计算化学公社

标题: 求助：聚合物使用pdb2gmx构建top文件遇到的问题 [打印本页]

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-9-15 13:35
标题: 求助：聚合物使用pdb2gmx构建top文件遇到的问题
本帖最后由 tjuptz 于 2019-9-29 20:30 编辑

打算在GROMACS中模拟~~ABABAB~~型聚合物，参考帖子求助：关于如何利用pdb2gmx产生聚合物的top文件的问题（.pdb文件相关）进行操作。前期通过acpype获得了重复单元AB（两端用H饱和）的itp文件，并将其中的成键与非键参数补充到了amber力场的ffbonded及ffnonbonded文件中了。之后我建立的ABAB两个重复单元结构作为测试，测试显示结果如下：

Now there are 4 residues with 194 atoms
Making bonds...
Number of bonds was 200, now 197
Generating angles, dihedrals and pairs...
Before cleaning: 514 pairs
Before cleaning: 514 dihedrals
Keeping all generated dihedrals
Making cmap torsions...
There are  514 dihedrals, 20 impropers,  364 angles
         502 pairs,    197 bonds and    0 virtual sites
Total mass 1143.680 a.m.u.
Total charge -0.590 e
Writing topology

Writing coordinate file...
            --------- PLEASE NOTE ------------
You have successfully generated a topology from: biru3.pdb.

我在VMD中载入时显示的bonds数目和用topo guessbonds得到的bond count都是197，请问这个pdb2gmx的提示有啥问题吗？
注：不影响计算

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-10-11 10:36
借楼提问： VMD中显示原子间键连关系是否是根据原子间距离显示的？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-11 21:48

少年爱吃地三鲜发表于 2019-10-11 10:36
借楼提问： VMD中显示原子间键连关系是否是根据原子间距离显示的？

如果读入的文件不含拓扑信息，是这样

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-10-11 22:03

sobereva 发表于 2019-10-11 21:48
如果读入的文件不含拓扑信息，是这样

感谢您！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)