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标题: 求助-如何计算pt催化的油酸加成反应的过渡态及能垒 [打印本页]

作者
Author: Fiee 时间: 2020-8-12 18:26
标题: 求助-如何计算pt催化的油酸加成反应的过渡态及能垒
我想通过gaussian 09w和gaussview计算铂催化的油酸(含有一个双键的18碳脂肪酸)的氢化反应。目前已经完成结构的优化和频率分析，想对过渡态和反应能垒进行分析，但是不知道接下来该如何做，求大神指点。1、我该如何画gjf文件，氢铂和油酸是一个什么样的状态？怎么才能体现催化剂的作用？反应机理如图。

2、我自己尝试着用QST2做了一次过渡态分析，结果出来有唯一虚频，但是out文件的分子结构不太正确。

3.、我在哪里可以设置反应的温度？

不是学化学的，有很多地方不明白，请大神指点，感谢。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-8-12 21:01
你觉得催化剂是单原子Pt？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-13 08:21
1 至少得用一个Pt团簇才能描述Pt金属
什么叫团簇参考
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
http://sobereva.com/540（http://bbs.keinsci.com/thread-16532-1-1.html）

2 毫无有效信息，别人也不知道具体是什么结构、虚频什么模式。没事甭用QST2，这里说了
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460（http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html）

3 温度根本不影响找到的过渡态，仔细看
谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
http://sobereva.com/423（http://bbs.keinsci.com/thread-10159-1-1.html）

算热力学量，比如算与反应速率关系密切的自由能垒，才体现温度，看
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506（http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html）

作者
Author: Fiee 时间: 2020-8-13 14:38

喵星大佬发表于 2020-8-12 21:01
你觉得催化剂是单原子Pt？

见笑了，外行人实在是不明白，需要怎么改进还请指点，感谢

作者
Author: Fiee 时间: 2020-8-13 14:39

sobereva 发表于 2020-8-13 08:21
1 至少得用一个Pt团簇才能描述Pt金属
什么叫团簇参考
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题

多谢sob老师！我以为直接用原子pt就能代表，关于团簇的知识我会认真学习的

作者
Author: Fiee 时间: 2020-8-13 20:18

sobereva 发表于 2020-8-13 08:21
1 至少得用一个Pt团簇才能描述Pt金属
什么叫团簇参考
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题

sob老师，我用gaussview该怎么做团簇呢，有没有推荐的资料，我看你发的那个是其他软件的。谢谢老师

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-8-13 22:33

Fiee 发表于 2020-8-13 14:38
见笑了，外行人实在是不明白，需要怎么改进还请指点，感谢

所以你要算的反应，具体是用什么催化，是Pt黑？Pt/C？PtO2？还是均相的配合物？啥都不说别人怎么可能知道你要算的是啥

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-8-13 22:42

Fiee 发表于 2020-8-13 20:18
sob老师，我用gaussview该怎么做团簇呢，有没有推荐的资料，我看你发的那个是其他软件的。谢谢老师

文中用到orca的部分用gaussian代替没有问题，方法基组都给了。

作者
Author: Fiee 时间: 2020-8-14 11:58

喵星大佬发表于 2020-8-13 22:33
所以你要算的反应，具体是用什么催化，是Pt黑？Pt/C？PtO2？还是均相的配合物？啥都不说别人怎么可能知道 ...

是Pt/C，我以为只是计算铂呢，C只是一个载体，也要画出来吗？我不是学化学的，很懵，麻烦你了

作者
Author: Fiee 时间: 2020-8-14 11:59

hebrewsnabla 发表于 2020-8-13 22:42
文中用到orca的部分用gaussian代替没有问题，方法基组都给了。

哦哦，我以为是不一样的呢，谢谢你

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-8-14 23:08

Fiee 发表于 2020-8-14 11:58
是Pt/C，我以为只是计算铂呢，C只是一个载体，也要画出来吗？我不是学化学的，很懵，麻烦你了

主要是暴露的表面还有晶形可能不一样，要看怎么处理。
你这个在表面上反应的分子不小，固体的原子也不好算，不管是扣个团簇出来还是用平面波程序处理都很不好整

作者
Author: Fiee 时间: 2020-8-17 08:53

喵星大佬发表于 2020-8-14 23:08
主要是暴露的表面还有晶形可能不一样，要看怎么处理。
你这个在表面上反应的分子不小，固体的原子也不好 ...

哦哦，我刚开始以为就用一个pt原子就可以表示催化剂呢，我这个是111晶型，我想能不能简化呢，我对计算的精度要求不是很高，只要就是看一下反应能垒和过渡态

作者
Author: Fiee 时间: 2020-8-17 09:06

hebrewsnabla 发表于 2020-8-13 22:42
文中用到orca的部分用gaussian代替没有问题，方法基组都给了。

你好，我想请教一下高斯怎么设置冻结原子呢

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-8-17 10:18

Fiee 发表于 2020-8-17 09:06
你好，我想请教一下高斯怎么设置冻结原子呢

http://sobereva.com/404

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-8-17 11:16

喵星大佬发表于 2020-8-14 23:08
主要是暴露的表面还有晶形可能不一样，要看怎么处理。
你这个在表面上反应的分子不小，固体的原子也不好 ...

我觉得油酸截断到顺式-3-己烯问题不大，然后就可以用平面波程序算了。需要注意的是表面氢原子的覆盖度问题，Pt表面光秃秃的只有一两个吸附氢原子可能不太现实，有可能已经吸附了一层或半层氢原子。
另外这么重要且基础的反应，没准已经有文献算过了吧

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-8-17 12:43

wzkchem5 发表于 2020-8-17 11:16
我觉得油酸截断到顺式-3-己烯问题不大，然后就可以用平面波程序算了。需要注意的是表面氢原子的覆盖度问 ...

这个还没查过，不过讲道理，这样截断的话你要说羧基和金属啥作用没有也不怎么靠谱。另一方面就是Pt表面活性更高的应该是各种缺陷/突出之类的，这种很难考虑好。Pt这么重的原子算起来也是很费劲

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-8-17 18:00

喵星大佬发表于 2020-8-17 12:43
这个还没查过，不过讲道理，这样截断的话你要说羧基和金属啥作用没有也不怎么靠谱。另一方面就是Pt表面活 ...

但是起码比团簇模型靠谱了，团簇模型你也不可能搞个大到可以够到那个羧基的团簇。。。

作者
Author: Fiee 时间: 2020-8-18 13:09

hebrewsnabla 发表于 2020-8-17 10:18
http://sobereva.com/404

感谢感谢

作者
Author: Fiee 时间: 2020-8-18 13:13

wzkchem5 发表于 2020-8-17 11:16
我觉得油酸截断到顺式-3-己烯问题不大，然后就可以用平面波程序算了。需要注意的是表面氢原子的覆盖度问 ...

我以前以为是几个铂和氢就可以计算，现在才知道要考虑团簇和覆盖度的问题，我想做的是单稀酸的氢化，就一个双键应该比较简单。文献方面，由于我不是学化学的，没见过相似的文献，如果您有看到还请分享！非常感谢

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