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[Multiwfn资源与经验] 使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量

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发表于 Post on 2019-5-21 12:15:20 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
注1:轨道权重福井函数/双描述符特别适合前线轨道简并或近简并体系,也是使用本文提到的功能来计算,但本文没涉及,在另一篇博文里专门做了介绍《通过轨道权重福井函数和轨道权重双描述符预测亲核和亲电反应位点》(http://sobereva.com/533),非常建议看过本文后阅读。
注2:《使用Multiwfn计算键双描述符考察不同化学键的反应性》(http://sobereva.com/766)是对本文内容的重要额外补充,十分建议在阅读本文后观看!
:本文对应2024-Apr-17及以后更新的Multiwfn及手册,不要用老版本!

使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
Using Multiwfn to easily calculate various quantities defined in the concept density functional theory

文/Sobereva@北京科音
First release: 2019-May-21  Last update: 2024-Apr-17

1 前言

由Parr最初开始发展的概念密度泛函理论(conceptual density functional theory,CDFT)也称密度泛函反应性理论(DFRT),是量子化学和波函数分析领域中的一个重要组成,专门用来预测和解释化学物质的反应活性、反应位点等问题,对于研究化学反应有重要意义。相关介绍以及笔者写过的相关博文见《概念密度泛函综述和重要文献合集》(http://bbs.keinsci.com/thread-384-1-1.html)。在“量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班”(http://www.keinsci.com/WFN)里专门有一节由笔者十分全面讲授反应位点的预测与反应活性分析,对本文涉及的各种量做了非常详细具体的介绍并给了诸多应用例子,非常推荐感兴趣者参加。

CDFT框架里有大量概念,包含很多实空间函数、局部指数和全局指数,它们经常出现在各种文献里用来讨论反应问题。只要有N、N+1、N-1电子态的波函数和能量,就可以计算它们中的绝大部分。N指的是体系的电子数,比如某个分子最稳定状态是中性的,则N就是指中性时的电子数,N+1就是指带一个负电荷的阴离子状态的电子数,N-1就是指带一个正电荷的阳离子态的电子数。其实计算CDFT里的那些量并不复杂,手动算起来没什么难度,然而如果把所有量全都一一算出来,还是比较费事,而且容易弄错数据。另外,网上也经常有人问我怎么去算那些量,由于初学者的量子化学基础知识往往很薄弱,经常解释起来很费劲,甚至怎么说也说不明白。于是,笔者决定在Multiwfn里直接加入一个功能,通过极简单的步骤,就可以一次性把所有CDFT框架内常见的量全都算出来,过程完全傻瓜化。笔者相信这个功能有极高的实用性,经常要计算CDFT里涉及的量的读者务必要重视此功能。

这个功能是Multiwfn的主功能22。Multiwfn最新版可以在官网http://sobereva.com/multiwfn免费下载。相关入门知识看《Multiwfn入门tips》(http://sobereva.com/167)、《Multiwfn FAQ》(http://sobereva.com/452)。

使用本文介绍的Multiwfn的功能发表文章时,除了要按照Multiwfn程序启动时的提示引用Multiwfn的原文外,也请同时引用下面的书籍章节,其中专门介绍了Multiwfn程序中的概念密度泛函理论分析的功能和实现:
Tian Lu, Qinxue Chen, Realization of Conceptual Density Functional Theory and Information-Theoretic Approach in Multiwfn Program. In Conceptual Density Functional Theory, WILEY-VCH GmbH: Weinheim (2022); pp 631-647. DOI: 10.1002/9783527829941.ch31
Realization of Conceptual Density Functional Theory and Information-Theoretic Ap.pdf (3.02 MB, 下载次数 Times of downloads: 12)

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发表于 Post on 2020-2-12 10:26:18 | 显示全部楼层 Show all
社长,您好!我按照您上文中3.1节的操作步骤得到了N.gjf、N+1.gjf和N-1.gjf三个文件,然后将这三个文件放到超算平台上计算得到N.wfn、N+1.wfn和N-1.wfn。但是我将wfn文件放回到原来的路径下,使用2 Calculate various quantitative indices功能没有得到CDFT.txt文件。请问社长是因为Win版的Multiwfn不识别linux下计算出的wfn文件吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-12 10:45:07 | 显示全部楼层 Show all
Villars 发表于 2020-2-12 10:26
社长,您好!我按照您上文中3.1节的操作步骤得到了N.gjf、N+1.gjf和N-1.gjf三个文件,然后将这三个文件放到 ...

看屏幕上的提示。
所有平台上Gaussian算出来的wfn文件内容都是相同的
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发表于 Post on 2020-2-12 11:21:32 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 Villars 于 2020-2-13 00:17 编辑
sobereva 发表于 2020-2-12 10:45
看屏幕上的提示。
所有平台上Gaussian算出来的wfn文件内容都是相同的

感谢社长的回复!我在“2 Calculate various quantitative indices”这步的后面输入2以后,Multiwfn就直接弹出了,然后我在包含Multiwfn.exe文件的路径下确实没有找到您提到的CDFT.txt文件,您看这种情况可能是哪里出的问题?

