azero 发表于 2020-4-1 19:36
请问怎么更改VMD可视化氢键判断默认设定,每次都得重新设角度和距离,烦心
wanlichuan 发表于 2020-4-1 18:10
用GMX跑完动力学并用trjconv修正完轨迹后,经常会出现一些分子的绝大部分原子都在盒子外边(分子是完整的) ...
Frank 发表于 2021-4-15 14:41
社长,请问能不能解释下{1 2 3 4 7} 0 0 0 中 0 的个数表示什么?
sobereva 发表于 2021-4-16 09:18
setbonds后面跟着每个原子的成键列表。当前说明1、2、3号原子都与第0号原子成键
Frank 发表于 2021-4-16 14:31
不好意思还是有点不明白,您说“第0号原子与1、2、3、4、7成键” 但是列表是{1 2 3 4 7} 0 0 0,这个不应 ...
wenhzh 发表于 2022-3-21 10:47
想问问sob老师,通过DynamicBonds方法得到的成键能否通过getbonds输出出来(我直接通过DynamicBonds显示成 ...
sobereva 发表于 2022-3-21 13:34
不影响内部连接关系,只影响显示
如果体系不是特大的话,可以在gview里显示,在gview 6中可以自定义不 ...
Turylc 发表于 2022-3-23 16:29
请问VMD可以将分子的 C 和 H 原子改成球棍,重点研究的金属原子放大显示吗?
就是说有选择的改变原子半 ...
KCM@SHU 发表于 2022-10-8 23:19
老师我想问一下我在绘制铁离子和六个水配位的静电势的时候,我不想显示铁离子和水的配位键就想把他消掉,但 ...
sobereva 发表于 2022-10-10 15:51
看清楚Graphics - Representation里有哪些rep,分别对应显示什么部分。你应当把CPK的那个rep改成dynamicb ...
Frank 发表于 2022-10-17 15:54
社长,请教个问题,如果是VMD可视化电化学界面PBC体系(XY有PBC,Z没有PBC),应该如何使用wrap命令?此外, ...
Gzh_NJ 发表于 2023-8-28 15:29
卢老师好,请教下VMD中观察轨迹时候具体的成键阈值是从哪里可以看到?还是需要按照1.6倍手动计算,这是我在 ...
sobereva 发表于 2023-8-28 15:49
每个原子都有radius属性(范德华半径,大多来自Bondi范德华半径,但有些来路不明),原子间距离小于radiu ...
Gzh_NJ 发表于 2023-8-28 19:06
谢谢卢老师,请教下老师VMD中内置的半径数值从哪可以查看?然后准备写到文章SI中作为判断成键断键的标准 ...
Gzh_NJ 发表于 2023-8-28 19:06
谢谢卢老师,请教下老师VMD中内置的半径数值从哪可以查看?然后准备写到文章SI中作为判断成键断键的标准 ...
sobereva 发表于 2023-8-28 19:58
看源代码,或者载入个体系,然后查询原子的radius属性
hanlu 发表于 2023-11-9 17:21
老师,我用的这个命令 ,gmx trjconv -f md.xtc -o md1.xtc -pbc mol -s md.tpr ,没有生成新的md1.gro,不 ...
sobereva 发表于 2023-11-9 17:32
本来就不生成md1.gro,你-o指定的明明是.xtc
hanlu 发表于 2023-11-9 20:25
哦哦,我看错了老师,谢谢老师,那老师我这个命令合适么?
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