关于GFN2-xTB输入文件格式的一点讨论

ene · 发表于 Post on 2018-5-31 23:04:53

本帖最后由 ene 于 2018-5-31 23:08 编辑

最近由sob老师的新文章“将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析”推荐，申请试用了S.Grimme教授的GFN2-xTB程序。但是在简单的使用后，发现有一些输出文件的命名与sob老师文章所述有所不同，另外不知为何程序的QMDFF模块无法使用xyz文件作为输入。进过阅读程序自带的HOWTO文件，发现这些现象与程序所使用的输入文件类型有关系。

HOWTO文件中指出，GFN2-xTB程序支持两种文件输入类型，第一种是xyz坐标文件，第二种是量子化学程序TURBOMOLE的坐标输入文件格式coord。通过查询TURBOMOLE官网，发现coord坐标格式可以通过TURBOMOLE程序自带的插件x2t由xyz坐标文件转化而来。由于x2t脚本较难下载，所以上传到论坛。x2t脚本用法很简单，只要在Linux shell下运行 ./x2t *.xyz > coord即可。以转化得来的coord文件作为输入，在运行opt运算时即可得到xtbopt.coord文件，如用*.xyz作为输入，会得到xtbopt.xyz文件，但其内容同样为最后优化一帧的结构。同时，使用coord文件作为输入，便可以使用GFN2-xTB的QMDFF模块。PS. 用来转化得到coord文件的xyz文件中的元素命名必须是单纯的元素名，而不能含有数字，例如C1、H12等等。

以上说法如有谬误之处还希望各位老师指出，谢谢大家

x2t (1.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 157)

ene · 发表于 Post on 2018-6-12 09:15:36

最新版本的GFN2-xtb程序修复了上个版本没法正常输出电荷文件的bug，QMDFF模块也可以正常使用了

薛定谔的老猫 · 发表于 Post on 2018-10-13 08:39:55

ene 发表于 2018-6-12 09:15
最新版本的GFN2-xtb程序修复了上个版本没法正常输出电荷文件的bug，QMDFF模块也可以正常使用了

请问如何得到wfn.xtb文件

Black-Mamba2018 · 发表于 Post on 2018-10-21 10:42:23

本帖最后由 Black-Mamba2018 于 2018-10-21 12:20 编辑

感谢老师指导还要多多学习啊

CYQ@ · 发表于 Post on 2020-12-7 16:02:38

我想问问老师，怎么把coord 格式文件转换成xyz格式的呢？

ene · 发表于 Post on 2020-12-7 17:27:47

本帖最后由 ene 于 2020-12-7 22:58 编辑

CYQ@ 发表于 2020-12-7 16:02
我想问问老师，怎么把coord 格式文件转换成xyz格式的呢？

t2x (16.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 55)

注意：这个版本是我自己patch过的，只能在GNU/Linux下面用，wsl也可以。什么git bash，cygwin环境都不行。

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