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[Gaussian/gview] 定位的过渡态虚频小于20,如何确认过渡态的正确性?

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各位老师好,我在搜索如下图所示,主体部分类似螺烯结构,从构象1(P,P),到构象2(P,M)过程中的过渡态。使用方法B3LYP/6-311G(d,p), 定位到的过渡态虚频仅-15.4,观察振动模式,是对应的振动模式。尝试跑IRC时,2步报错(尝试了LAQ,同时增大步长到30,依然只得到了两步),未能得到完整的曲线。通过查阅文献和尝试算文献中的结构,据我所了解,这类螺烯结构,异构化的过渡态虚频都比较小,都在几十。请问各位老师,对于这种虚频很小,未能得到完整IRC时,应该如何确认过渡态的正确性了?如何通过过渡态优化得到对应的反应物和产物呢?希望得到各位前辈的指点。提前感谢您的任何建议。

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发表于 Post on 2022-5-2 10:36:11 | 只看该作者 Only view this author
当前情况明显不该用B3LYP而应当用B3LYP-D3(BJ)
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html

虚频小不代表IRC就跑不出来
诸如下面这个6-螺烯手性变换过渡态虚频只有17波数,用IRC(maxpoints=100,calcfc,recalc=3,stepsize=50,LQA)能正常跑出来IRC


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-5-2 14:54:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-2 10:36
当前情况明显不该用B3LYP而应当用B3LYP-D3(BJ)
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当 ...

这个IRC怎么是左右对称的

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发表于 Post on 2022-5-3 00:46:21 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2022-5-2 14:54
这个IRC怎么是左右对称的

一对对映体的电子能量是相同的

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发表于 Post on 2022-5-4 09:30:41 | 只看该作者 Only view this author
最近我也遇到这样的问题,虚频太小会导致irc只跑几个点。网上查了一下,虚频小说明势能面比较平缓,导致irc比较容易自动停止计算。不知道对不对?irc的停止计算的判断目前没有调整条件的方式来让它多算几个点(只有修改stepsize等sob给出的方法)。http://sobereva.com/400

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-4 16:51:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-2 10:36
当前情况明显不该用B3LYP而应当用B3LYP-D3(BJ)
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当 ...

非常感谢Sob老师的回复及示例。目前正在尝试加上D3校正去搜索过渡态,目前得到的结果有三个虚频,-24.5,-12.6及-5左右,尝试沿着虚频模式稍微调整结构,目前的尝试未能消除,依然在努力中,但是有了Sob老师的示例,我相信可以解决这个问题。再次感谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-4 16:56:15 | 只看该作者 Only view this author
xiayu1985 发表于 2022-5-4 09:30
最近我也遇到这样的问题,虚频太小会导致irc只跑几个点。网上查了一下,虚频小说明势能面比较平缓,导致irc ...

可以尝试一下Sob老师的关键词跑IRC, 或者是不是也可以手动沿着振动模式调节结构,保存结构并优化,如果可以得到连接过渡态的反应物和产物,也能说明定位的过渡态是对的?

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发表于 Post on 2022-5-5 09:08:55 | 只看该作者 Only view this author
xiayu1985 发表于 2022-5-4 09:30
最近我也遇到这样的问题,虚频太小会导致irc只跑几个点。网上查了一下,虚频小说明势能面比较平缓,导致irc ...

Gaussian的IRC判断达到极小点附近的算法不是很科学,而且阅读其代码会发现用户也没有改的余地,这导致过渡态附近势能面很平缓的情况IRC任务提前停止的概率会相对较大一些,但也不是必然会跑不成功。
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发表于 Post on 2022-5-5 09:10:14 | 只看该作者 Only view this author
柚子不开花 发表于 2022-5-4 16:56
可以尝试一下Sob老师的关键词跑IRC, 或者是不是也可以手动沿着振动模式调节结构,保存结构并优化,如果 ...

可以这样。并且优化时用较小的步长上限
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本帖最后由 mfdsrax2 于 2022-5-5 11:20 编辑
sobereva 发表于 2022-5-2 10:36
诸如下面这个6-螺烯手性变换过渡态虚频只有17波数,用IRC(maxpoints=100,calcfc,recalc=3,stepsize=50,LQA)能正常跑出来IRC


LQA下stepsize设置成20时IRC已经走样了,50的stepsize跑出来的已经偏离Euler Path很远了吧,这样的IRC有意义吗?

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发表于 Post on 2022-5-5 19:52:55 | 只看该作者 Only view this author
mfdsrax2 发表于 2022-5-5 11:18
LQA下stepsize设置成20时IRC已经走样了,50的stepsize跑出来的已经偏离Euler Path很远了吧,这样的IRC ...

取决于跑IRC的目的。如果只是验证过渡态,多糙都能接受
如果对质量有要求,加上calcall即便用挺大步长照样能比较光滑,而且此时用LQA的必要性本身也低得多
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