计算化学公社

标题: 如何处理文献给出的构型xtb却找不到过渡态 [打印本页]

作者
Author: 绫波レイ 时间: 2020-5-8 11:19
标题: 如何处理文献给出的构型xtb却找不到过渡态
本帖最后由绫波レイ于 2020-5-11 14:25 编辑

测试文献中构型，用文献提供的b3lyp/6-31+G(d)，过渡态金属用lanl08(f)能找到过渡态，但是这个构型放到xtb里却找不到过渡态，类似的情况应该怎么处理呢
是因为xtb默认的方法和基组的原因吗，还是这个体系用xtb不太好使的缘故？

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-5-8 13:18
这很正常。dft能算得动就不需要xtb了。

作者
Author: 冰释之川 时间: 2020-5-8 15:53
本帖最后由冰释之川于 2020-5-9 08:42 编辑

xtb找过渡态？？是用GSM方法么？你可以试试与高斯联用：将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-9 02:52
本来xtb就没有找过渡态的功能，说结果之前先说清楚怎么实现的
最好的方式就是3L里提到的做法
所有细节都要交代清楚，xtb里具体用的什么理论方法你也没说，GFN0-xTB和GFN2-xTB精度差得十万八千里。
分清楚理论方法和程序，不要把xtb和GFN-xTB理论划等号。
你问的问题和Gaussian一点关系都没有，为什么要选Gaussian/gview分类？已经给你改了，以后注意。

作者
Author: 绫波レイ 时间: 2020-5-11 14:22

sobereva 发表于 2020-5-9 02:52
本来xtb就没有找过渡态的功能，说结果之前先说清楚怎么实现的
最好的方式就是3L里提到的做法
所有细节都 ...

在xtb.sh里添加--gfn 2使用GFN2-xTB理论找过渡态，还是没找到过渡态，难道必须用文献的方法和基组才能找到吗？

作者
Author: 绫波レイ 时间: 2020-5-11 14:26

sobereva 发表于 2020-5-9 02:52
本来xtb就没有找过渡态的功能，说结果之前先说清楚怎么实现的
最好的方式就是3L里提到的做法
所有细节都 ...

感谢卢老师的回复，输入文件已放在1#描述中，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-11 14:42
这个体系这么小，本来也没必要用xtb
如果怀疑GFN-xTB描述过渡态的能力，用你之前在DFT下找到的过渡态结构当初始结构再试。如果优化过程中逐渐结构跑走了，说明GFN2-xTB不适合描述当前体系的这种过渡态

作者
Author: 绫波レイ 时间: 2020-5-11 15:04

sobereva 发表于 2020-5-11 14:42
这个体系这么小，本来也没必要用xtb
如果怀疑GFN-xTB描述过渡态的能力，用你之前在DFT下找到的过渡态结构 ...

xtb至少得体系50原子以上才有用武之地吗？使用DFT找到的过渡态优化确实结构逐渐跑远了；

另外想请问DCE溶剂模型下优化结构来计算溶质的自由能，在一个脱水反应中过渡态和产物相差80kcal/mol，这是不是说明猜的这个反应错了，因为能量差太大了？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-11 15:08

绫波レイ发表于 2020-5-11 15:04
xtb至少得体系50原子以上才有用武之地吗？使用DFT找到的过渡态优化确实结构逐渐跑远了；

另外想请问DC ...

作为预优化用，小体系也可以用xtb。当前就甭用xtb就完了

没听说过DCE溶剂模型
没更具体信息没法判断。注意恰当考虑催化效应

作者
Author: 绫波レイ 时间: 2020-5-11 16:59

sobereva 发表于 2020-5-11 15:08
作为预优化用，小体系也可以用xtb。当前就甭用xtb就完了

没听说过DCE溶剂模型

优化构型不是在气相而是#p opt=(GDIIS,calcfc,ts,noeigen,recalcfc=8) b3lyp/genecp nosymm scrf=(smd,solvent=1,2-Dichloroethane) em=gd3bj temperature=333.15，水也是在这样下优化的，催化剂用的Cu(OTf)2,脱掉了Cu(OTf)2的反应物经过H转移，最后脱水生成最后产物，就是最后这步计算溶质自由能相差80kcal/mol,在溶质自由能文献中看很多过渡态和产物最多也就相差50kcal，所以纠结是不是这样子投稿会被审稿人直接拒了（说的有点啰嗦，见谅），请问如何考虑催化效应能影响呢，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-13 07:00

绫波レイ发表于 2020-5-11 16:59
优化构型不是在气相而是#p opt=(GDIIS,calcfc,ts,noeigen,recalcfc=8) b3lyp/genecp nosymm scrf=(smd,so ...

差这么多通常要么过渡态没找对，要么是对机理理解有问题，要么数据弄错了，要么忽略了什么因素
什么可能导致催化看具体反应和环境，诸如怀疑溶剂产生催化效应就找过渡态的时候加入显式溶剂

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