面角的信息吗

作者
Author: snljty2 时间: 2025-9-6 16:36

lts！发表于 2025-9-6 10:35
嗷嗷好的谢谢！，那rerun会读取mdp哪些信息呢？

我感觉这里主要是库伦和范德华作用的计算方式、截断半径。

作者
Author: snljty2 时间: 2025-9-6 16:36

lts！发表于 2025-9-6 13:43
老师，有个问题啊，这在二面角扫描时，对于4-3-12-14的这二面角转动的同时，4-3-12-13也在跟着一起转呀， ...

对，原理上你得把这四个二面角项都去掉，一起拟合。

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