计算化学公社

标题: 关于MP2优化过渡态时的报错问题 [打印本页]
作者
Author: 小李子赛    时间: 2020-3-24 21:45
标题: 关于MP2优化过渡态时的报错问题
我在优化过渡态时，总是出现这个错误，输入文件和输出文件上传了，请各位老师、同学帮忙看一下，非常感谢



MO basis two electron integral derivatives will not be stored on disk.
IAlg= 3 DoFC=T DoPWx=T Debug=F.
Frozen-core window:  NFC=  15 NFV=   0.
Reordered first order wavefunction length =    248162202
In DefCFB: NBatch=  1 ICI= 39 ICA=168 LFMax= 28
            Large arrays: LIAPS=           0 LIARS=  1544332608 words.
In StABat: MaxSiz= 69 MinSiz= 55 NAtomB=  4
DoIAMN: NPSUse=  1.
Illegal file or unit passed to FileIO.
FileIO: IOper= 1 IFilNo(1)=     0 Len=     4327680 IPos=           0 Q=        718463448


dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =   101 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =  1869599232 FType=2 FMxFil=10000

Number           0          0          0          0          0          0          0         22
Base      70239004     680960    5110272    3744256   68704256     426496 1869061120    5289984
End       70239232     809984    5202944    3830272   68959744     444416 1869599232   15560985
End1      70239232     809984    5202944    3830272   68959744     444416 1869599232   15561216
Wr Pntr   70239004     680960    5110272    3744256   67195904     426496   70239004    5289984
Rd Pntr   70239004     680960    5110272    3744256   67195904     426496   70239004   15560985
Length         228     129024      92672      86016     255488      17920     538112   10271001

Number          23         24        501        502        503        507        508        511
Base      15561216   57140224      23552      41472      96256      97280     118272     100864
End       57140208   67001908      24552      43834      96271      97319     118287     100910
End1      57140224   67002368      24576      44032      96768      97792     118784     101376
Wr Pntr   57140208   57140224      23552      41472      96256      97280     118272     100864
Rd Pntr   57140208   67001908      23552      41472      96256      97280     118272     100864
Length    41578992    9861684       1000       2362         15         39         15         46

Number         512        514        515        516        517        518        520        521
Base        114176     271872     186368     122368     399872     335872     120832     112128
End         114287     293193     271652     186331     400696     399835     120837     112163
End1        114688     293376     271872     186368     400896     399872     121344     112640
Wr Pntr     114176     271872     186368     122368     399872     335872     120832     112128
Rd Pntr     114176     271872     186368     122368     399872     335872     120832     112128
Length         111      21321      85284      63963        824      63963          5         35

Number         522        523        524        526        528        530        532        534
Base        401408     400896     444928     487424     529920     551424     573952     401920
End         401820     401308     487364     529860     551241     572745     595273     423241
End1        401920     401408     487424     529920     551424     572928     595456     423424
Wr Pntr     401408     400896     444928     487424     529920     551424     573952     401920
Rd Pntr     401820     400896     487364     529860     529920     551424     573952     401920
Length         412        412      42436      42436      21321      21321      21321      21321

Number         536        538        540        545        547        548        549        551
Base        637952     659456     595456     423936     424960     831488     916480     111104
End         659273     680777     637892     423950     425372     916360     958916     111129
End1        659456     680960     637952     424448     425472     916480     958976     111616
Wr Pntr     637952     659456     595456     423936     424960     831488     916480     111104
Rd Pntr     637952     659456     595456     423950     424960     831488     916480     111104
Length       21321      21321      42436         14        412      84872      42436         25

Number         552        559        562        563        564        565        569        571
Base        110080     115200     104448     572928     573440     117760     423424     809984
End         110096     115201     109923     573031     573543     117792     423425     831305
End1        110592     115712     110080     573440     573952     118272     423936     831488
Wr Pntr     110080     115200     104448     572928     573440     117760     423424     809984
Rd Pntr     110080     115200     104448     572928     573440     117760     423424     809984
Length          16          1       5475        103        103         32          1      21321

Number         575        577        579        580        581        582        583        584
Base         98304     116736     110592     114688     117248     116224     115712     118784
End         100524     116762     110594     114913     117383     116533     115715     118808
End1        100864     117248     111104     115200     117760     116736     116224     119296
Wr Pntr      98304     116736     110592     114688     117248     116224     115712     118784
Rd Pntr      98304     116736     110592     114688     117248     116224     115712     118784
Length        2220         26          2        225        135        309          3         24

Number         585        588        589        590        591        592        593        594
Base        425984    2591744    2655744    3104256   67002368   68959744   69599374    3830272
End         426062    2655707    3104094    3743886   67195823   69599374   70239004    4469902
End1        426496    2655744    3104256    3744256   67195904   69599374   70239004    4470272
Wr Pntr     425984    2591744    2655744    3104256   67002368   68959744   69599374    3830272
Rd Pntr     425984    2591744    2655744    3104256   67002368   68959744   69599374    4469902
Length          78      63963     448350     639630     193455     639630     639630     639630

