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标题: qst2计算螺烯(helicene)手性翻转过渡态报错 [打印本页]

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Author: shen37 时间: 2020-5-23 13:26
标题: qst2计算螺烯(helicene)手性翻转过渡态报错
本帖最后由 shen37 于 2020-5-23 13:30 编辑

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Figure 1. [6]helicene P和M 两种对映异构体
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将图一中的P和M作为起始反应物和产物，利用qst2寻找过渡态(如图2所示)，计算失败。
关键词：
# opt=(calcfc,qst2,noeigen) freq rb3lyp/6-31g(d,p) scrf=(solvent=dichl
oromethane,pcm) guess=save geom=connectivity empiricaldispersion=gd3 n
osymm geom=nocrowd
计算后.log文件提示：
RedCar/ORedCr failed for GTrans.
Error termination via Lnk1e in /app1/centos6.3/gnu/apps/gaussian/g09/l101.exe at Sat May 23 13:06:35 2020.
已经认真比对过输入文件中P和M原子坐标是一致的。
问题：难道qst2不适合该类分子翻转能的计算？
目前想通过TS来计算，是不是首先应该进行势能面扫描？应该怎么确定扫描变量和扫描范围？
希望懂的朋友给介绍一下(初学者，希望详细一些)，尝试了很久始终不能解决，谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-24 01:17
你想得太简单了，翻转显然不是一步就能翻过去的，光凭基本化学直觉就知道中间的位阻大到不可直接跨越，必定有其它/多步翻转路径。

别以为QST2那么好用，仔细看
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460（http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html）

像这种明显是基元过程，很容易就能转化过去的，用QST2才有一定几率能直接给你找到过渡态
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作者
Author: shen37 时间: 2020-5-24 09:32

sobereva 发表于 2020-5-24 01:17
你想得太简单了，翻转显然不是一步就能翻过去的，光凭基本化学直觉就知道中间的位阻大到不可直接跨越，必定 ...

您好sob老师，谢谢您！我已经认真看过您的帖子，要利用TS寻找过渡态可以先进行柔性扫描，初步确定过渡态的结构，您可不可以给出一些针对该问题扫瞄变量和范围的建议。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-5-24 14:51

shen37 发表于 2020-5-24 09:32
您好sob老师，谢谢您！我已经认真看过您的帖子，要利用TS寻找过渡态可以先进行柔性扫描，初步确定过渡态 ...

实验上这个常温下能互相转化么？如果有光或其他物质的辅助，那要复杂不少。如果实验上常温下不能互相转化，那你找这个过渡态未必能找到（或者找到了但能垒十分高）。

作者
Author: shen37 时间: 2020-5-24 20:32

zjxitcc 发表于 2020-5-24 14:51
实验上这个常温下能互相转化么？如果有光或其他物质的辅助，那要复杂不少。如果实验上常温下不能互相转化 ...

常温肯定是不行的，TS-GS=△G ～30 Kcal/mol.有类似的计算文献报道，只是我刚接触计算，还不是很明白怎么确定过渡态。J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6031-6035.

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-25 03:58

shen37 发表于 2020-5-24 20:32
常温肯定是不行的，TS-GS=△G ～30 Kcal/mol.有类似的计算文献报道，只是我刚接触计算，还不是很明白怎么 ...

当前这绝对不是一个容易算的问题，5个六元环的情况还好，而你这个六个六元环的情况，边界两个六元环位阻极大，倘若实验上真是发现了可以互变，那机理肯定很复杂，很不寻常。对于缺乏经验的人更不能上来就盲目地算，先得弄清楚机理。
先去Google上多搜相关文献，如果能找到类似过程的机理研究文章可以参考，能少走不知多少弯路。

作者
Author: Marty 时间: 2023-9-22 16:22
老师您好，请问您的这个螺烯的几何结构是怎么确定的呢，gaussian优化得来的吗

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