计算化学公社

标题: 难道说Gaussian的PM7/SMD有bug？ [打印本页]

作者
Author: 阿甘 时间: 2019-11-4 08:33
标题: 难道说Gaussian的PM7/SMD有bug？
本帖最后由阿甘于 2019-11-4 08:37 编辑

最近在计算一个含锌离子的体系，由于涉及的化合物众多（可能涉及几千个），因此就打算先在SMD隐式溶剂模型下先用PM7优化结构，再用DFT算单点。结果发现了个奇怪的事，请各位看结果文件。

在PM7/SMD水平下，水分子的氢竟然是指向锌离子的，但是其他的隐式溶剂模型就没有这个问题（CPCM，IEFPCM）；PM6/SMD水平下的结果才比较对，水分子的氧指向了锌离子。

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作者
Author: Accelerator 时间: 2019-11-4 09:08
SMD没有对半经验进行过测试因此在半经验水平下使用SMD并不保险猜测MOPAC和xtb都不支持SMD可能有这方面的考虑
不要用半经验优化后直接用DFT算单点可能一个反应自由能几百几千个kcal/mol都有如果不相信半经验得到的能量一定要用DFT优化

作者
Author: 阿甘 时间: 2019-11-4 09:32

Accelerator 发表于 2019-11-4 09:08
SMD没有对半经验进行过测试因此在半经验水平下使用SMD并不保险猜测MOPAC和xtb都不支持SMD可能有这方面的 ...

半经验的结构这么不可信的吗

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-4 09:34

阿甘发表于 2019-11-4 09:32
半经验的结构这么不可信的吗

涉及过渡金属的情况，半经验靠谱程度普遍比较低，下文里那个C-H键活化的例子体现得非常充分。用xtb稳得多
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html）

SMD本身就不是给半经验用的，这种组合本来就没什么意义，即便用了也容易遭到审稿人抨击
另外，Gaussian里半经验带溶剂模型后速度变得慢很多，非常需要半经验+溶剂模型的话建议用MOPAC

作者
Author: 阿甘 时间: 2019-11-4 09:41

sobereva 发表于 2019-11-4 09:34
涉及过渡金属的情况，半经验靠谱程度普遍比较低，下文里那个C-H键活化的例子体现得非常充分。用xtb稳得多 ...

我看SMD的原文的时候已经纠结半天了，感谢sob老师指路。

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