计算化学公社

标题: 求助：PM6在几何优化时的精度到底有多可信 [打印本页]

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Author: DoubeeTwT 时间: 2019-9-16 15:05
标题: 求助：PM6在几何优化时的精度到底有多可信
本帖最后由 DoubeeTwT 于 2019-9-16 15:07 编辑

也许标题的提问过于宽泛，我先讲一下背景。。。。

在做蛋白质与小分子配体势能面扫描时由于体系十分巨大，即使使用ONIOM分层在M062X等方法下时间依旧十分长（至少论天，有时甚至一周才能扫完一个面）
那我就萌生了一个想法，是否可以在PM6下进行势能面的扫描，然后对每一个点再用M062X进行单点的能量计算。
但我的需求是想通过势能面的扫描得知其反应的能垒，所以想问问，这样的方法是否可行（在不损失太多精度下减少时间）？？？

作者
Author: Accelerator 时间: 2019-9-16 15:29
PM6（或PM7等更高级的方法）得到的结构不在DFT水平下优化直接拿去算单点的话会得到非常离奇的结果（原子守恒而两个构象可以相差几十个Hartree）
此外PM6不适合处理过渡态请务必使用PM7或PM6-D3等方法
不过PM7对普通有机分子的定量还是很好的可以用PM7的数值做一个预先判断再在DFT下优化
蛋白质与配体为什么不用QM/MM或纯MM呢

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2019-9-16 16:14
你可以参考一下社长的博文用XTB http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html
你这是要找过渡态吗？直接摆位置用TS1多好势能面扫描又慢而且不一定有效

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2019-9-16 19:59
此前用LASP软件做过SSW势能面搜索，所以给一点建议：
1，如果能用DFT，尽量用。即便半经验给出的结果也一定要用DFT重新优化检验。
2，很多半经验方法垃圾的要命，目前可以用的半经验除了XTB也就是PM6-D3或者PM6-D3H4。PM7不推荐。
3，有条件，还是用XTB更保险。

作者
Author: Accelerator 时间: 2019-9-16 21:23

我本是个娃娃发表于 2019-9-16 19:59
此前用LASP软件做过SSW势能面搜索，所以给一点建议：
1，如果能用DFT，尽量用。即便半经验给出的结果也一 ...

我之前用甲醇钠-甲醇-DMSO的几个团簇测过PM7的精度，与DLPNO-CCSD(T)/aug-cc-pVTZ//M06-2X/def2-TZVP的结果竟然只相差零点几kcal/mol 比M06-2X/def2-SVP好得多
PM6-D3H4或其他PM6系列半经验在自己的分子动力学工作中会导致DMSO团簇室温歧化
因此半经验方法在特定体系下的精度可能需要逐个体系分别测试不一定哪个好

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2019-9-16 22:26

Accelerator 发表于 2019-9-16 15:29
PM6（或PM7等更高级的方法）得到的结构不在DFT水平下优化直接拿去算单点的话会得到非常离奇的结果（原子守 ...

目前的确是用QM/MM做的，但是蛋白质10000+原子，配体100+原子，即使是ONIOM，在M062X方法下一个面依然需要几天。我只是在想有没有办法加快一下速度。

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2019-9-16 22:30

土拔鼠发表于 2019-9-16 16:14
你可以参考一下社长的博文用XTB http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html
你这是要找过渡态吗？直 ...

体系实在是巨大，直接TS更本算不动，即使勉强算出来也没法做freq验证是不是正确的虚频震动

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-16 23:15
甭用PM6。当前牵扯弱相互作用，PM6完全不靠谱。如果只限于Gaussian，最起码也得PM6D3或PM7。
建议构造配体+周围残基的簇模型（几百个原子），用Gaussian+xtb联用（参看http://sobereva.com/421）在固定边缘原子的前提下搜索过渡态（可以用扫描帮助确定初猜）和相连的极小点，然后再用M06-2X算能垒。M06-2X算不动的话就用ORCA在B97-3c下算，几百个原子很轻松。
整个过程耗时不会非常高，而原理非常合理。有条件的话，把Gaussian+xtb优化出的过渡态和极小点结构用ORCA在B97-3c下做进一步优化，这样更放心也更准确。

作者
Author: zhangwenbiao 时间: 2024-11-6 15:30
PM6不能描述弱相互作用，算的时候应该加上D3校正会好很多

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