用Packmol建模及GMX跑动力学命令的懒人脚本

tjuptz

        模拟研究中经常涉及到换一些条件，比如分子数，配比，添加物种类等的对比研究，这些时候往往要跑十几甚至数十个动力学。为了一键操作，写了个bash脚本，md.sh和domd.sh。
        应用方法如下：1.建立某一模拟的文件夹，比如solute_in_sol1，把结构文件、拓扑文件和md.sh放进去 2.在里面建立packmol文件夹，把packmol用到的结构文件和输入文件放进去 3.重复1和2建立solute_in_sol2、solute_in_sol3……solute_in_solN 4.将1到N这些要跑到任务文件夹放到LUNIX的跑MD的文件夹如MD中，并把domd.sh拷贝进去 5.在终端里输入bash domd.sh即可。
md.sh内容如下：

1. #!/bin/bash
   
2. 
   
3. # bash script for MD
   
4. 
   
5. cd ./packmol
   
6. packmol < mix.inp
   
7. mv mix.pdb .. -f
   
8. cd ..
   
9. gmx grompp -f em.mdp -c mix.pdb -p mix.top -o em.tpr
   
10. gmx mdrun -v -deffnm em
    
11. gmx grompp -f eq.mdp -c em.gro -p mix.top -o eq.tpr
    
12. gmx mdrun -v -deffnm eq
    
13. gmx grompp -f md.mdp -c eq.gro -t eq.cpt -p mix.top -o md.tpr
    
14. gmx mdrun -v -deffnm md
    
15. echo -e "0\n" |gmx trjconv -f md.xtc -o fixmd.xtc -s md.tpr -pbc mol -dt 10

复制代码

domd.sh内容如下：

1. #!/bin/bash
   
2. 
   
3. #batch script for md script
   
4. 
   
5. for dir in `ls .`
   
6. do
   
7.    if [ -d $dir ]
   
8.    then
   
9.      echo $dir
   
10.      cd $dir
    
11.      bash md.sh
    
12.      cd ..
    
13.    fi
    
14. done

复制代码

注：请根据代码内容恰当修改自己的输入文件的名称以便一键化操作； 最后会对轨迹进行修正，可根据自己实际情况修改；如有后处理操作亦可加入到md.sh中一并处理

xiaowu759

谢谢分享！

Lacrimosa

沥青质+庚烷+去污剂么？我也在做这个呢0.0

tjuptz

Lacrimosa 发表于 2019-4-23 17:54
沥青质+庚烷+去污剂么？我也在做这个呢0.0

哈哈，忘了去掉了。我不做，帮人算的来着。

Mialei

谢谢分享！有个问题请教，就是它产生的文件名中带有空格，在centos系统或者是windows的centos子系统里，显示的都是个问号，需要在md.sh文件中相应的地方加上问号才能运行，请问这是什么原因呢？

tjuptz

不好意思，我这里没遇到过

Mialei

好的，谢谢

侧耳倾听

非常感谢楼主的分享，有个问题想请教一下，楼主这个脚本是数十个独立的动力学过程的模拟，如果我们是基于第一个动力学结束后的结构重新加入某分子建模，然后在此基础上跑第二个动力学，再基于第二个MD结束结构重新建模跑第三个MD...如此多个循环的过程，那么应该如何编写脚本呢，可否指教一下，非常感谢！

tjuptz

侧耳倾听 发表于 2021-3-8 12:57
非常感谢楼主的分享，有个问题想请教一下，楼主这个脚本是数十个独立的动力学过程的模拟，如果我们是基于第 ...

得自己写循环，通过循环变量的增加和适当的变量名与文件名关联实现吧。还涉及到拓扑的更新，感觉不是很容易，需要自己研究研究。我也简单思考过，还挺麻烦的。如果是研究沉积问题的话，可能lammps现成的in文件能找到，也许比写脚本来的快

Limk

tjuptz 发表于 2021-3-8 20:30
得自己写循环，通过循环变量的增加和适当的变量名与文件名关联实现吧。还涉及到拓扑的更新，感觉不是很容 ...

好的，感谢！确实是想研究沉积过程，因为平常都是用GMX,  所以想写一个类似的脚本，真正写起来的时候发现确实是很复杂，牵扯到很多文件的更新，谢谢回复

DwyaneWan

你好请问。如果在当前目录下，进行1ns的模拟后得到1.gro。然后用1.gro之前模拟1ns，参数一样的。以此类推，循环200次，应该怎么修改这个脚本呢？

tjuptz

DwyaneWan 发表于 2021-11-20 03:30
你好请问。如果在当前目录下，进行1ns的模拟后得到1.gro。然后用1.gro之前模拟1ns，参数一样的。以此类推， ...

修改md.sh，具体地说是加入循环，你可以参考这个网页里的方法，脚本见附件
https://jerkwin.github.io/2018/04/09/%E5%AE%9E%E6%97%B6%E6%94%B9%E5%8F%98GROMACS%E6%8B%93%E6%89%91%E7%9A%84%E5%88%86%E6%AE%B5%E6%A8%A1%E6%8B%9F%E6%96%B9%E6%B3%95/
gmxC8.zip (21.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

2021-11-20 17:23 上传 Uploaded

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rdcfm1223

tjuptz 发表于 2021-11-20 17:23
修改md.sh，具体地说是加入循环，你可以参考这个网页里的方法，脚本见附件
https://jerkwin.github.io/2 ...

老师你好，很感谢您分享的脚本。

jerkwin1老师的脚本是使用beanshell语言编写的，用gpt技术读取了一下代码，也分享给大家。
以下是关于代码的一些基本解释：
1. 在开始部分，脚本定义了一些变量，包括模拟的名字、开始和结束的时间，以及从 grompp.mdp 文件中读取的时间步长（dt）和步数（step）。
（在这里脚本将dt和step相乘，获取每一次md运行的时间。因此初始和截至时间的设置应该是以ps为单位）
2. 然后，脚本创建了一些文件，包括初始的.gro（坐标）文件，.top（拓扑）文件，以及.mdp（模拟参数）文件。
3. `gmx grompp` 和 `gmx mdrun` 命令用于编译和运行模拟。这些命令生成一系列的输出文件，其中一些在每次模拟结束时被删除。
4. 在一个 for 循环中，脚本重复上述过程，每次都增加模拟的时间。在每次迭代中，它都会更新 .gro，.top，和 .mdp 文件，然后再次运行模拟。
5. 在循环的每次迭代中，还可能会向 .top 文件添加一些信息，这取决于迭代次数。
6. 在模拟完成后，脚本使用 `gmx trjcat` 和 `gmx trjconv` 命令处理和整合模拟的轨迹文件。
这个脚本的具体用途可能会根据 GROMACS 模拟的具体需求和 grompp.mdp 文件中的参数设置而有所不同。在大致的情况下，这个脚本运行一系列的模拟，每次模拟开始时都会从上一次模拟结束时的状态开始。这使得用户可以分步骤地运行长时间的模拟，而不是一次性运行整个模拟。

学生有几个问题想请教老师。
第一个是jerkwin老师的网站我在观看学习的时候一般只能够看到博文，但是相关的附件我都没有见过，不知道老师你这个gmxC8.zip是在哪里找到的呀？
第二个问题是学生在这个脚本的基础上，进行了一定的修改。然后在cmd和gui bash里都成功运行了。但是两者都出现了一样的问题。即不显示当前运行步数和当前运行时间。从电脑的状态、tasklist命令和相应生成文件来看，程序是在正常运行。但是这个小问题应该怎样改善呢。学生用的是2020.6GPU版本