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标题: 用Packmol建模及GMX跑动力学命令的懒人脚本win版 [打印本页]

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-11-9 22:17
标题: 用Packmol建模及GMX跑动力学命令的懒人脚本win版
本帖最后由 tjuptz 于 2019-11-12 12:47 编辑

虽然Windows平台跑MD的效率不如Linux，但是其方便性还是很高的。尤其在社长提供了GROMACS的win版后，感觉论坛和群里使用的人不少。对于一些试跑或者短时间模拟，在win下完成很方便。为了便于使用，仿照Linux下的bash批处理命令用Packmol建模及GMX跑动力学命令的懒人脚本，写了个Windows下的batch脚本。packmol_win版使用见http://sobereva.com/473。
应用方法如下：1.建立某一模拟的文件夹，比如solute_in_sol1，把结构文件、拓扑文件和md.bat放进去 2.在里面建立packmol文件夹，把packmol用到的结构文件和输入文件放进去 3.重复1和2建立solute_in_sol2、solute_in_sol3……solute_in_solN 4.将1到N这些要跑到任务文件夹子目录放到跑MD的文件夹父目录如MD中，并把domd.bat拷贝进去 5.在cmd终端里输入domd.bat即可。
md.bat内容如下：

:: batch script for MD
echo =============================%~dp0==============================
cd .\packmol
packmol < mix.inp
move /y mix.pdb ..\
cd ..
gmx grompp -f em.mdp -c mix.pdb -p mix.top -o em.tpr
gmx mdrun -v -deffnm em
gmx grompp -f eq.mdp -c em.gro -p mix.top -o eq.tpr
gmx mdrun -v -deffnm eq
gmx grompp -f md.mdp -c eq.gro -t eq.cpt -p mix.top -o md.tpr
gmx mdrun -v -deffnm md
echo 0 |gmx trjconv -f md.xtc -o fixmd.xtc -s md.tpr -pbc mol -dt 10
echo 40 41 |gmx energy -f desorb.edr >> energy.txt

复制代码

domd.bat内容如下：

:: batch script for md script
@echo off
for /d %%i in (*) do (
cd %%i
call md.bat
cd ..
echo off
)

复制代码

注：请根据代码内容恰当修改自己的输入文件的名称以便一键化操作；最后会对轨迹进行修正，可根据自己实际情况修改；如有后处理操作亦可加入到md.bat中一并处理

作者
Author: huangjin 时间: 2020-4-2 20:24
非常感谢，收藏了。

作者
Author: qq1020935287 时间: 2022-5-13 23:53
请问楼主文件名应该替换到脚本中什么位置啊？还是只需要修改好输入文件的名称就可以啊

作者
Author: tjuptz 时间: 2022-5-14 11:07

qq1020935287 发表于 2022-5-13 23:53
请问楼主文件名应该替换到脚本中什么位置啊？还是只需要修改好输入文件的名称就可以啊

gmx命令行

作者
Author: qq1020935287 时间: 2022-5-14 12:22

tjuptz 发表于 2022-5-14 11:07
gmx命令行

是不是不需要改变脚本，只改修改对应的输入文件名就可以呀

作者
Author: tjuptz 时间: 2022-5-14 12:38

qq1020935287 发表于 2022-5-14 12:22
是不是不需要改变脚本，只改修改对应的输入文件名就可以呀

是的

作者
Author: qq1020935287 时间: 2022-5-14 15:50

tjuptz 发表于 2022-5-14 12:38
是的

感谢！

作者
Author: 大王来何 时间: 2024-8-2 01:00
感谢

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