计算化学公社

标题: 求助：在计算反应能垒时如何通过比较来确认选取的计算级别是否合理 [打印本页]

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Author: shaco 时间: 2020-5-22 21:50
标题: 求助：在计算反应能垒时如何通过比较来确认选取的计算级别是否合理
向各位老师讨教，最近在做一个简单的60个原子左右的酯化反应的机理，几何优化在B3LYP/6-311G**级别下，算反应能垒的时候单点能采用的计算级别为B2PLYP/may-cc-pVTZ。在查文献的时候，类似体系反应机理的计算很少有采用这个级别的，于是我想做一下各种计算级别的比较，来确认下我采用的计算级别是否合理。就是类似于图片中那种比较。我的问题是：我的这个体系，跑高精度单点能计算（CCSD（T））或者热力学组合方法（G4，CBS-QB3）都跑不太动，计算级别用到B2PLYP/aug-cc-pVTZ磁盘就开始写不下了，有没有什么好的解决方法呢，60多个原子的体系能采取的最高精度的计算级别有没有好的推荐（我目前的计算资源是一台8核工作站，我的想法是尽量把一个数据的计算时间控制在一周以内即可）？还有一个问题就是，在确认计算级别是否合理的时候，如果没有实验数据对照，除了和高精度计算得到的能垒进行对比外，还能比较哪些数据呢（比如说某个反应物的标准生成焓或者类似的？最终的目的是将自己的计算级别和高精度计算得到的数据进行比较，想要得到一个“目前采用的计算级别和高精度计算得到的数据误差不大，综合考虑计算效率，所以我们采用的这种计算级别是合理的”这样的结论）？还请各位老师不吝赐教，万分感谢！
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作者
Author: snljty 时间: 2020-5-22 22:37
本帖最后由 snljty 于 2020-5-22 22:40 编辑

单点能换ORCA，你会发现开启了新世界的大门。DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ没什么压力，一两天足够了。

《详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能》
http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html刚没看见你说硬盘不够用的问题，那租一个云服务器吧，好多都免费送一两千核时。

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Author: sobereva 时间: 2020-5-23 01:57
但凡打算用B2PLYP的时候一定要改用B2PLYP-D3(BJ)，算热力学数据的精度明显更好，而耗时一样

根本没必要去比较，B2PLYP-D3(BJ)直接用就完了，算有机体系结果100%靠谱，内行审稿人不会质疑什么

用aug-cc-pVTZ完全没必要，用jun-cc-pVTZ就足够了

60原子用Gaussian在这种档次跑双杂化吃力得要死，8核更是没戏，要计算几乎一定要用ORCA开RI。然而在ORCA里，双杂化明显更适合使用PWPB95-D3(BJ)，仔细看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490（http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html）

另外，也别去随便效仿文献，文献里净是不合理的计算
诸如你贴的那张图里，用CCSD(T)结合6-311+G**纯属搞笑，连高精度的门槛都没迈进去一半，没f极化函数用什么CCSD(T)。最起码也得用def2-TZVP。仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）

作者
Author: shaco 时间: 2020-5-23 10:48

snljty 发表于 2020-5-22 22:37
单点能换ORCA，你会发现开启了新世界的大门。DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ没什么压力，一两天足够了。

《详谈M ...

感谢老师指教，已经在看安装ORCA的教程了，感觉还是得多学点东西~

作者
Author: shaco 时间: 2020-5-23 11:01

sobereva 发表于 2020-5-23 01:57
但凡打算用B2PLYP的时候一定要改用B2PLYP-D3(BJ)，算热力学数据的精度明显更好，而耗时一样

根本没必要 ...

感谢sob老师回复。主要是目前这个课题计算的反应比较简单，一步基元反应就走完了，所以我想增加一部分工作量，也就是做一个计算级别的比较。图中这个文献用的计算级别可能有点不合适，但是我还是想参考下他比较计算级别的思路。如果接下来，我用ORCA做一个PWPB95和CCSD(T)的单点能计算，能不能将其作为比较公认的高精度计算标准，然后我的计算机别(B2PLYPD3)得到的结果如果和它差距不算太大，综合计算资源来说，能不能得到一个当前计算级别合理的结论？再次感谢您的帮助！

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-5-23 15:24

shaco 发表于 2020-5-23 11:01
感谢sob老师回复。主要是目前这个课题计算的反应比较简单，一步基元反应就走完了，所以我想增加一部分工 ...

