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标题: 基于ase将结构文件转换成turbomole格式的py脚本 [打印本页]

作者
Author: tjuptz 时间: 2020-6-23 11:40
标题: 基于ase将结构文件转换成turbomole格式的py脚本
本帖最后由 tjuptz 于 2020-6-24 12:07 编辑

近期在学习使用xtb，由于其默认的几何结构格式为turbomole，有时候还是想用一下。常用的可视化与建模程序如GV/VMD/MS/Mercury似乎都不支持turbomole格式，TmoleX Client似乎是官方的，感觉很小众。看到ase支持，于是写了个小脚本。也可以扩展给其他格式，稍作更改调试应该就成。

注意：ase可以读取带周期性的turbomole坐标文件，但不写入周期性；且不支持分数坐标；默认turbomole格式的读入写出坐标都是Bohr。

import ase
from ase.io import read, write
import sys
file=sys.argv[1]
basename, suffix = file.split(".")
write(basename+".tmol", read(file), format='turbomole')
print("~~~~~Done!~~~~~")

复制代码

使用时在命令行输入如下命令就行，例如输入为water.xyz，输出为water.tmol

python3 stru2turbo.py water.xyz

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6/24增: xtb做md产生的中间轨迹scoord.xxx文件是turbomole格式的，想看的话最好用脚本转一下格式。

import ase
from ase.io import read, write
import sys
file=sys.argv[1]
basename, suffix = file.split(".")
write(basename+suffix+".xyz", read(file, format='turbomole'))
print("~~~~~Done!~~~~~")

复制代码

例如输入为scoord.70，输出为scoord70.xyz

python3 turbo2xyz.py sccord.70

复制代码

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2020-6-24 01:30
论坛里有个脚本可以把xyz转换成TURBOMOLE输入文件。

http://bbs.keinsci.com/thread-10143-1-1.html

作者
Author: tjuptz 时间: 2020-6-24 07:32

Daniel_Arndt 发表于 2020-6-24 01:30
论坛里有个脚本可以把xyz转换成TURBOMOLE输入文件。

http://bbs.keinsci.com/thread-10143-1-1.html

谢谢

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