计算化学公社

标题: 求助HCl在水隐式模型中的表达方式 [打印本页]

作者
Author: Razn 时间: 2019-12-2 09:44
标题: 求助HCl在水隐式模型中的表达方式
在计算Cl原子(0,2)对烷烃（e.g., CH4）抽氢反应的自由能变时，采用SMD（默认水为溶剂）B3LYP/6-311+G(2d,p)//B3LYP/6-31G*计算单点和优化，生成H+(1,1)和Cl-(-1,1)还是HCl(0,1)？
即能变 = [G(CH3*) + G(HCl)] - [G(CH4) + G(Cl)]，or = [G(CH3*) + G(H+) +G(Cl-)] - [G(CH4) + G(Cl)]？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2019-12-2 10:18
鉴于HCl在水中的电离是自发的，应当解离为H+和Cl-，然而这俩物种在水中的溶剂化自由能想用隐式溶剂模型算准就别想了。

作者
Author: snljty 时间: 2019-12-2 10:33
本帖最后由 snljty 于 2019-12-2 10:42 编辑

另外，不要用纯B3LYP算纯有机体系自由能...见http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html。
质子在水中的溶解自由能已经有现成的准确值。
可以参考一下卢老师的http://sobereva.com/327。
显示溶剂模型的构造可以试试molclus或者http://sobereva.com/406。

作者
Author: Razn 时间: 2019-12-2 10:34

liyuanhe211 发表于 2019-12-2 10:18
鉴于HCl在水中的电离是自发的，应当解离为H+和Cl-，然而这俩物种在水中的溶剂化自由能想用隐式溶剂模型算准 ...

感谢解答，另外，SMD计算H+和Cl-对讨论能变的正负会产生定性影响吗？

作者
Author: Razn 时间: 2019-12-2 10:44

snljty 发表于 2019-12-2 10:33
另外，不要用纯B3LYP算纯有机体系自由能...见http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html。
质子在水中 ...

非常感谢你的解答

作者
Author: Razn 时间: 2019-12-2 16:41

snljty 发表于 2019-12-2 10:33
另外，不要用纯B3LYP算纯有机体系自由能...见http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html。
质子在水中 ...

我琢磨了一下sob老师的帖子，是否可以采用(SMD)M06-2X/Def2-TZVP//(SMD)M06-2X/6-311G*，获得单点能和自由能的热校正量，相加作为溶质在溶剂中的自由能？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-3 07:14

Razn 发表于 2019-12-2 10:34
感谢解答，另外，SMD计算H+和Cl-对讨论能变的正负会产生定性影响吗？

单原子离子甭指望只靠SMD就能算准。而且已经不是准不准的事，而是离谱。仔细看此文2.8节
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

溶质在溶剂下的自由能该怎么算，直接效仿上文末尾的例子，别乱用。

作者
Author: Razn 时间: 2019-12-4 16:07

sobereva 发表于 2019-12-3 07:14
单原子离子甭指望只靠SMD就能算准。而且已经不是准不准的事，而是离谱。仔细看此文2.8节
谈谈隐式溶剂模 ...

是否可以采用(SMD)M06-2X/Def2-TZVP//(SMD)M06-2X/6-311G*，获得单点能和自由能的热校正量，相加作为溶质在溶剂中的自由能？懒人做法

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-5 12:55

Razn 发表于 2019-12-4 16:07
是否可以采用(SMD)M06-2X/Def2-TZVP//(SMD)M06-2X/6-311G*，获得单点能和自由能的热校正量，相加作为溶质 ...

用(SMD)M06-2X/Def2-TZVP单点能加上(SMD)M06-2X/6-311G*的自由能热校正量可以接受

作者
Author: Razn 时间: 2019-12-5 17:17

sobereva 发表于 2019-12-5 12:55
用(SMD)M06-2X/Def2-TZVP单点能加上(SMD)M06-2X/6-311G*的自由能热校正量可以接受

非常感谢sob老师的解答

另外，从文章里面引用质子在水中的溶剂化自由能（-265.9 kcal/mol）来支持我要计算的自由能变可靠吗？其他物质的自由能用上述的计算级别。
此外，氯离子（Cl-）在水中的溶剂化自由能也要用显式+隐式模型计算，或者说有现成的准确值

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-5 17:33

Razn 发表于 2019-12-5 17:17
非常感谢sob老师的解答
另外，从文章里面引用质子在水中的溶剂化自由能（-265.9 kcal/mol） ...

其它的自己算，质子的用现成的数值
Cl-的溶解自由能有没有别人算过可以搜搜，有靠谱的话就没必要自己算

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