计算化学公社

标题: gromacs用X2top产生分子筛top文件时发生错误 [打印本页]

作者
Author: yuclark 时间: 2019-10-24 09:00
标题: gromacs用X2top产生分子筛top文件时发生错误
各位老师，同学：
我用gromacs用X2top产生分子筛top文件时发生错误，报错如下：

Command line:
gmx x2top -f FAU.pdb -o FAU.top -ff oplsaa

WARNING: all CONECT records are ignored
Opening force field file C:\gmx2019.1_GPU/share/gromacs/top/oplsaa.ff/atomname2type.n2t
There are 23 name to type translations in file oplsaa.ff
Generating bonds from distances...
atom 648
Can not find forcefield for atom Si1-1 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom Si1-2 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom Si1-3 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom Si1-4 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom Si1-5 with 0 bonds

........(省略)
Can not find forcefield for atom O4-643 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom O4-644 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom O4-645 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom O4-646 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom O4-647 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom O4-648 with 0 bonds

-------------------------------------------------------
Program: gmx x2top, version 2019.1
Source file: src\gromacs\gmxpreprocess\x2top.cpp (line 188)

Fatal error:
Could only find a forcefield type for 0 out of 648 atoms

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-24 09:59
n2t文件没设置合适，注意检查里面的距离和实际结构里的Si相关成键的距离

作者
Author: yuclark 时间: 2019-10-24 13:23

sobereva 发表于 2019-10-24 09:59
n2t文件没设置合适，注意检查里面的距离和实际结构里的Si相关成键的距离

多谢sob老师的解答，我有问题如下：
如下是默认的oplsaa力场中的atomname2type.n2t文件（路径/share/gromacs/top/oplsaa.ff/atomname2type.n2t）：
C opls_157 -0.18 12.011 4 H 0.108 H 0.108 H 0.108 C 0.150
C opls_158 -0.12  12.011 4 H 0.108 H 0.108 C 0.150 C 0.150
C opls_157 0.145  12.011 4 H 0.108 O 0.141 H 0.108 C 0.150
C opls_157 0.145  12.011 4 H 0.108 H 0.108 O 0.108 C 0.150
C opls_158 0.205  12.011 4 H 0.108 C 0.150 O 0.140 C 0.150
C opls_158 -0.06  12.011 4 H 0.108 C 0.150 C 0.150 C 0.150
C opls_145 -0.12  12.011 3 C 0.150 C 0.150 H 0.108
C opls_145 -0.12  12.011 3 C 0.133 C 0.150 O 0.140
C opls_235 0.5 12.011 3 C 0.133 N 0.140 O 0.140
C opls_235 0.5 12.011 3 C 0.133 N 0.132 C 0.150
C opls_235 0.5 12.011 3 C 0.133 N 0.132 H 0.108
O opls_236 -0.5 15.9994 1 C 0.123
N opls_238 -0.5 14.0067 3 H 0.108 C 0.140 C 0.150
N opls_238 -0.5 14.0067 3 H 0.108 C 0.132 N 0.123
N opls_238 0    14.0067 2 C 0.140 N 0.123
H opls_140 0.06 1.008 1 C 0.108
H opls_155 0.418 1.008 1 O 0.095
H opls_241 0.30 1.008 1 N 0.095
O opls_154 -0.683 15.9994 2 C 0.140 H 0.095
P opls_393 1    30.97376 4 O 0.180 O 0.180 O 0.180 O 0.180
O opls_395 -1    15.9994 2 P 0.180 H 0.095
O opls_394 -1    15.9994 1 P 0.180
N opls_237 0    14.0067 4 C 0.140 C 0.140 C 0.140 C 0.140
没有Si原子出现，我所要建立的模型是分子筛，那我需要手动加入Si原子？需要加入的话，我如何获知每一项的每一列代表什么意思？

作者
Author: yuclark 时间: 2019-10-25 08:56
问题已经解决，谢谢！

作者
Author: D_ly2030 时间: 2020-1-7 15:28

yuclark 发表于 2019-10-25 08:56
问题已经解决，谢谢！

新人，想请教下编写n2t文件！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-7 18:50

D_ly2030 发表于 2020-1-7 15:28
新人，想请教下编写n2t文件！

问题应当问具体
手册里明确说了n2t怎么写，有什么具体的不懂的问题再来问，别人不可能从头到尾讲一遍

另见此文的n2t例子
使用Gromacs模拟碳纳米管的一个简单例子
http://sobereva.com/268（http://bbs.keinsci.com/thread-454-1-1.html）

作者
Author: D_ly2030 时间: 2020-1-7 22:32

sobereva 发表于 2020-1-7 18:50
问题应当问具体
手册里明确说了n2t怎么写，有什么具体的不懂的问题再来问，别人不可能从头到尾讲一遍

...

不好意思，我想问的问题就类似于楼主三楼最后提的问题，“没有Si原子出现，我所要建立的模型是分子筛，那我需要手动加入Si原子？需要加入的话，我如何获知每一项的每一列代表什么意思？”，我的分子涉及F原子，文件中的每列意思清楚，就不知道怎么选择，有什么原则。在TPPMKTOP中提交的分子，觉得生成的itp文件有很大的问题，所以想试下其他方法！打扰，抱歉！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-8 21:31

D_ly2030 发表于 2020-1-7 22:32
不好意思，我想问的问题就类似于楼主三楼最后提的问题，“没有Si原子出现，我所要建立的模型是分子筛，那 ...

结合具体体系才能说
如果想让x2top产生的拓扑文件里有正确的F有关的成键项，就根据F与周围的原子实际成键距离和数目恰当地添加相应的项就完了

作者
Author: 程龙 时间: 2020-8-12 10:24

yuclark 发表于 2019-10-25 08:56
问题已经解决，谢谢！

您好，距离不一样，您是怎么解决的啊，谢谢

作者
Author: moluren 时间: 2021-12-7 21:02
请教楼主是怎么解决的呢，遇到了同样的问题

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2022-12-1 17:34
请问楼主，FAU分子筛的原子电荷是怎么产生的？

作者
Author: zxshuai 时间: 2024-3-27 14:20

yuclark 发表于 2019-10-25 08:56
问题已经解决，谢谢！

你好，请问你是怎么解决的呀，我也遇到了相同的问题，谢谢啦

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)