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标题: G09计算分子与Hg的结合能请教 [打印本页]

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Author: 昨夜星辰昨夜风 时间: 2020-5-14 10:10
标题: G09计算分子与Hg的结合能请教
导师让我计算吡啶(pyridine)、联吡啶(bipyridine)、三联吡啶（terpyridine）与汞原子(Hg)的结合能，发给我几个文件。如图是这三种物质的结构式，有几个问题请教：

1.是否有计算分子和原子结合能的先例，即在G09中单独构造一个Hg原子是否合理
2.输入文件中，Hg原子与吡啶/联吡啶/三联吡啶的相对位置如何确定？将Hg原子远离或靠近吡啶，得到的输出文件也不同，请看附件中的文件(以联吡啶为例)，大文件已压缩。另外我发现b1中有虚频，bb1中则没有。
3.泛函为b3pw91，对CHN元素用6-31G(d)基组，Hg元素用CEP-121G基组是否合理？

抱歉问题有点多，麻烦老师同学们解答了，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-14 14:56
1 那不叫构造，那叫计算。本来Gaussian又不是建模程序。这种文章一搜要多少有多少

2 感觉你没有配合物的基本常识，摆的初始结构连实际Hg配合物的基本特征都看不出来，显然没法优化到实际结构去。不知道Hg配合物长什么样多去google。bb-1.log这种计算完全是搞笑的

绝对不要写scfcyc=2000 test maxcyc=3000这种垃圾关键词，仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331（http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html）
没事也甭写5d，完全多余

3 泛函用得一般，不算多理想，算配合物该用什么看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）

没事甭用CEP-121G，该用什么看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373（http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html）

作者
Author: 昨夜星辰昨夜风 时间: 2020-5-14 16:21

sobereva 发表于 2020-5-14 14:56
1 那不叫构造，那叫计算。本来Gaussian又不是建模程序。这种文章一搜要多少有多少

2 感觉你没有配合物的 ...

谢谢老师，我确实不是研究这方面的，文件也是老师发给我，我试着计算的

作者
Author: SherryLiu 时间: 2020-5-15 04:06
本帖最后由 SherryLiu 于 2020-10-10 10:35 编辑

看楼主的问题加摆的初始结构一看就是个小白，哈哈，但谁又不是从小白开始的呢。我也是半个小白，说说如果我要是研究这个问题我会怎么做。1. 优化汞，吡啶，联吡啶，三个吡啶的结构，这步也方便以后算结合能；
2. 用Multiwfn做个ESP分析，看分子表面的静电势分部，具体步骤可看社长的这篇：http://sobereva.com/196；
3. 在分析完静电势的基础上，把汞摆在静电势最低的位置，根据我的化学常识，像吡啶的话，就是紧邻着N的那个位置，距离大概在1.5-2.0左右吧，然后再去优化，楼主的初始位置摆的太远了，15埃。。
4. 或者不用ESP的方法，直接做个势能面的扫描，以确定Hg距吡啶的合理位置，看这篇：http://sobereva.com/474
另外，多看看文献看看别人是怎么计算的，也很有用。

作者
Author: 昨夜星辰昨夜风 时间: 2020-5-15 13:02

SherryLiu 发表于 2020-5-15 04:06
看楼主的问题加摆的初始结构一看就是个小白，哈哈，但谁又不是从小白开始的呢。我也是半个小白，说说如果我 ...

太感谢了，看了您和sob老师的回答我有初步思路了，但还有一些地方不懂，可否加联系方式？QQ微信均可，联系方式私信您了

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