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标题: WSL打开VMD，Chimera，QtGrace，Typora [打印本页]
作者
Author: 0ut0fcontrol    时间: 2020-4-3 12:12
标题: WSL打开VMD，Chimera，QtGrace，Typora
本帖最后由 0ut0fcontrol 于 2020-4-5 21:05 编辑

潜水很久了，发个帖子和大家交流一下。
这个帖子不知道发哪个主题，就选灌水吧。
2020-04-04编辑： 谢谢sobereva把帖子移到适当的主题“计算机使用与Linux交流”。

疫情原因，在家科研，尝试在windows便携本中创建类似实验室的linux工作环境。
无意间发现WSL可以直接调用windows应用，一下子打开了新世界！

WSL原生linux体验+Windows原生GUI体验，结合vscode写脚本，完美。
原则上只要win版软件支持接收命令行参数就可以使用。

2020-04-04补充：WSL中可以使用 `explorer.exe  .` 调用windows文件管理器打开任意目录。

WSL除了不能调用GPU之外，纯CPU效率还是很高的，WSL中装gaussian_linux效率就很高，比gaussian_win和VMware+linux+gaussian都高，详见http://bbs.keinsci.com/thread-16405-1-1.html  

WSL文件系统稍慢，等WSL2出来可以试试文件系统更快的WSL2（不过听说WSL2和虚拟机冲突，希望到时候后能解决）。

关于安装WSL，bilibili上有对应视频:
【CS】WSL+Chimera+VSCode
磨刀不费砍柴功，宅家科研两不误。
如何在win10下配置良好的工作环境呢？
金才师兄小课堂为你答疑解惑~ huanglab第一次投稿试水，请观众姥爷们多多素质三连，谢谢！
https://www.bilibili.com/video/BV1P5411r76n/

以下是我测试可用的软件和设置PATH示例，把PATH修改放到 ~/.profile 或 ~/.bashrc 都可以.

如果大家有测试其他软件可用，欢迎回帖告知，比如 GaussView（我暂时用不上，所以没测）。

1. VMD
看轨迹文件丝般顺滑。

2020-04-05添加Daniel_Arndt提醒：由于VMD只提供Win32版，支持最大轨迹文件为2G，如需查看超大轨迹文件，建议使用VMD_linux64, 详见Daniel_Arndt回复。
  1. # In WSL
  2. export PATH=$PATH:'/mnt/c/Program Files (x86)/University of Illinois/VMD'
  3. vmd.exe 3lfm.pdb
复制代码
2. UCSF Chimera
非常适合蛋白配体相互作用的可视化，默认展示形式就很好。和pymol是竞品，chimera学术免费。pymol学术版也是收费的。虽然有pymol开源免费版，但更新滞后。
其实windows的powershell可以调用Chimera，但是不支持通配符，比如chimera.exe *.pdb，而WSL可以完美支持用通配符打开多个文件。
  1. # In WSL
  2. export PATH=$PATH:'/mnt/c/Program Files/Chimera 1.14/bin'
  3. chimera.exe 3lfm.pdb
复制代码
3. QtGrace
查看gromace输出xvg文件。
  1. # In WSL
  2. cd /tmp
  3. # sudo apt install unzip
  4. # 解压qtgrace到你想放的地方
  5. unzip /mnt/c/Users/yangjc/Downloads/qtgrace_v026_Win7.zip
  6. export PATH=$PATH:/tmp/qtgrace_v026_Win7/bin
  7. chmod +x /tmp/qtgrace_v026_Win7/bin/qtgrace.exe
  8. qtgrace.exe qtgrace_v026_Win7/examples/boxplot.agr
  9. qtgrace.exe rmsd-dist.xvg
复制代码
4. Typora
markdown原位渲染，真香。
  1. export PATH=$PATH:'/mnt/c/Program Files/Typora'
  2. echo '# Test' > test.md
  3. Typora.exe test.md
复制代码

不支持markdown，有点不习惯

作者
Author: Jasminer    时间: 2020-4-3 21:20
你这是linux的壳，windows的核，和大多数人需求恰恰相反哪~
作者
Author: 0ut0fcontrol    时间: 2020-4-3 23:39
本帖最后由 0ut0fcontrol 于 2020-4-4 01:20 编辑
Jasminer 发表于 2020-4-3 21:20
你这是linux的壳，windows的核，和大多数人需求恰恰相反哪~

