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标题: QM/MM模型计算激发态优化内存不足 [打印本页]

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Author: 吕安琪 时间: 2020-1-5 20:24
标题: QM/MM模型计算激发态优化内存不足
本帖最后由吕安琪于 2020-1-6 16:00 编辑

各位老师好：
我在用QM/MM模型计算激发态优化时，出现如下报错信息，请问应该如何解决（输入文件见附件）

(, 下载次数 Times of downloads: 32)

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Author: 让你变成回忆 时间: 2020-1-5 22:01
按照我的经验，优化部分应该不怎么吃内存，算freq部分比较吃内存。之前做过测试，用ONIOM opt+freq的话应该算不了太大的体系。

作者
Author: 吕安琪 时间: 2020-1-5 23:36

让你变成回忆发表于 2020-1-5 22:01
按照我的经验，优化部分应该不怎么吃内存，算freq部分比较吃内存。之前做过测试，用ONIOM opt+freq的话应 ...

我做的就是s1优化没有频率所以感觉很奇怪不知道为什么内存不足

作者
Author: 小范范1989 时间: 2020-1-6 12:54

吕安琪发表于 2020-1-5 23:36
我做的就是s1优化没有频率所以感觉很奇怪不知道为什么内存不足

可能和机器有关吧，可能跑到相对较老的机器上了，或者是该节点其他人的计算任务，吃了很大内存。
个人理解哈

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-6 13:09
想得到具体确切的回答就把关键词贴上，输入文件能上传就上传

直接报错原因屏幕上写明了，%mem不够

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Author: 让你变成回忆 时间: 2020-1-6 15:39

小范范1989 发表于 2020-1-6 12:54
可能和机器有关吧，可能跑到相对较老的机器上了，或者是该节点其他人的计算任务，吃了很大内存。
个人理 ...

嗯，我做过半径为40A的cluster（大概MM部分的分子有400个）的opt，即时是激发态的opt，也是没有任何问题的。

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Author: 吕安琪 时间: 2020-1-6 16:00

sobereva 发表于 2020-1-6 13:09
想得到具体确切的回答就把关键词贴上，输入文件能上传就上传

直接报错原因屏幕上写明了，%mem不够

谢谢老师输入文件已上传

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Author: 小范范1989 时间: 2020-1-6 16:21
楼主好，我看了这个分子一下。我知道楼主也做RTP，这个jacs分子，我已经做完了。当然可能和楼主方法不一样。我只是说一下哈

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Author: 小范范1989 时间: 2020-1-6 16:22

让你变成回忆发表于 2020-1-6 15:39
嗯，我做过半径为40A的cluster（大概MM部分的分子有400个）的opt，即时是激发态的opt，也是没有任何问题 ...

老兄，发现一个问题，这个分子，我已经做完了。当然可能和楼主方法不一样，研究的侧重点不一样。

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2020-1-7 08:14

小范范1989 发表于 2020-1-6 16:22
老兄，发现一个问题，这个分子，我已经做完了。当然可能和楼主方法不一样，研究的侧重点不一样。

厉害了老铁

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2020-1-7 10:22
仔细看了一下输入文件，感觉oniom都快被玩坏了。
输入文件中既没有指定原子电荷，也没有让程序自动算QEq电荷，导致低层原子和高层原子间根本都没有静电作用（详见http://bbs.keinsci.com/thread-13869-1-1.html）。
其实关于ONIOM来做所谓的QMMM研究，存在的问题是很多的。比如楼主所研究的RTP，并不是说“分子的振动被限制可以很好的限制无辐射“这个科学问题通过ONIOM可以很好地反映，而是ONIOM本身研究这种问题就会出现这种情况，分子间的范德华相互作用就会抑制住分子的振动，不仅仅是RTP，这种情况是很普遍的，当然也有特例。

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Author: zj123_45 时间: 2020-10-18 12:45
楼主你好，我也是出现了这个报错，不过我是opt+freq计算时出现的，分开算可以正常结束，但是我不知道分开计算的方法是否正确，opt+td（triplet）结束后用结果文件做的freq没有td。不知道你是怎样解决这个报错的呢，谢谢！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-18 14:36

zj123_45 发表于 2020-10-18 12:45
楼主你好，我也是出现了这个报错，不过我是opt+freq计算时出现的，分开算可以正常结束，但是我不知道分开计 ...

你这个计算等于是做了激发态结构优化，然后在优化的结构上做了基态的freq。
如果要做激发态freq，freq的输入文件必须也写td。
如果激发态freq内存不够，也没办法用其他方法的话，可以改为计算数值频率，计算时间会长很多，但是内存绝对够用。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-18 14:38

zj123_45 发表于 2020-10-18 12:45
楼主你好，我也是出现了这个报错，不过我是opt+freq计算时出现的，分开算可以正常结束，但是我不知道分开计 ...

另外，假如你优化的是T1，那么可以直接用UKS做opt freq，不一定要用TDDFT。如果UKS对于你的体系定性正确但定量不准，那么单点能改用TDDFT就行了

作者
Author: zj123_45 时间: 2020-10-18 15:09

wzkchem5 发表于 2020-10-18 14:38
另外，假如你优化的是T1，那么可以直接用UKS做opt freq，不一定要用TDDFT。如果UKS对于你的体系定性正确 ...

好的，我明白了，谢谢您！

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