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标题: 如何比较不同分子间作用力大小 [打印本页]

作者
Author: 三三33 时间: 2020-4-8 11:16
标题: 如何比较不同分子间作用力大小
老师好，目前想要计算并比较分子A分别与分子B，C，D之间的相互作用和作用的强弱。可以用DFT-D的方法：E_interaction = E_AB - E(A) - E(B) + E_BSSE，分别计算A与B，A与C，A与D间的弱相互作用能，然后进行比较，通过能量的大小来比较相互作用强弱吗？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-9 07:08
这和DFT-D根本没有任何必然关系（看《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”》http://sobereva.com/413），只要强调计算用的级别合理就够了。而且也不是必须考虑BSSE，其必要性取决于当前用的基组是否够大、是否用gCP等其它方法解决，看

可以通过结合能说明。但要必须保证AB是二聚体能量最低构型，简单情况凭直觉就能判断，复杂情况需要做构型搜索，参看
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

此外，不要轻易用“作用力”一词，见
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

作者
Author: 三三33 时间: 2020-4-16 10:28

sobereva 发表于 2020-4-9 07:08
这和DFT-D根本没有任何必然关系（看《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”》http://sobereva.com/413 ...

老师好，十分感谢您的解答。我只是想计算一个DNA分子片段和一个乙醇分子间的结合能，不是团簇。也需要用molclus做初始构象，然后用高斯对初始构象进行结构优化来计算结合能吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-16 13:33

三三33 发表于 2020-4-16 10:28
老师好，十分感谢您的解答。我只是想计算一个DNA分子片段和一个乙醇分子间的结合能，不是团簇。也需要用m ...

是
显然乙醇有很多可能结合的位置，这种情况就需要做构型搜索

作者
Author: 三三33 时间: 2020-4-16 15:59

sobereva 发表于 2020-4-16 13:33
是
显然乙醇有很多可能结合的位置，这种情况就需要做构型搜索

老师好，像我这种情况主要计算结合能，如果用genmer的话，是不是一个团簇就可以，参数设置成这样可以吗
ngen= 1
----
1
examples\DNA.xyz
1
examples\ethanol.xyz

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-16 18:30

三三33 发表于 2020-4-16 15:59
老师好，像我这种情况主要计算结合能，如果用genmer的话，是不是一个团簇就可以，参数设置成这样可以吗
...

是

作者
Author: 天道啊啊 时间: 2020-4-19 11:56

三三33 发表于 2020-4-16 15:59
老师好，像我这种情况主要计算结合能，如果用genmer的话，是不是一个团簇就可以，参数设置成这样可以吗
...

ngen= 1（随机生成1个构型)怎么够用,用molclus的思路是随机生成大量构型，然后通过量化软件计算寻找能量最低的构型。ngen= 1这个参数起码也要改成几百

作者
Author: 三三33 时间: 2020-4-21 12:30

天道啊啊发表于 2020-4-19 11:56
ngen= 1（随机生成1个构型)怎么够用,用molclus的思路是随机生成大量构型，然后通过量化软件计算寻找能量 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-22 05:34

三三33 发表于 2020-4-21 12:30
好的，谢谢老师

ngen设100，结合xtb优化，用于初筛目的足够了，之后剩<10个留给DFT进一步优化

作者
Author: 三三33 时间: 2020-4-29 15:38

sobereva 发表于 2020-4-22 05:34
ngen设100，结合xtb优化，用于初筛目的足够了，之后剩

老师我现在已经molclus调用高斯用DFT优化得到了数据，接下来有什么简便方法可以求的分子间的结合能啊

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-30 07:21

三三33 发表于 2020-4-29 15:38
老师我现在已经molclus调用高斯用DFT优化得到了数据，接下来有什么简便方法可以求的分子间的结合能啊

公社首页论坛搜结合能，一搜一大把

Gaussian有现成的关键词就可以得到：
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

ORCA里的做法参考比如
在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子
http://sobereva.com/542（http://bbs.keinsci.com/thread-16585-1-1.html）

对于氢键类型体系，还专门有其它方法比如
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）
计算分子内氢键键能的几种方法
http://sobereva.com/522（http://bbs.keinsci.com/thread-15496-1-1.html）

另外还有其它做法，诸如
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html）
使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算
http://sobereva.com/526（http://bbs.keinsci.com/thread-15902-1-1.html）

所以做法很多，看具体体系、具体目的、具体程序

作者
Author: 三三33 时间: 2020-4-30 09:15

sobereva 发表于 2020-4-30 07:21
公社首页论坛搜结合能，一搜一大把

Gaussian有现成的关键词就可以得到：

谢谢老师，感谢您

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)