计算化学公社

标题: 对高分子和小分子的相互作用，怎样对模型进行验证？用什么量来说明模型好坏？ [打印本页]

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-10-12 06:35
标题: 对高分子和小分子的相互作用，怎样对模型进行验证？用什么量来说明模型好坏？
用GAFF模拟了高分子和小分子的相互作用。怎样说明模型是好的呢？
谢谢！

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-10-13 04:34
计算结合自由能然后和itc进行对比

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-10-13 07:13

wuzhiyi 发表于 2019-10-12 14:34
计算结合自由能然后和itc进行对比

请问itc是？

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-10-13 19:53
isothermal titration calorimetry

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-15 01:28
不依赖于实验，纯理论对比有个做法是跑MD，取一些帧，算一下力场算的结合能和较高精度量化算的结合能，统计一下这些帧里平均偏差之类

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-10-15 09:15

sobereva 发表于 2019-10-14 11:28
不依赖于实验，纯理论对比有个做法是跑MD，取一些帧，算一下力场算的结合能和较高精度量化算的结合能，统计 ...

谢谢老师。MD模型研究的相互作用是室温下的，高精度量化不能考虑温度的吧，这该怎么处理呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-16 00:08

yihanxu 发表于 2019-10-15 09:15
谢谢老师。MD模型研究的相互作用是室温下的，高精度量化不能考虑温度的吧，这该怎么处理呢？

我说的是计算结合能，直接用电子能量求差，不涉及温度。目的是验证力场对描述二者结合的作用势的合理性

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-10-16 08:13

sobereva 发表于 2019-10-15 10:08
我说的是计算结合能，直接用电子能量求差，不涉及温度。目的是验证力场对描述二者结合的作用势的合理性

谢谢老师。用力场算结合能是指计算非键相互作用吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-17 00:58

yihanxu 发表于 2019-10-16 08:13
谢谢老师。用力场算结合能是指计算非键相互作用吗？

是

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-10-17 04:42
本帖最后由 yihanxu 于 2019-10-16 20:59 编辑

老师好，想向您请教几个问题：
1. 用MD计算相互作用，是不受温度影响的吗？提高温度只是会起到加快现象发生（比如溶剂中两种溶质的结合或分离）的效果吗？
2. 把量化结果和MD结果对比，得到平均偏差，那么怎么样的偏差范围算是可接受的呢？该怎样讨论呢？
3. 从MD得到的复合物的结构，用量化计算的时候用几何优化复合物的结构吗，还是直接计算单点就可以了？
4. 要用什么级别的量化计算才算高精度、可以说明问题呢？高分子材料的原子数比较多，用高精度的会很贵吧，那如果用比后HF精度低的DFT的话，对于验证这种问题可以算是高精度了吗？5. 如果用MD研究了六种高分子分别和小分子的相互作用，要对六种高分子体系都各做一遍验证吗？是否有什么方法可以减少工作量呢？
感谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-18 02:02

yihanxu 发表于 2019-10-17 04:42
老师好，想向您请教几个问题：
1. 用MD计算相互作用，是不受温度影响的吗？提高温度只是会起到加快现象发 ...

1 势函数是不受温度影响的，但温度会影响轨迹。比如温度高的时候，可能由于热运动大，导致出现结合能较高的复合物构象出现几率比低温时候低
2 没有确切标准，但也别差得太夸张，比如相对误差都达到40%了
3 对于对比力场可靠性目的，不用优化结构
4 “比后HF精度低的DFT的话”这是错误认识。普通泛函精度都足矣吊打MP2这样低档次后HF方法，看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）
各种后HF方法精度简单横测
http://sobereva.com/378（http://bbs.keinsci.com/thread-6005-1-1.html）
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
5 算一个有代表性的就可以。不用取太多帧，有个二三十帧就足够说明问题了。

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-10-22 13:38

sobereva 发表于 2019-10-17 12:02
1 势函数是不受温度影响的，但温度会影响轨迹。比如温度高的时候，可能由于热运动大，导致出现结合能较高 ...

老师好，请问温度高的时候，为何结合能较高的复合物构象出现几率比低温时候低呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-23 03:29

yihanxu 发表于 2019-10-22 13:38
老师好，请问温度高的时候，为何结合能较高的复合物构象出现几率比低温时候低呢？

温度高的时候热运动强，不同构象的稳定性有被拉平的趋势（虽然也可能有反例，如温度升高后反倒导致原先能勉强存在的构型存在不了了）

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