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标题: 求助：gromacs无法识别我的分子 [打印本页]

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Author: a617788816 时间: 2019-11-30 21:58
标题: 求助：gromacs无法识别我的分子
本帖最后由 a617788816 于 2019-12-13 13:32 编辑

sob老师我检查了数遍还是无法在数据库找到我的分子，请问是什么问题啊
我想用得是乙酸根命名ACE-, 已经在dat文件名称数据库录入，力场下的aminoacid.atp文件，ffbonded.itp文件，pdb文件等等我都检查了，因为是乙酸跟，不存在什么新的键，不需要修改atp和力场的itp文件，我也单独写了一个，residuetypes.dat文件我也添加了残基名称，如图所示，用的是pdb2gmx命令，到底为什么识别不了导致生成不了top文件啊，困扰了很久，请sob老师能详细解答一下，我找了许多资料都说是rtp文件漏写，但我都检查数遍了，报错如图，请问是怎么回事啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-2 01:51
用Multiwfn算个乙酸根的RESP电荷填进去就行了，参看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

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Author: a617788816 时间: 2019-12-6 16:53
本帖最后由 a617788816 于 2019-12-7 12:39 编辑

sobereva 发表于 2019-12-2 01:51
用Multiwfn算个乙酸根的RESP电荷填进去就行了，参看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
ht ...

计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

里面提到linux系统下给RESP.sh添加可执行权限是chmod +x ./RESP.sh
我用的是windows，这一步应该用什么命令，我写这个命令，是不存在，如何给windos下的该文件添加权限呢？
chmod +x ./RESP.sh cant be found, input again

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-8 18:52

a617788816 发表于 2019-12-6 16:53
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci. ...

这是linux下的bash脚本，你在windows下怎么运行？（除非你用cygwin、cmder模拟bash环境之类的）

作者
Author: a617788816 时间: 2019-12-21 16:20

sobereva 发表于 2019-12-2 01:51
用Multiwfn算个乙酸根的RESP电荷填进去就行了，参看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
ht ...

sob老师，我计算了乙酸根的RESP电荷没有问题，两个羧基O带电是相等的
但是当我计算乙酸分子的RESP电荷的时候，我发现计算出来的两个羧基O还是带电量相等，虽然与乙酸根有区别，羧基上面的两个O，接氢的时候，不是应该两个O带电量不同吗，这个如何解决

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-22 00:44

a617788816 发表于 2019-12-21 16:20
sob老师，我计算了乙酸根的RESP电荷没有问题，两个羧基O带电是相等的
但是当我计算乙酸分子的RESP电荷的 ...

你不要求两个氧相等就不可能相等

这是Multiwfn算乙酸RESP电荷的输出
Center    Charge
   1(C ) 0.7031424159
   2(O )  -0.5301413433
   3(O )  -0.5744964241
   4(C )  -0.3030529845
   5(H ) 0.1067921901
   6(H ) 0.1069509810
   7(H ) 0.0866513851
   8(H ) 0.4041537799
Sum of charges: 0.0000000000
RMSE: 0.001420 RRMSE: 0.096208

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Author: a617788816 时间: 2020-1-18 23:40
本帖最后由 a617788816 于 2020-1-19 15:32 编辑

sobereva 发表于 2019-12-22 00:44
你不要求两个氧相等就不可能相等

这是Multiwfn算乙酸RESP电荷的输出

            乳酸          乳酸根
  C    -0.350218       -0.294750
  H       0.104632       0.066188
  H       0.104632       0.066188
  H       0.104632       0.066188
  C       0.439285       0.477640
  H    -0.009263       -0.058133
  C       0.680496       0.727554
  O    -0.734034       -0.779284
  H       0.445945       0.407201
  O    -0.676749       -0.839396
  H       0.502963
  O    -0.612323       -0.839396
这是我用高斯优化后用Multiwfn计算的RESP电荷，对乳酸跟的羧基氧进行约束，乳酸未约束，但算出来的5号H是均是负电，这结果是否合理呢，还想请问，如何判断自己的等价约束是否造成大的影响，您文章里面提到用RRMSE，如何得到呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-19 18:40

a617788816 发表于 2020-1-18 23:40
乳酸          乳酸根
  C    -0.350218       -0.294750
  H       0.104632  ...

那是6号H
微量负电没有什么新鲜的

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