请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 349|回复: 9

[Gaussian/gview] 用oniom算分子的三线态能级比单分子算的三线态能级高,该如何处理

[复制链接]

10

帖子

0

威望

109

eV
积分
119

Level 2 能力者

发表于 2019-7-11 10:10:35 | 显示全部楼层 |阅读模式
老师,您好!我最近用oniom的方法模拟QM/MM计算时,用0 3优化算出来的三线态能级比单分子计算的三线态能级要高,所有的输出文件都显示整成结束
这种现象正常吗?为什么会高呢?
主要是我想要的结果是oniom算的三线态能级比单分子的三线态能级明显的低,这样的话我应该怎么做呢?


(gif文件和log文件已上传)

gas.7z

292.68 KB, 下载次数: 6

单分子

oniom.7z

854.83 KB, 下载次数: 11

353

帖子

2

威望

1865

eV
积分
2258

Level 5 (御坂)

发表于 2019-7-11 10:47:15 | 显示全部楼层
0 3 不行就试试TD(triplet)。
ONIOM考虑了“固态环境”,所以能级有所降低吗?

10

帖子

0

威望

109

eV
积分
119

Level 2 能力者

 楼主| 发表于 2019-7-11 10:58:26 | 显示全部楼层
本帖最后由 狄拉克自带buff 于 2019-7-11 11:03 编辑
让你变成回忆 发表于 2019-7-11 10:47
0 3 不行就试试TD(triplet)。
ONIOM考虑了“固态环境”,所以能级有所降低吗?

谢谢您的回复
我试了td的方法,ONIOM算的比单分子低0.0001,不是很明显,然后才用0 3的方法计算的三线态,发现oniom下的反尔的偏高了,但是我们想要的结果是oniom算的三线态能级比单分子的高得稍微明显一点,不知道改变基组泛函可以吗?还是我的输入文件本来就有问题?

353

帖子

2

威望

1865

eV
积分
2258

Level 5 (御坂)

发表于 2019-7-11 13:36:25 | 显示全部楼层
狄拉克自带buff 发表于 2019-7-11 10:58
谢谢您的回复
我试了td的方法,ONIOM算的比单分子低0.0001,不是很明显,然后才用0 3的方法计算的三线态 ...

讲道理,ONIOM考虑环境(至少考虑了静电项)以后,结果不是应该更低吗?

10

帖子

0

威望

109

eV
积分
119

Level 2 能力者

 楼主| 发表于 2019-7-11 15:23:15 | 显示全部楼层
让你变成回忆 发表于 2019-7-11 13:36
讲道理,ONIOM考虑环境(至少考虑了静电项)以后,结果不是应该更低吗?

对啊!就是更低,可是我算出来偏高。又找不出问题,对不起,上面的回复写错了,我们想要的结果是oniom算的三线态能级比单分子的低得稍微明显一点

2万

帖子

25

威望

2万

eV
积分
45687

管理员

公社社长

发表于 2019-7-12 05:53:02 | 显示全部楼层
应当说明具体是从哪个文件的哪部分输出信息中读取的能量进行的对比,否则可能造成别人误解

另外你在计算时既没设原子电荷,又没让程序自动算QEq电荷,低层原子和高层原子间根本都没有静电作用
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社QQ群,1号:18616395,2号:466017436。达5000人,专门交流理论、计算化学。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

10

帖子

0

威望

109

eV
积分
119

Level 2 能力者

 楼主| 发表于 2019-7-12 11:02:32 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-7-12 05:53
应当说明具体是从哪个文件的哪部分输出信息中读取的能量进行的对比,否则可能造成别人误解

另外你在计算 ...

谢谢老师!

我刚刚翻了一下高斯手册:
部分原子(点)电荷用于计算静电相互作用。 Gaussian 用 QEq 方法自动分配这些电荷[Rappe91]。要使用这一方法,可以为 MM 关键词指定 QEq 选项:例如 Dreiding=QEq。注意,这些电荷依赖于结构,在计算的一开始就进行计算;但是在结构优化和其它结构改变的过程中,不对电荷进行更新。

老师,那么输入文件是不是应该写成# opt oniom(b3lyp/6-31g(d):uff) Dreiding=QEq geom=connectivity

2万

帖子

25

威望

2万

eV
积分
45687

管理员

公社社长

发表于 2019-7-12 12:52:21 | 显示全部楼层
狄拉克自带buff 发表于 2019-7-12 11:02
谢谢老师!

我刚刚翻了一下高斯手册:

# opt oniom(b3lyp/6-31g(d):uff=QEq) geom=connectivity

QEq对静电作用描述很烂,这点在《原子电荷计算方法的对比》(http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml)里面已经充分体现了。对于你当前情况,相对较好的做法是计算拟合静电势电荷,比如用Multiwfn计算CHELPG/MK电荷,然后按此文设定
帮助设定Gaussian输入文件中优化flag和MM电荷的小工具
http://sobereva.com/332http://bbs.keinsci.com/thread-3464-1-1.html

评分

参与人数 1eV +3 收起 理由
狄拉克自带buff + 3 非常感谢

查看全部评分

北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社QQ群,1号:18616395,2号:466017436。达5000人,专门交流理论、计算化学。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

199

帖子

0

威望

1600

eV
积分
1799

Level 5 (御坂)

发表于 2019-7-12 16:57:25 | 显示全部楼层
给你推荐几篇文章,了解一下光谱移动的原因
10.1021/acs.chemmater.6b04210
10.1039/c3cp54910k
10.1021/acs.jpcc.9b04217

10

帖子

0

威望

109

eV
积分
119

Level 2 能力者

 楼主| 发表于 2019-7-13 15:53:33 | 显示全部楼层
柒月小鱼 发表于 2019-7-12 16:57
给你推荐几篇文章,了解一下光谱移动的原因
10.1021/acs.chemmater.6b04210
10.1039/c3cp54910k

好的,感谢💗
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2019-9-16 09:03 , Processed in 0.172028 second(s), 28 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表