应该说是双核驱动~
WSL也是原生的Linux体验的，预计5月发布的win10 2004中WSL2更是包含完整的linux内核 https://www.oschina.net/news/114096/wsl2-will-be-ga-in-v2004。

WSL除了不能调用GPU之外，纯CPU整体效率还是很高的，WSL中装gaussian_linux效率就很高，比gaussian_win和VMware+linux+gaussian都高，详见 http://bbs.keinsci.com/thread-16405-1-1.html

我认为充分利用WSL跑linux CLI小任务，sed，awk，GNU parallel，python非常合适，
而需要GUI的可视化任务则使用Win版，在WSL中直接调用exe，我觉得还是比较优雅的。
大型任务则ssh连到服务器去，vscode远程开发模式则非常适合。

当然，如果机器性能够的话，我应该会上linux(host)+windows(guest)，

不过如果电脑和系统都比较新，听师弟说linux和windows的快捷键（比如win键）可能会冲突。

作者
Author: biogon    时间: 2020-4-4 13:02
WSL相对虚拟机有个好处就是可以随便访问电脑里的任意地方
作者
Author: Daniel_Arndt    时间: 2020-4-5 03:47
WSL中可以使用Linux下面的VMD。可以参考这个视频 https://www.youtube.com/watch?v=V0le5AWYras 。

简单而言就是从官网下载，解压后“./configure”、“make install”。然后安装MobaXterm。打开MobaXterm，让里面的X server运行，然后在WSL中输入“DISPLAY=:0 vmd”就行了。

但根据我的测试，偶尔VMD会崩溃。相比Win32下的VMD，这种方法的最大优势就是不再受对轨线文件2GB的限制。
作者
Author: 0ut0fcontrol    时间: 2020-4-5 20:54
biogon 发表于 2020-4-4 13:02
WSL相对虚拟机有个好处就是可以随便访问电脑里的任意地方

虽然虚拟机通过共享文件夹也可做到，但是没有WSL原生支持这么优雅。
而且WSL的互访还是双向的：
WSL可以命令行访问windows文件夹；
windows文件管理器也可以访问WSL下的文件夹。
作者
Author: 0ut0fcontrol    时间: 2020-4-5 20:59
Daniel_Arndt 发表于 2020-4-5 03:47
WSL中可以使用Linux下面的VMD。可以参考这个视频 https://www.youtube.com/watch?v=V0le5AWYras 。

简单 ...

谢谢提醒轨迹文件大小问题，已加入正文。
作者
Author: 鬼隐    时间: 2020-4-19 11:22
你都苏飞狗了，还想用自己电脑跑gaussian啊，不会直接热黑屏吗？
作者
Author: biogon    时间: 2020-4-19 13:51
0ut0fcontrol 发表于 2020-4-5 20:54
虽然虚拟机通过共享文件夹也可做到，但是没有WSL原生支持这么优雅。
而且WSL的互访还是双向的：
WSL可 ...

你这个是openSUSE？好用吗
作者
Author: zsu007    时间: 2020-4-19 14:44
谢谢分享！
作者
Author: Daniel_Arndt    时间: 2020-4-20 03:28
biogon 发表于 2020-4-19 13:51
你这个是openSUSE？好用吗

跟WSL中的Linux发行版没有关系。安装好WSL后，你在explorer里面打开任何一个路径，然后再在该路径下打开命令提示符，输入“bash”后回车就可以在当前路径下使用WSL。WSL里面的东西，也可以在explorer下访问。你可以在Windows 10上安装一个名叫“Everything”的软件，然后在WSL里面随便创建一个文件。用那个文件的文件名去Everything里面搜索，就可以找到WSL里面的文件，然后右击，在弹出菜单中选择“打开路径(O)”，就可以在explorer中查看WSL里面的文件。

之所以能够互相访问，是因为微软提供了一个叫wslpath的东西。

我试过在WSL里面用openSUSE，对于之前熟悉openSUSE的人来说，确实方便。但WSL中具体的Linux发行版跟能不能互相访问没有任何关系。
作者
Author: get-it    时间: 2021-3-12 21:43
如何才能双击.agr文件用qtgrace打开呢?
之前的电脑上可以,现在换了电脑就不行,到底咋设置的?
作者
Author: laoman    时间: 2021-3-13 03:42
在家办公，VNC搭配ssh管道，远程顺畅的打开各种图形界面不在话下...



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