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发表于 Post on 2020-2-12 13:52:59 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 Villars 于 2020-2-12 13:59 编辑
sobereva 发表于 2020-2-12 10:45
看屏幕上的提示。
所有平台上Gaussian算出来的wfn文件内容都是相同的

社长您好!我刚才用您给的例子phenol.xyz,按照上文中的步骤重新计算了一遍。电荷和自旋多重度的设置都使用了默认设置,生成了N.gjf、N+1.gjf和N-1.gjf三个文件。然后在win版的G16下计算,生成了N.wfn、N+1.wfn和N-1.wfn三个文件。这次计算Multiwfn没有直接弹出,但是还是没有得到您给的CDFT文件。具体屏幕显示和CDFT文件报错如图所示。我看到上面显示没有找到系统能量,可是我打开wfn文件,上面SCF Done后面有显示单点能。您看这个可能是什么原因?
QQ截图20200212135154.png
QQ截图20200212135128.png
QQ截图20200212135940.png

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发表于 Post on 2020-2-13 00:02:30 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2020-2-12 10:45
看屏幕上的提示。
所有平台上Gaussian算出来的wfn文件内容都是相同的

社长您好!问题终于解决了,原来是我在超算上把输出文件命名为wfn文件了,就是写成 g16 <xxx.gjf> xxx.wfn了,然后又把这个xxx.wfn放到multiwfn下计算才会出现这种报错,真是大错特错!幸好看了您的“详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换” 这篇文章才及时醒悟,谢谢社长!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-13 18:17:36 | 显示全部楼层 Show all
今日更新了Multiwfn,支持了J. Phys. Chem. A, 124, 2090 (2020)提出的ωcubic指数,对于考察弱相互作用很有益,在本文新增了相关介绍。
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发表于 Post on 2020-3-15 20:07:15 | 显示全部楼层 Show all
社长,您好。看有文献上说是电离电势IP的值和HOMO轨道的能量值是互为相反数的关系,那为什么给出的实例中两者不满足这种关系。自己算的分子中也不满足,一直很疑惑。希望社长帮助解答一下啦

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发表于 Post on 2020-3-15 21:11:14 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 snljty 于 2020-3-15 21:22 编辑
齐帆 发表于 2020-3-15 20:07
社长,您好。看有文献上说是电离电势IP的值和HOMO轨道的能量值是互为相反数的关系,那为什么给出的实例中两 ...

先借问卢老师一下,上一次基础班讲义的260面的第2张PPT,编号90的那张的图,能麻烦您发一下么?就是那个循环伏安法测的性的氧化/还原势只能说是和理论计算的HOMO、LUMO能量有一定内在联系...那张,带有好几个箭头那张,想存一下那张图片。谢谢您!
在论坛上搜一下 电离势 sob老师以前贴过好几次那几张讲义中的图。摘自sob老师的讲义。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-17 13:31:27 | 显示全部楼层 Show all
齐帆 发表于 2020-3-15 20:07
社长,您好。看有文献上说是电离电势IP的值和HOMO轨道的能量值是互为相反数的关系,那为什么给出的实例中两 ...

那叫Koopmans定理。Google一搜资料一堆。对于精确的交换相关泛函是满足的,但是对于近似的交换相关泛函都不精确满足,只不过有的满足好,有的满足不好。QTP系列泛函算是满足最好的之一。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-17 14:17:35 | 显示全部楼层 Show all
snljty 发表于 2020-3-15 21:11
先借问卢老师一下,上一次基础班讲义的260面的第2张PPT,编号90的那张的图,能麻烦您发一下么?就是那个 ...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-14 07:25:22 | 显示全部楼层 Show all
新更新
从2020-Oct-14更新的Multiwfn开始,不再强制用当前目录下的N.wfn、N+1.wfn和N-1.wfn作为后续计算的输入文件。用选项2或3开始计算时,若Multiwfn发现当前目录下缺少这些文件的一个或多个,程序就会让用户自行输入相应电子态的.wfn或.wfx或.fch或.mwfn文件的路径。因此,比如你想用自行算出来的N.fch、N+1.fch、N-1.fch做后面的计算也完全可以。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-21 03:15:15 | 显示全部楼层 Show all
今日更新的Multiwfn新支持了计算轨道超离域度,在本文文末增加了下面文字

还值得一提的是,Multiwfn亦能够计算亲核和亲电超离域度(superdelocalizabilities),类似于能量权重的基于轨道计算的福井函数。这个量最早由Schüürmann在Environ. Toxicof. Chem., 9, 417 (1990)和Quant. Struct.-Act. Relat., 9, 326 (1990)中提出,被广泛用于构建QSAR方程。但原文的计算形式只适合基于半经验方法进行计算,而Multiwfn使用的计算形式是笔者对之进行广义化后的,也能够用于HF和DFT波函数。具体细节见Multiwfn手册3.100.16.5节,用户只需要提供分子原本状态的fch、molden、mwfn之类含有基函数信息的文件,进入主功能100的子功能16后选择选项8即可得到各个原子的超离域度。


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