计算化学公社

标题: Gaussian做能量扫描时效率的讨论 [打印本页]

作者
Author: jackie 时间: 2020-6-8 09:19
标题: Gaussian做能量扫描时效率的讨论
老师们，最近在用Gaussian做二面角能量扫描计算时候发现一个很有趣的现象：

我基于MP2/6-31+G**//B3LYP/6-31G*方法针对一个氨基酸二肽小分子进行单点能计算时间仅需6分钟左右；
但是如果基于命令“#p MP2/6-31+G** scan nosymm”做二面角能量扫描时，每一圈的单点能计算时间上升到了2个多小时！！！
这究竟是什么原因导致的？按道理讲算每一圈单点能的时间不应该差不多吗，实际上怎么差这么多？如果加上scan命令做扫描在前期输入文件编辑上是变简单了但是计算效率大大降低，还不如自己手动编辑不同角度的输入文件然后一个个计算其能量这样效率岂不更高？但在这样编辑输入文件时候又会很繁琐。。所以甚是苦恼！

作者
Author: biogon 时间: 2020-6-8 10:42
6’耗时的是B3LYP吧，用MP2耗时那么高实属正常，而且MP2那个精度不知道有什么意义去用

作者
Author: thanhtam 时间: 2020-6-8 10:52
本帖最后由 thanhtam 于 2020-6-8 10:54 编辑

”MP2/6-31+G**//B3LYP/6-31G*算单点”这个表述就不对，算单点只要一套方法基组就行了。

你要表达的是b3lyp优化，MP2算单点？那很正常，优化时每一圈都是b3lyp，比mp2快得多。
PS：MP2性价比很低，一般不要用MP2

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-8 12:58
MP2也就算氢键还不错，但是前提是基组够大，MP2/6-31+G*哪怕算氢键都不怎么样，算其它问题更是垃圾得不得了，多数情况还不如B3LYP，更是被M06-2X、wB97XD吊打，在此文特意说了
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）
但凡要用MP2算，而且MP2能算得动的时候，一定要给个理由为什么不用双杂化泛函。

至于当前问题本身，要么是统计错了，要么是对耗时或者计算流程理解错了。

作者
Author: jackie 时间: 2020-6-8 14:51

sobereva 发表于 2020-6-8 12:58
MP2也就算氢键还不错，但是前提是基组够大，MP2/6-31+G*哪怕算氢键都不怎么样，算其它问题更是垃圾得不得了 ...

其实最开始是用MP2/aTZ计算单点能，其中也用M062X等泛函方法进行结果比较。发现MP2减小基组计算的能量与MP2/TZ基组计算结果最为接近，因此选择此方法来计算数量更庞大的体系。且该方法依据了ff14sb力场的文献中的方法。

后来我测试了一下，由于最初命令行我给加入nosymm之后效率才明显降低，但如果去掉这个keyword之后结果保持不变然而效率又提升了。我想应该是nosymm的加入影响了效率，也是画蛇添足了。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-8 18:48

jackie 发表于 2020-6-8 14:51
其实最开始是用MP2/aTZ计算单点能，其中也用M062X等泛函方法进行结果比较。发现MP2减小基组计算的能量与M ...

本身MP2/TZ这种过时、精度很低的组合根本就不能当做参照标准。如今量化领域里高精度的参照普遍都用DLPNO-CCSD(T)。你用当前方法发文章的话，碰见懂量化的审稿人，9成可能会被批评
不要盲目效仿搞力场的人的文章里用的量化计算级别，他们很多都不是量子化学内行，有些级别用得相当可笑。很多也都是仗着文章其它方面质量高、有充分的前期工作、作者名气大文章才发的出去的。

最近FUJI磷脂力场（DOI: 10.1021/acs.jctc.9b01195）用LCCSD(T)/aug-cc-pVTZ级别计算构象能量当做二面角扭转势拟合的参考数据，这算是个用像样级别量化计算获得力场参数的较好的范例。

作者
Author: jackie 时间: 2020-6-11 14:01

sobereva 发表于 2020-6-8 18:48
本身MP2/TZ这种过时、精度很低的组合根本就不能当做参照标准。如今量化领域里高精度的参照普遍都用DLPNO- ...

高斯程序目前可以使用 LCCSD(T)或者LMP2 方法来计算吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-11 23:35

jackie 发表于 2020-6-11 14:01
高斯程序目前可以使用 LCCSD(T)或者LMP2 方法来计算吗？

不能
CCSD(T)算不动时用ORCA做DLPNO-CCSD(T)是最好的选择。参见
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490（http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html）

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)