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标题: 分子对接结果中氢键长度问题的请教 [打印本页]

作者
Author: 江南月 时间: 2020-7-6 12:35
标题: 分子对接结果中氢键长度问题的请教
我是用Autodock进行的分子对接，结果分析是用的discovery studio。最近审稿人回复我对我的氢键键长进行了质疑，在这里请教下各位大佬。下面是审稿人提问：
The docking results are problematic, specifically, the quoted H-bond distances. These distances vary from 1.78 - 2.85 Å. Although it is not specified, the 2.85 Å distance seems to indicate distances omitting discrete Hydrogens; in which case, the distances less than 2.0 Å are absurd. If the distances include discrete Hydrogens, then distances greater than 2.2 Å are meaningless. Thus, the docking parameters used have either yielded absurd results, or the authors are including interactions that are too far apart to be meaningful H-bonds. Additionally, in this section the inhibition constants derived from docking studies are quoted to 5 digits of precision, and this is an absurd level of accuracy. Overall, the section on docking results is dubious at best.

其中discrete Hydrogens是指什么呢？我用Autodock、discovery studio、Pymol对结果分析所显示的氢键数量和键长都有所不同，这些软件例如discovery studio分析的氢键键长是否可以自己设置键长统计范围？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-6 14:33
discrete Hydrogen应当是指的X-H...Y氢键里的H。审稿人没弄清楚你说的氢键具体是哪两个原子间距离，并且认为你给出的氢键距离有问题

作者
Author: 江南月 时间: 2020-7-7 10:33

sobereva 发表于 2020-7-6 14:33
discrete Hydrogen应当是指的X-H...Y氢键里的H。审稿人没弄清楚你说的氢键具体是哪两个原子间距离，并且认 ...

谢谢老师的解答。还有请问一下老师，分析软件给出的键长也会不正确吗，因为我文中的氢键键长都是软件中给出的。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-8 03:41

江南月发表于 2020-7-7 10:33
谢谢老师的解答。还有请问一下老师，分析软件给出的键长也会不正确吗，因为我文中的氢键键长都是软件中给 ...

别盲目信分析软件的，合不合理显然得自己检查

作者
Author: Nikky 时间: 2020-9-21 11:33

sobereva 发表于 2020-7-6 14:33
discrete Hydrogen应当是指的X-H...Y氢键里的H。审稿人没弄清楚你说的氢键具体是哪两个原子间距离，并且认 ...

老师您好，想问一下氢键的长度到底指的是X到Y还是H到Y的距离呢？我一直对此感到疑惑，希望老师能提点一下，非常感谢！

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2020-9-21 12:38

Nikky 发表于 2020-9-21 11:33
老师您好，想问一下氢键的长度到底指的是X到Y还是H到Y的距离呢？我一直对此感到疑惑，希望老师能提点一下 ...

H到Y

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-21 12:59

Nikky 发表于 2020-9-21 11:33
老师您好，想问一下氢键的长度到底指的是X到Y还是H到Y的距离呢？我一直对此感到疑惑，希望老师能提点一下 ...

通常用X...Y的距离

作者
Author: wyb 时间: 2020-9-21 13:22
X到Y，短距离氢键也存在，目前也受到越来越多的关注，但主要来自于晶体结构解析出来的，对接不可能给出短距离氢键的。
Zhou, S. & Wang, L. Unraveling the structural and chemical features of biological short
hydrogen bonds. Chem. Sci., (2019).

作者
Author: Nikky 时间: 2020-9-21 15:00

sobereva 发表于 2020-9-21 12:59
通常用X...Y的距离

了解了，非常感谢老师

作者
Author: Nikky 时间: 2020-9-21 15:02

wyb 发表于 2020-9-21 13:22
X到Y，短距离氢键也存在，目前也受到越来越多的关注，但主要来自于晶体结构解析出来的，对接不可能给出短距 ...

谢谢同学！

作者
Author: Nikky 时间: 2020-9-21 15:07

sobereva 发表于 2020-9-21 12:59
通常用X...Y的距离

老师，还想问一下，我研究的是C-H...O，可以通过测出C-O的距离来初步判断是否存在原子间作用力（氢键）吗？（后期打算再通过PDOS和布居进一步分析）

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-22 22:46

Nikky 发表于 2020-9-21 15:07
老师，还想问一下，我研究的是C-H...O，可以通过测出C-O的距离来初步判断是否存在原子间作用力（氢键）吗 ...

PDOS跟这种问题根本没直接联系
能考察弱相互作用的方法多了去了
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

C-H...O的氢键强度极弱，和范德华作用相近。用Multiwfn做RDG或IGM或IGMH分析就能直观展现是否存在相应的氢键，这些方法在上文里都介绍了。

另外还可以用Multiwfn做AIM分析直接估计氢键键能，非常推荐使用，看
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

作者
Author: Nikky 时间: 2020-9-23 14:44

sobereva 发表于 2020-9-22 22:46
PDOS跟这种问题根本没直接联系
能考察弱相互作用的方法多了去了
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概 ...

收到，非常感谢！

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