Number         596        598        603        605        606        607        619        631
Base       4470272      44032     121344     121856     444416     424448     119296    2387968
End        5109902      44034     121345     121857     444622     424654     119925    2531918
End1       5110272      44544     121856     122368     444928     424960     120320    2532352
Wr Pntr    4470272      44032     121344     121856     444416     424448     119296    2387968
Rd Pntr    5109902      44032     121344     121856     444416     424448     119296    2387968
Length      639630          2          1          1        206        206        629     143950

Number         634        651        656        657        658        665        670        674
Base       5202944   72011776    2532352   70239232     958976      96768     112640      97792
End        5289590   73284856    2591430   72011572    2387840      96822     113885      97836
End1       5289984   73285120    2591744   72011776    2387968      97280     114176      98304
Wr Pntr    5202944   73284856    2532352   70239232     958976      96768     112640      97792
Rd Pntr    5202944   72011776    2532352   70239232     958976      96768     113885      97792
Length       86646    1273080      59078    1772340    1428864         54       1245         44

Number         685        694        695        698        701        989        991        992
Base        293376     425472     120320     111616     101376      24576      37888      37376
End         335812     425884     120472     111640     103981      37076      41169      37381
End1        335872     425984     120832     112128     104448      37376      41472      37888
Wr Pntr     293376     425472     120320     111616     101376      24576      37888      37376
Rd Pntr     293376     425472     120320     111616     101376      24576      41169      37381
Length       42436        412        152         24       2605      12500       3281          5

Number         993        994        995        996        997        998        999       9994
Base         23040      20480      22528      21504      22016      20992      44544  324728320
End          23140      20510      22538      21604      22125      21192      95796 1869060928
End1         23552      20992      23040      22016      22528      21504      96256 1869061120
Wr Pntr      23040      20480      22528      21504      22016      20992      44544 1143070297
Rd Pntr      23140      20510      22538      21604      22121      21192      45796  361778480
Length         100         30         10        100        109        200      51252 1544332608

Number        9995       9996       9997       9998       9999
Base     323219968  322333696  321447424   73285120   67195904
End      324727888  323219866  322333594  321447322   68703824
End1     324728320  323219968  322333696  321447424   68704256
Wr Pntr  324727888  323219866  322333594  321447322   68703824
Rd Pntr  324113008  322333696  321447424   73285120   68703824
Length     1507920     886170     886170  248162202    1507920


dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =     7 SizExt =         0 WInBlk =       512
                   defal = F LstWrd =      152064 FType=2 FMxFil=10000

Number           0        508        522        536        538        634        998
Base        150395      20480      20695     107753     129074      21107      20495
End         152064      20495      21107     129074     150395     107753      20695
End1        152064      20495      21107     129074     150395     107753      20695
Wr Pntr     150395      20480      20695     107753     129074      21107      20495
Rd Pntr     150395      20480      20695     107753     129074      21107      20495
Length        1669         15        412      21321      21321      86646        200


dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =       67072 FType=2 FMxFil=10000

Number           0
Base         20480
End          67072
End1         67072
Wr Pntr      20480
Rd Pntr      20480
Length       46592
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.

作者
Author: sobereva    时间: 2020-3-25 15:00
MP2的导数、振动分析对内存和硬盘的消耗都非常大，只拿个windows版Gaussian就跑这个，出现这种问题并不奇怪。

另外，对这个体系用MP2做优化完全是费力不讨好。精度甚至还不如便宜得多的多的普通泛函，而耗时和资源消耗量却和精度好的多得多的双杂化泛函基本持平。该用什么看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）

对当前计算加弥散函数也毫无意义，纯粹白浪费时间，仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

另外注意看
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387（http://bbs.keinsci.com/thread-6600-1-1.html）

即便要求准确的优化和振动分析结果，用B2PLYP-D3(BJ)/def2-TZVP也绝对绰绰有余了，不仅远比你当前用的级别便宜，而且精度还好得多，还省得写混合基组的麻烦。如果这还算不动，基组降低到def-TZVP。
作者
Author: 小李子赛    时间: 2020-3-26 18:10
谢谢老师的指点。
作者
Author: 小李子赛    时间: 2020-3-28 12:22
sobereva 发表于 2020-3-25 15:00
MP2的导数、振动分析对内存和硬盘的消耗都非常大，只拿个windows版Gaussian就跑这个，出现这种问题并不奇怪 ...

