计算化学公社

标题: 有关Fukin指数计算后画图的问题 [打印本页]

作者
Author: tongjifukun 时间: 2019-10-19 10:12
标题: 有关Fukin指数计算后画图的问题
老师你好，我最近在计算一个药物分子的福井指数，先使用高斯软件进行的分子式的结构优化（使用基组B3LYP/6-31G（d，p）），算完后用Multiwfn进行了福井指数计算，可是画出来的图有点怪怪的，感觉有些轨道既不在键上也不在原子上，不知那块有问题？求指教。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-19 10:30
8成是求差的两个波函数文件里坐标不对应
对Gaussian不熟的话就加上nosymm，以确保得到的波函数文件里的坐标和输入文件里的坐标严格相同，详见
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297（http://bbs.keinsci.com/thread-1355-1-1.html）

作者
Author: tongjifukun 时间: 2019-10-19 10:53
谢谢老师，请问老师我只会在高斯软件中傻瓜式的选择基组优化分子结构，请问在优化时如何加nosymm？对高斯不是很熟悉

作者
Author: tongjifukun 时间: 2019-10-19 17:28
老师，我加了nosymm，发现离的更远了

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-20 00:01
优化时候加nosymm毫无意义
直接用最新版本Multiwfn的下面文章说的这个功能直接产生Gaussian输入文件，什么也别改
使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484（http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html）

作者
Author: tongjifukun 时间: 2019-10-21 09:02
老师，我是按照你的方法一步步计算的，里面是苯酚的一个示例，也说首先对苯酚中性分子进行结构优化，再有后续的使用Multiwfn计算出概念密度泛函理论中定义的各种量，我就是这样做的才得到了上面的结果，优化时候加和不加nosymm都是有些轨道既不在键上也不在原子上？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-21 10:16

tongjifukun 发表于 2019-10-21 09:02
老师，我是按照你的方法一步步计算的，里面是苯酚的一个示例，也说首先对苯酚中性分子进行结构优化，再有后 ...

苯酚显然有pi轨道，pi轨道显然在原子核、键的位置都是节面

优化根本不需要用nosymm
保证对每个态产生波函数的gjf文件里坐标都一样，都写nosymm，最终得到的波函数文件里坐标也必然对应。
Multiwfn载入波函数文件之后进入主功能0也能从文本窗口看到坐标，到底坐标对应不对应将几个文件这部分输出一对照便知

作者
Author: tongjifukun 时间: 2019-10-21 10:19
不好意思老师，我表达有误，我说你提供的例子是苯酚，而我要计算的就是个小分子药物

，首先对药物中性分子进行结构优化（使用基组B3LYP/6-31G（d，p）)，再有后续的使用Multiwfn计算出概念密度泛函理论中定义的各种量，我就是这样做的才得到了上面的结果，优化时候加和不加nosymm都是有些轨道既不在键上也不在原子上？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-21 22:56

tongjifukun 发表于 2019-10-21 10:19
不好意思老师，我表达有误，我说你提供的例子是苯酚，而我要计算的就是个小分子药物，首先对药物中性分 ...

你的体系只要有双键或者芳环，必然很多轨道就会具有一部分或很大部分呈现pi特征，pi区域的显著特点就是不在原子核也不在两个原子连线上

产生出的轨道什么样和用不用nosymm完全没关系

作者
Author: tongjifukun 时间: 2019-10-22 18:59
哦哦，老师的意思是我这样优化分子结构之后再使用Multiwfn计算出概念密度泛函理论中定义的各种量，所画的图pi区域产生出的轨道不在原子核也不在两个原子连线上是正常的了？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-23 04:51

tongjifukun 发表于 2019-10-22 18:59
哦哦，老师的意思是我这样优化分子结构之后再使用Multiwfn计算出概念密度泛函理论中定义的各种量，所画的图 ...

是
建议你看看结构化学书，了解sigma、pi轨道都是什么样

作者
Author: tongjifukun 时间: 2019-10-23 18:06
还得，非常感谢老师的解答

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