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标题: 求助gromacs添加位置限制时报错 [打印本页]

作者
Author: zhangzh 时间: 2020-7-7 22:56
标题: 求助gromacs添加位置限制时报错
本帖最后由 zhangzh 于 2020-7-7 22:57 编辑

在使用gromacs中的位置限制功能时，报了如下错误：

ERROR 1 [file posre_se.itp, line 5]:
  Atom index (109) in position_restraints out of bounds (1-22).
  This probably means that you have inserted topology section
  "position_restraints"
  in a part belonging to a different molecule than you intended to.
  In that case move the "position_restraints" section to the right molecule.

(, 下载次数 Times of downloads: 230) (, 下载次数 Times of downloads: 118) (, 下载次数 Times of downloads: 240) (, 下载次数 Times of downloads: 133) (, 下载次数 Times of downloads: 82)

请问应该如何解决？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-8 02:11
位置限制设置不合理。[position_restraint]字段是对于它前面紧挨着的[moleculetype]而言的，原子序号必须是这类分子里面的原子序号。总共SES才22个原子，显然位置限制你不能设100多号去

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-9-18 21:12

sobereva 发表于 2020-7-8 02:11
位置限制设置不合理。字段是对于它前面紧挨着的[moleculetype]而言的，原子序号必须是这类分子里面的原子序 ...

sob老师，我现在也遇到了同样的问题，修改了几次还是出现ERROR 1 [file posre_Protein_chain_A.itp, line 9]:
  Atom index (5) in position_restraints out of bounds (1-4).
  This probably means that you have inserted topology section
  "position_restraints"

你说的修改原子序号，是将posre里面5之后的序列都删除么？请问具体该怎么处理呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-19 08:56

琦锅锅发表于 2020-9-18 21:12
sob老师，我现在也遇到了同样的问题，修改了几次还是出现ERROR 1 [file posre_Protein_chain_A.itp, ...

34行
#ifdef POSRES
#include "posre_Protein_chain_A.itp"
#endif
这部分完全莫名其妙
前面紧挨着的是target_Ion_chain_A2.itp，你在这里定义A链的位置限制干嘛

位置限制字段是对前面紧挨着的[ moleculetype ]生效的

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-9-19 09:57

sobereva 发表于 2020-9-19 08:56
34行
#ifdef POSRES
#include "posre_Protein_chain_A.itp"

嗯嗯，当时建立这部分时，重复了，没有检查清楚。以后会多加注意，谢谢sob老师

作者
Author: xxzj 时间: 2021-6-18 20:59
本帖最后由 xxzj 于 2021-6-18 21:05 编辑

sobereva 发表于 2020-9-19 08:56
34行
#ifdef POSRES
#include "posre_Protein_chain_A.itp"

老师，我进行能量最小化时出现了图片中的错误，A.itp和B.itp都是通过obmgx工具获取的，但是经过多次尝试一直再报错，所以想求助老师帮看一下是哪里出现的问题，辛苦老师！
(, 下载次数 Times of downloads: 77)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-19 00:33
B.itp里的内容明显有问题
1    2    1       inf    0.0000 ; Zn3f2  N_R type 3
1    3    1       inf    0.0000 ; Zn3f2  N_R type 3
1    40    1       inf    0.0000 ; Zn3f2  N_R type 3
1    41    1       inf    0.0000 ; Zn3f2  N_R type 3
2    4    1       inf    0.0000 ; N_R C_R type 3

数据明显不能是inf。先把拓扑文件仔细检查一遍

作者
Author: 新月之痕 时间: 2021-8-31 09:13
楼主您好，请问您的ses的UFF力场数据是通过程序得到的吗？能分享一下程序吗？不胜感激！

作者
Author: chuanghao 时间: 2021-8-31 09:31

新月之痕发表于 2021-8-31 09:13
楼主您好，请问您的ses的UFF力场数据是通过程序得到的吗？能分享一下程序吗？不胜感激！

可以参考 http://bbs.keinsci.com/thread-21015-1-1.html 这个

作者
Author: 新月之痕 时间: 2021-8-31 09:56

chuanghao 发表于 2021-8-31 09:31
可以参考 http://bbs.keinsci.com/thread-21015-1-1.html 这个

我通过这个帖子的方法得到的力场数据电荷数都是0，请问这个问题应该怎么解决呢？

作者
Author: chuanghao 时间: 2021-8-31 15:02

新月之痕发表于 2021-8-31 09:56
我通过这个帖子的方法得到的力场数据电荷数都是0，请问这个问题应该怎么解决呢？

这个电荷须自己提供，可以用resp电荷，参考 http://sobereva.com/441。

作者
Author: 新月之痕 时间: 2021-9-1 11:07

chuanghao 发表于 2021-8-31 15:02
这个电荷须自己提供，可以用resp电荷，参考 http://sobereva.com/441。

好的，非常感谢！

作者
Author: luyu 时间: 2022-5-8 11:06

琦锅锅发表于 2020-9-18 21:12
sob老师，我现在也遇到了同样的问题，修改了几次还是出现ERROR 1 [file posre_Protein_chain_A.itp, ...

请问是将posre里面5之后的序列都删除么？

作者
Author: joke122 时间: 2023-4-13 16:41

sobereva 发表于 2021-6-19 00:33
B.itp里的内容明显有问题
1 2 1 inf 0.0000 ; Zn3f2 N_R type 3
1 3 ...

老师你好，我也出现类似错误，请问我的是什么原因？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-13 22:11

joke122 发表于 2023-4-13 16:41
老师你好，我也出现类似错误，请问我的是什么原因？

cl20.itp里都没有[atoms]

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