老师，我按照您给的方法基组进行计算时，发现总是报语法错误，这个问题很幼稚，但是我试了一天实在是找不出来哪里写错了，希望老师帮我看看。
%chk=TS31-30.chk
%mem=1200mb
#p B2PLYP-D3(BJ)/def2-TZVP opt=(ts,calcfc,noeigen) freq

Title Card Required


Gaussian 09:  IA32W-G09RevB.01 12-Aug-2010
                28-Mar-2020
******************************************
%chk=TS31-30.chk
%mem=1200mb
-------------------------------------------------------
#p B2PLYP-D3(BJ)/def2-TZVP opt=(ts,calcfc,noeigen) freq
-------------------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
#p B2PLYP-D3(BJ)/def2-TZVP opt=(ts,calcf
    '
Last state="GCL"
TCursr= 1177 LCursr=    3
Error termination via Lnk1e in d:\learning\gaussian09\l1.exe at Sat Mar 28 11:56:26 2020.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      1 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
作者
Author: snljty    时间: 2020-3-28 12:31
本帖最后由 snljty 于 2020-3-28 12:33 编辑
小李子赛 发表于 2020-3-28 12:22
老师，我按照您给的方法基组进行计算时，发现总是报语法错误，这个问题很幼稚，但是我试了一天实在是找不 ...

看看手册，色散校正显然不是这么用的，至少在G16中带了BJ阻尼D3的B2PLYP关键词就叫B2PLYPD3。对于普通泛函比如B3LYP，加色散校正的写法是额外写EmpiricalDiepersion=GD3BJ
def2系列基组Gaussian里也不这么写，def2-TZVP写作def2TZVP。这种关键词的问题试来试去之前可以先看看手册。

作者
Author: 小李子赛    时间: 2020-3-28 17:44
嗯嗯，谢谢老师。
作者
Author: 小李子赛    时间: 2020-4-15 12:45
sobereva 发表于 2020-3-25 15:00
MP2的导数、振动分析对内存和硬盘的消耗都非常大，只拿个windows版Gaussian就跑这个，出现这种问题并不奇怪 ...

老师，由于高斯版本为03，不支持双杂化泛函，我看了您的博文，对于我的体系我用M06-2X，B3LYP这两种计算方法可以吗？我讨论的是稀有气体原子与其他原子的成键方式。
作者
Author: hebrewsnabla    时间: 2020-4-15 12:52
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2020-4-15 13:58 编辑
小李子赛 发表于 2020-4-15 12:45
老师，由于高斯版本为03，不支持双杂化泛函，我看了您的博文，对于我的体系我用M06-2X，B3LYP这两种计算 ...

你上面输出文件明明显示的是G09B01，怎么又变成03了？
G09B是有B2PLYP的。

G09B不支持D3，但是D2还是可以的，比如B2PLYP加D2写作B2PLYPD
作者
Author: 小李子赛    时间: 2020-4-15 14:19
hebrewsnabla 发表于 2020-4-15 12:52
你上面输出文件明明显示的是G09B01，怎么又变成03了？
G09B是有B2PLYP的。

上面用的是我电脑算的，电脑上装的是09版本的软件，我们实验室的服务器是03，因为体系比较大，用电脑算比较费劲，平时基本都用实验室的服务器。
作者
Author: hebrewsnabla    时间: 2020-4-15 14:52
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2020-4-15 15:04 编辑
小李子赛 发表于 2020-4-15 14:19
上面用的是我电脑算的，电脑上装的是09版本的软件，我们实验室的服务器是03，因为体系比较大，用电脑算比 ...

G03不支持任何形式的DFT-D, 也没有M06-2X，比较难办。
为什么不装个G09或者G16呢（实在不行ORCA也好啊）

作者
Author: sobereva    时间: 2020-4-16 13:26
小李子赛 发表于 2020-4-15 12:45
老师，由于高斯版本为03，不支持双杂化泛函，我看了您的博文，对于我的体系我用M06-2X，B3LYP这两种计算 ...

显然不能用B3LYP，仔细看这些了解基本常识
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

虽然G03的后期版本有M05-2X、B97D基本可以用来算弱相互作用，但可能被一些审稿人嫌弃。如果没有G09、G16版权，建议用ORCA。非要用G03就用我说的那两个（注意对于M05-2X需要至少加上int=ultrafine）
作者
Author: 小李子赛    时间: 2020-4-19 11:34
sobereva 发表于 2020-3-25 15:00
MP2的导数、振动分析对内存和硬盘的消耗都非常大，只拿个windows版Gaussian就跑这个，出现这种问题并不奇怪 ...

sob 老师对于我现在这个体系计算势能面，以及CDA时，用def2-tzvp 够用吗（其中有比较大的原子54号，或者86号原子）
作者
Author: sobereva    时间: 2020-4-19 20:45
小李子赛 发表于 2020-4-19 11:34
sob 老师对于我现在这个体系计算势能面，以及CDA时，用def2-tzvp 够用吗（其中有比较大的原子54号，或者8 ...

够
作者
Author: 小李子赛    时间: 2020-4-19 21:09
sobereva 发表于 2020-4-19 20:45
够

谢谢老师



欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3