如果CCSD(T)能算得动，直接用CCSD(T)的结果不是更好

作者
Author: shaco 时间: 2020-5-23 15:30

hebrewsnabla 发表于 2020-5-23 15:24
如果CCSD(T)能算得动，直接用CCSD(T)的结果不是更好

但是如果CCSC(T)一周或两周才出一个结果的话，那出数据的速度太慢了，整个课题下来，要出好多组数据，直接用CCSD(T)怕到时候耽误毕业了再，我看好多文献都是用当前自己用的级别去跟CCSD(T)或者热力学组合方法比较，如果差距不大，就说自己采用的计算机别比较合理。

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Author: naonao5205 时间: 2020-5-23 21:17

shaco 发表于 2020-5-23 15:30
但是如果CCSC(T)一周或两周才出一个结果的话，那出数据的速度太慢了，整个课题下来，要出好多组数据，直 ...

那为什么不直接用orca算其他所有单点呢？ orca双杂化吃内存和硬盘比高斯少太多了呀而且支持更多

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-24 08:35

shaco 发表于 2020-5-23 11:01
感谢sob老师回复。主要是目前这个课题计算的反应比较简单，一步基元反应就走完了，所以我想增加一部分工 ...

直接用DLPNO-CCSD(T)多好，50个原子体系也没多大压力，还省得你去对比一堆级别了。此方法在我博文里专门说了，相应的ORCA输入文件用Multiwfn直接就能生成。

同样基组下，ORCA里DLPNO-CCSD(T)能算得动的体系比Gaussian里双杂化能算的体系都要大

另外，双杂化泛函一定要加色散校正！对热力学量计算精度改进不是一丁半点。所以绝对不要直接用PWPB95

做泛函的测试，只有对那些精度一般般的泛函，或者算的体系比较诡异才有必要。都用双杂化了，算的体系又不是什么特殊的（酯化反应实在太easy了），做测试完全、绝对是多余的，纯属浪费计算资源。benchmark文章多了去了，我特别反对不看前人的文章，而非要自己做其实根本没意义、内行人都能基本猜出来测试结果的benchmark。这点在本论坛里我已经说过非常多次了，诸如此贴的回复：http://bbs.keinsci.com/thread-12341-1-1.html。像诸如18碳环、某类过渡金属团簇等等电子结构特殊的，内行人都拿不准什么方法靠谱的情形才有必要做benchmark。

作者
Author: shaco 时间: 2020-5-24 10:39

naonao5205 发表于 2020-5-23 21:17
那为什么不直接用orca算其他所有单点呢？ orca双杂化吃内存和硬盘比高斯少太多了呀而且支持更多

多谢回复，我先去测试下orca能不能跑成功，感觉高精度计算应该是绕不开orca了

作者
Author: shaco 时间: 2020-5-24 10:44

sobereva 发表于 2020-5-24 08:35
直接用DLPNO-CCSD(T)多好，50个原子体系也没多大压力，还省得你去对比一堆级别了。此方法在我博文里专门 ...

多谢sob老师指导，那我测试一下PWPB95-D3和DLPNO-CCSD(T)的计算结果，然后以后的数据就都用这个级别的了。还有一个问题就是如果结构优化，过渡态优化都用高斯，只是高精度单点能计算用orca，得到的结果是否合理？还是说如果用orca，就所有的流程都用orca，将同一个平台上得到的数据相比较更加合理呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-25 04:02

shaco 发表于 2020-5-24 10:44
多谢sob老师指导，那我测试一下PWPB95-D3和DLPNO-CCSD(T)的计算结果，然后以后的数据就都用这个级别的了 ...

当然合理，太司空见惯了。又不是把两个程序算出来的同一种类（诸如都是某个泛函下的单点能）的数据拿到一起对比，完全不需要有这种顾虑。

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Author: shaco 时间: 2020-5-25 15:59

sobereva 发表于 2020-5-25 04:02
当然合理，太司空见惯了。又不是把两个程序算出来的同一种类（诸如都是某个泛函下的单点能）的数据拿到一 ...

OK，那我就放心的用ORCA算了，多谢sob老师耐心的指教，十分感谢！

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