计算化学公社

标题: 对于一个化学反应如何建立过渡态模型的问题 [打印本页]

作者
Author: Finale 时间: 2020-7-13 10:27
标题: 对于一个化学反应如何建立过渡态模型的问题
本帖最后由 Finale 于 2020-7-13 17:07 编辑

各位老师好，最近遇到一个求解过渡态问题，但是我不知道如何建立起解决问题的模型：如下图所示有两个反应（另一张图片列出了它们各自的分步反应）过氧化氢对一个含铁的络合物进行还原，反应物相同，但产物不同，审稿人说这两个反应会存在竞争关系，问我如何确定哪个反应是优势反应。
我第一想法就是找出这两个反应的决速步（标黄），然后计算决速步的过渡态，比较其能量，不知道我的想法对不对？
如果是这样的话，我该如何建立模型呢？我很纠结，这里的三价Fe离子指的是络合物中的铁是三价的，还是说仅仅代表Fe有三个配位点，在溶液解离后形成三价铁离子
我是第一次计算反应的过渡态，不知道如何从复杂反应中抽取出重要信息建立模型（这里的模型不是指gaussian分子构型）
请各位老师帮忙解答疑惑，谢谢！如果我有说不清的地方，尽管发问多多包涵！

不知道直接使用一个三价铁离子是否合适，还是说要使用铁的络合物

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-14 08:20
应当比较的是反应速率常数

应当用配合物来算。找找之前已发表的这类反应计算的文章做参考

作者
Author: Finale 时间: 2020-7-14 10:23
本帖最后由 Finale 于 2020-7-14 10:24 编辑

sobereva 发表于 2020-7-14 08:20
应当比较的是反应速率常数

应当用配合物来算。找找之前已发表的这类反应计算的文章做参考

谢谢sob老师，我还有两点不是很明白：1、图片里面给出的 Fe 有三价也有四价，但是为什么在配位物中整个体系电荷为 0，请问这里的三价四价只是表明 Fe 的配位数吗？
2、我在计算体系的过渡态时，电荷应该设为多少，这里我有点晕了

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-15 08:48

Finale 发表于 2020-7-14 10:23
谢谢sob老师，我还有两点不是很明白：1、图片里面给出的 Fe 有三价也有四价，但是为什么在配位物中整个 ...

当然整体可以为0，毕竟原子间有电荷转移
显然不是配位数，仔细看此文了解氧化态怎么判断
使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
http://sobereva.com/362（http://bbs.keinsci.com/thread-5118-1-1.html）

设的是整体的电荷

作者
Author: Finale 时间: 2020-7-16 14:53

sobereva 发表于 2020-7-15 08:48
当然整体可以为0，毕竟原子间有电荷转移
显然不是配位数，仔细看此文了解氧化态怎么判断
使用Multiwfn ...

好的！谢谢sob老师！

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