计算化学公社

标题: 求助如何使用Truhlar或Grimme的方法对低频的进行校正 [打印本页]

作者
Author: pleasant1789 时间: 2020-2-4 17:58
标题: 求助如何使用Truhlar或Grimme的方法对低频的进行校正
我最近有一篇论文的审稿意见里有一条是要求使用Truhlar或者Grimme的方法对低频进行校正。

我查了一下，这两种做法大概是这样，Truhlar近似是基于将所有低于截止值的频率设置为该截止值（比如将100 cm-1以下的频率都设定为100 cm-1）。
Grimme近似是对较低频率使用刚性转子近似（rigid rotor approximation ），而对其余频率则使用armonic近似。

不知道是有方法可以实现Truhlar或者Grimme的校正方法？望不吝赐教。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-5 05:44
Truhlar的做法原理明显不如Grimme的理想，但是从实际角度来说也没大问题

用Shermo可以实现，见程序主页http://sobereva.com/soft/shermo和介绍文章：
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

作者
Author: cmso 时间: 2021-1-23 16:10
有一个相关问题，我在优化/计算频率(B3PW91D3(BJ)/6-31G*)和单点能(B3PW91D3(BJ)/def2TZVP)都是在溶剂模型(SMD,THF)下进行过渡金属催化机理研究。请问这一情况，校正后的自由能是否可用？应该如何处理？低频振动校正在什么情况下才是必需？谢谢！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-1-23 18:16

cmso 发表于 2021-1-23 16:10
有一个相关问题，我在优化/计算频率(B3PW91D3(BJ)/6-31G*)和单点能(B3PW91D3(BJ)/def2TZVP)都是在溶剂模型( ...

自由能可用，但内能、焓和熵等原则上不可用。
这个问题与低频校正无关，即使不做低频校正也存在这个问题，原因是溶剂化自由能不能按G=H-TS拆成焓和熵的贡献，一般量化程序把这个自由能直接加到电子能上面，得到的结果虽然程序也称之为能量，但实际上既不是能量，也不是自由能，是一个不伦不类的东西。但是如果把Gibbs自由能校正加上，得到的总数确实是溶剂中的总自由能，所以自由能仍然是可用的。

作者
Author: cmso 时间: 2021-1-24 00:32
明白了，谢谢！

作者
Author: davi 时间: 2023-4-22 10:59
刚性转子近似就是自由转子吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-4-22 14:51

davi 发表于 2023-4-22 03:59
刚性转子近似就是自由转子吗

刚性和自由是两码事，刚性转子指的是分子在旋转过程中形状不变化（尤其是不因为旋转的离心力而膨胀），自由转子指的是分子在旋转过程中不被临近的分子和基团阻挡

作者
Author: davi 时间: 2023-4-22 15:02

wzkchem5 发表于 2023-4-22 14:51
刚性和自由是两码事，刚性转子指的是分子在旋转过程中形状不变化（尤其是不因为旋转的离心力而膨胀），自 ...

老师，我不知道我的理解对不对。刚性、受阻、自由转子是针对分子转动提出来的，谐振子和非谐振子是针对分子内原子的振动而提出来的

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-4-22 15:17

davi 发表于 2023-4-22 08:02
老师，我不知道我的理解对不对。刚性、受阻、自由转子是针对分子转动提出来的，谐振子和非谐振子是针对分 ...

不是的，分子内振动也有受阻/自由的概念。例如乙烷的二面角旋转，原则上属于一种振动而非转动，因为重叠构象能量高于交叉构象，所以旋转受到一定阻碍，但阻碍不多，所以可以把甲基处理成受阻转子。但是一般而言，分子内振动不会是完全自由的，只有受阻多和受阻少的区别。

作者
Author: davi 时间: 2023-4-22 15:29

wzkchem5 发表于 2023-4-22 15:17
不是的，分子内振动也有受阻/自由的概念。例如乙烷的二面角旋转，原则上属于一种振动而非转动，因为重叠 ...

那老师，非谐振具体是什么呢？我在网上了解到一些校正，比如频率因子校正、准刚性简谐校正、柔性扫描受阻转子校正、Gaussian内置受阻转子校正，构象校正方法，能否具体讲一讲呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-4-22 16:01

davi 发表于 2023-4-22 08:29
那老师，非谐振具体是什么呢？我在网上了解到一些校正，比如频率因子校正、准刚性简谐校正、柔性扫描受阻 ...

仔细看以下几篇文章，以及这几篇文章引用的文献
doi: 10.1063/1.1824881
doi: 10.1039/d1sc00621e
doi: 10.1063/1.473664
http://sobereva.com/221

作者
Author: davi 时间: 2023-4-22 16:03

wzkchem5 发表于 2023-4-22 16:01
仔细看以下几篇文章，以及这几篇文章引用的文献
doi: 10.1063/1.1824881
doi: 10.1039/d1sc00621e

感谢老师

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